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我的网络日志
你所不知道的引起武汉新型冠状病毒肺炎的病毒 2020-01-31 08:33:16

截至今天一月三十一日早上,美国国立卫生研究院病毒数据库有六株武汉新型肺炎冠状病毒全长测序,大陆两个,香港两个,美国CDC两个,序列与中国测序结果全部一致。也就是说,目前在中国传播并扩散到诸多国家,来源是同一病毒。


检索美国NIH病毒数据库,一共有56株萨斯病毒,全部由华人测得,与武汉新型肺炎冠状病毒同源性高,全部都在80%以上。可以认为,它就是SARS的变种。

 

138株蝙蝠冠状病毒,分布于全世界二十多个国家,与武汉新型肺炎冠状病毒同源性非常高。最高一株为南京军事医学科研所,同源性达89.12%,还有一株也来自南京军事医学研究所,同源性为88.65%。基本可以认为,蝙蝠冠状病毒的变异,生成了武汉新型肺炎冠状病毒。

 

573株中东冠状病毒,分布在世界各地。与武汉肺炎病毒同源性低,在70%左右。基本可以排除这个病毒引起武汉新型冠状病毒肺炎的可能性。 


879株猪冠状病毒,分布世界各地。与武汉肺炎病毒同源性低,在60-65%左右。


以下就以MN908947.3以为例,进行全基因组比较,找出它的同源性,Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, (2020-01-23)GenBank: MN908947.3


第一部分: 与SARS冠状病毒比较


SARS coronavirus GD01,(军事医学科学院,2003)

GenBank: AY278489.2

Percentage of Identity: 82.24%


SARS coronavirus BJ02, (军事医学科学院,2003)

GenBank: AY278487.3

Percentage of Identity: 82.25%


SARS coronavirus BJ01, (军事医学科学院,2003)    

GenBank: AY278488.2

Percentage of Identity: 82.01%


第二部分: 蝙蝠SARS冠状病毒比较


Bat SARS-like coronavirus isolate bat-SL-CoVZXC21, (南京军事医学研究所,2018)

GenBank: MG772934.1

Percentage of Identity: 88.65%


Bat SARS-like coronavirus isolate bat-SL-CoVZC45, (南京军事医学研究所 2018 )

GenBank: MG772933.1

Percentage of Identity: 89.12%


Bat coronavirus BtCoV/Rh/YN2012 isolate BtCoV/Rh/YN2012_Rs4259 (武汉病毒所 2019)

GenBank: MG916903.1

Percentage of Identity: 63.69%


Bat SARS CoV Rs672/2006, (武汉病毒所)2010

GenBank: FJ588686.1

Percentage of Identity: 83.25%


Bat coronavirus Vs-CoV-1 genomic RNA, nearly complete genome (日本,2019)

GenBank: LC469308.1

Percentage of Identity: 72.91%


Bat coronavirus strain BtCoV92, complete genome (新加坡2019)

GenBank: MK492263.1

Percentage of Identity: 71.37%


Bat coronavirus CDPHE15/USA/2006, complete genome(NIAID, 2018)

NCBI Reference Sequence: NC_022103.1

Percentage of Identity: 80.91%


Bat coronavirus BM48-31/BGR/2008, complete genome (德国,2018)

NCBI Reference Sequence: NC_014470.1

Percentage of Identity: 80.44%


Zaria bat coronavirus strain ZBCoV, partial genome (尼日利亚,2016)

GenBank: HQ166910.1

Percentage of Identity: 71.12%


Bat coronavirus CDPHE15/USA/2006, complete genome (美国NIAID)

GenBank: KF430219.1

Percentage of Identity: 80.91%


Bat coronavirus BM48-31/BGR/2008, complete genome (德国,2010)

GenBank: GU190215.1

Percentage of Identity: 80.44%


第三部分:与中东冠状病毒比较 (mers CoV)


Middle East respiratory syndrome-related coronavirus isolate MERS-CoV camel/Kenya/C1272/2018, complete genome (肯尼亚,2019)

GenBank: MH734115.1

Percentage of Identity: 71.31%


Middle East respiratory syndrome-related coronavirus isolate MERS-CoV camel/Nigeria/NV1673/2016, complete genome (尼日利亚,2016)

GenBank: MG923478.1

Percentage of Identity: 71.15%


Middle East respiratory syndrome coronavirus strain ChinaGD01, complete genome (中国 2016)

GenBank: KT006149.2

Percentage of Identity: 71.15%


Middle East respiratory syndrome coronavirus isolate Qatar4, complete genome(英国,2014)

GenBank: KF961222.1

Percentage of Identity: 71.15%


Middle East respiratory syndrome coronavirus isolate KSA-CAMEL-378, complete genome(沙特,2014)

GenBank: KJ713296.1

Percentage of Identity: 71.07%


第四部分:全部蝙蝠冠状病毒基因登记号


1. Bat SARS coronavirus Rf1,     

29,709 bp Accession: DQ412042.1 GI: 89514809

 

2. Bat SARS coronavirus Rm1,     

29,749 bp Accession: DQ412043.1 GI: 89514824

 

3.Bat SARS CoV Rs672/2006,     

29,059 bp Accession: FJ588686.1 GI: 255733149

 

4.Bat SARS coronavirus Rp3,    

29,736 bp Accession: DQ071615.1 GI: 72256267

 

5.Bat SARS coronavirus HKU3-1,     

29,728 bp Accession: DQ022305.2 GI: 76160337

 

6.bat SARS coronavirus HKU3-3,     

29,711 bp Accession: DQ084200.1 GI: 71796716


7.bat SARS coronavirus HKU3-2,     

29,687 bp  Accession: DQ084199.1 GI: 71796704

 

8. Bat SARS coronavirus HKU3-13,     

29,677 bp Accession: GQ153548.1 GI: 292660245

 

9.Bat SARS coronavirus HKU3-12,     

29,704 bp Accession: GQ153547.1 GI: 292660233

 

10.Bat SARS coronavirus HKU3-11,     

29,695 bp Accession: GQ153546.1 GI: 292660221

 

11.Bat SARS coronavirus HKU3-10,     

29,695 bp Accession: GQ153545.1 GI: 292660209

 

12.Bat SARS coronavirus HKU3-9,     

29,695 bp Accession: GQ153544.1 GI: 292660197

 

13.Bat SARS coronavirus HKU3-8,     

29,681 bp Accession: GQ153543.1 GI: 292660183

 

14.Bat SARS coronavirus HKU3-7,     

29,716 bp Accession: GQ153542.1 GI: 292660171

 

15.Bat SARS coronavirus HKU3-6,     

29,704 bp Accession: GQ153541.1 GI: 292660159

 

16.Bat SARS coronavirus HKU3-5,     

29,704 bp Accession: GQ153540.1 GI: 292660147

 

17.Bat SARS coronavirus HKU3-4,     

29,704 bp  Accession: GQ153539.1 GI: 292660135

 

18.Bat SARS-like coronavirus isolate bat-SL-CoVZXC21,     

29,732 bp Accession: MG772934.1 GI: 1369125429


19.Bat SARS-like coronavirus isolate bat-SL-CoVZC45,     

29,802 bp Accession: MG772933.1 GI: 1369125417


20.Bat SARS-like coronavirus Rs3367,     

29,792 bp Accession: KC881006.1 GI: 556015127

 

21.Bat SARS-like coronavirus RsSHC014,     

29,787 bp  Accession: KC881005.1 GI: 556015114

 

22.Bat SARS-like coronavirus WIV1,     

30,309 bp  Accession: KF367457.1 GI: 556015142

 

23. Bat SARS-like coronavirus isolate Rs9401,     

29,769 bp Accession: KY417152.1 GI: 1270541521

 

24.Bat SARS-like coronavirus isolate Rs7327,     

30,307 bp Accession: KY417151.1 GI: 1270541507

 

25.Bat SARS-like coronavirus isolate Rs4874,     

30,311 bp  Accession: KY417150.1 GI: 1270541493

 

26.Bat SARS-like coronavirus isolate Rs4255,     

29,743 bp  Accession: KY417149.1 GI: 1270541480

 

27.Bat SARS-like coronavirus isolate Rs4247,     

29,743 bp Accession: KY417148.1 GI: 1270541467

 

28.Bat SARS-like coronavirus isolate Rs4237,     

29,741 bp Accession: KY417147.1 GI: 1270541454

 

29.Bat SARS-like coronavirus isolate Rs4231,     

29,782 bp Accession: KY417146.1 GI: 1270541441

 

30.Bat SARS-like coronavirus isolate Rf4092,     

29,710 bp Accession: KY417145.1 GI: 1270541428


31.Bat SARS-like coronavirus isolate Rs4084,     

29,770 bp Accession: KY417144.1 GI: 1270541414

 

32.Bat SARS-like coronavirus isolate Rs4081,     

29,741 bp Accession: KY417143.1 GI: 1270541401

 

33.Bat SARS-like coronavirus isolate As6526,     

29,725 bp Accession: KY417142.1 GI: 1270541388

 

34.Bat coronavirus Cp/Yunnan2011,     

29,452 bp Accession: JX993988.1 GI: 442796484

 

35.Bat coronavirus Rp/Shaanxi2011,     

29,484 bp Accession: JX993987.1 GI: 442796476

 

36.Bat SARS-like coronavirus YNLF_34C,     

29,723 bp Accession: KP886809.1 GI: 916354756


37.Bat SARS-like coronavirus YNLF_31C,     

29,723 bp Accession: KP886808.1 GI: 916354744


38.Bat coronavirus (BtCoV/279/2005),     

29,741 bp Accession: DQ648857.1 GI: 109893933

 

39.Bat coronavirus (BtCoV/273/2005),     

29,704 bp Accession: DQ648856.1 GI: 109893923

 

40.SARS-related bat coronavirus isolate Longquan-140 orf1ab polyprotein, spike glycoprotein, envelope protein, membrane protein, and nucleocapsid protein genes, complete cds

29,676 bp Accession: KF294457.1 GI: 656462529


41.SARS-related bat coronavirus isolate Anlong-111 orf1ab polyprotein and orf1a polyprotein genes, complete cds

21,479 bp Accession: KF294455.1 GI: 656462524


42.SARS-related bat coronavirus isolate Jiyuan-331 orf1ab polyprotein gene, complete cds

21,444 bp Accession: KF294456.1 GI: 656462527


43.BtRf-BetaCoV/JL2012,     

29,037 bp Accession: KJ473811.1 GI: 641457765

 

44.Bat coronavirus BtCoV/Rh/YN2012 isolate BtCoV/Rh/YN2012_Rs4259,     

29,076 bp Accession: MG916903.1 GI: 1597473558


45.Bat coronavirus BtCoV/Rh/YN2012 isolate BtCoV/Rh/YN2012_Rs4125,     

29,074 bp Accession: MG916902.1 GI: 1597473545


46.Bat coronavirus BtCoV/Rh/YN2012 isolate BtCoV/Rh/YN2012_Rs3376,     

29,102 bp Accession: MG916901.1 GI: 1597473532


47. Bat coronavirus BM48-31/BGR/2008,     

29,276 bp Accession: NC_014470.1 GI: 304633675


48. BtRs-BetaCoV/HuB2013,     

29,658 bp Accession: KJ473814.1 GI: 641457801

 

49. BtRf-BetaCoV/SX2013,     

29,461 bp Accession: KJ473813.1 GI: 641457790

 

50.BtRf-BetaCoV/HeB2013,     

29,443 bp Accession: KJ473812.1 GI: 641457779

 

51. UNVERIFIED: SARS-related coronavirus isolate F46,     

29,722 bp Accession: KU973692.1 GI: 1189483555


52. BtRs-BetaCoV/YN2013,     

29,142 bp Accession: KJ473816.1 GI: 641457823

 

53. BtRs-BetaCoV/GX2013,     

29,161 bp Accession: KJ473815.1 GI: 641457812

 

54.Bat coronavirus BM48-31/BGR/2008,     

29,276 bp Accession: GU190215.1 GI: 301298998


55.Bat coronavirus strain 16BO133,     

29,075 bp Accession: KY938558.1 GI: 1220516375

  

56.SARS-like coronavirus WIV16,     

30,290 bp Accession: KT444582.1 GI: 940378824













































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武汉海鲜市场肺炎病毒一席谈 2020-01-27 19:03:37

去年12月底发生在武汉的肺炎病毒在短短的一个月内, 迅速播散全国乃至全球,武汉更是重中之重,怀疑似病例数确诊病例数和死亡人数在近日增加很快。 武汉从前日开始封城,全国很多城市跟进。各种谣传尘嚣直上,阴谋论者死灰复燃。 专家没有权威的解读, 人们在焦虑中度过一天又一天。 就连我这个游子,也熬过不眠之夜,担心在武汉的亲朋好友安危。 春节期间, 适逢周末, 想用自己的生物医学知识,写一篇科普,可惜自己又不是病毒专业,知识面有限。但做总比不做好。 

不得不说,中国科学家在武汉肺炎病毒快速反应上,是非常严谨的,短短二十多天(一月十七日和一月二十三日),就完成了病毒高通全长测序,并命名为武汉海鲜市场肺炎病毒 (Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1 ), 基因登记号为 MN908947 和NC_045512, 两个团队所测序的结果完全一致。由于序列的公布, 为以后的RT-PCR精准检测提供了基础。 


运用上述基因序列,德国, 日本和香港立即公布的PCR检测方案: 

1.香港方案: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/peiris-protocol-16-1-20.pdf?sfvrsn=af1aac73_4

2.德国方案(也叫WHO方案):https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/protocol-v2-1.pdf?sfvrsn=a9ef618c_2

3.日本方案: https://www.niid.go.jp/niid/images/pathol/pdf/Detection_of_nCoV_report200121.pdf


下面抽一点时间描述这三个方案


日本方案:

上游引物:TTGGCAAAATTCAAGACTCACTTT

下游引物: CACAAAGGAATTTTTATGAACCACA

片段长度: 547bp

CTTCCACAGCAAGTGCACTTGGAAAACTTCAAGATGTGGTCAACCAAAATGCACAAGCTTTAAACACGCTTGTTAAACAACTTAGCTCCAATTTTGGTGCAATTTCAAGTGTTTTAAATGATATCCTTTCACGTCTTGACAAAGTTGAGGCTGAAGTGCAAATTGATAGGTTGATCACAGGCAGACTTCAAAGTTTGCAGACATATGTGACTCAACAATTAATTAGAGCTGCAGAAATCAGAGCTTCTGCTAATCTTGCTGCTACTAAAATGTCAGAGTGTGTACTTGGACAATCAAAAAGAGTTGATTTTTGTGGAAAGGGCTATCATCTTATGTCCTTCCCTCAGTCAGCACCTCATGGTGTAGTCTTCTTGCATGTGACTTATGTCCCTGCACAAGAAAAGAACTTCACAACTGCTCCTGCCATTTGTCATGATGGAAAAGCACACTTTCCTCGTGAAGGTGTCTTTGTTTCAAATGGCACACACTGGTTTGTAA


香港方案:

上游引物:TAATCAGACAAGGAACTGATTA

探针: CCGCAAATTGCACAATTTGC

下游引物: CATGGAAGTCACACCTTCG

片段长度: 110bp.

TAATCAGACAAGGAACTGATTACAAACATTGGCCGCAAATTGCACAATTTGCCCCCAGCGCTTCAGCGTTCTTCGGAATGTCGCGCATTGGCATGGAAGTCACACCTTCG


德国方案(WHO方案):

上游引物:GTGAAATGGTCATGTGTGGCGG

探针: CAGGTGGAACCTCATCAGGAGATGC

下游引物:TATGCTAATAGTGTTTTTAACATTTG

片段长度: 100bp

GTGAAATGGTCATGTGTGGCGGTTCACTATATGTTAAACCAGGTGGAACCTCATCAGGAGATGCCACAACTGCTTATGCTAATAGTGTTTTTAACATTTG


如果能够迅速地一步法PCR, 减少样品提取的过程, 就极大限度地可以减少医务人员的工作量,和减少交叉感染的机会。 


众所周知, 戴口罩是防止被传染的主要方法。WHO提出3M N95 1860或1870, 是最可靠的口罩。 3M的N100 可靠的阻断这个冠状病毒的口罩, 可惜非常贵。 由于国内的一些大医院院长们的开明,国际上的爱国华侨纷纷自费购买上述口罩, 捐献给一线的医护人员。我的一位朋友就一口气买了2000个,捐献给了武汉。现在美国这两型号的口罩全线缺货。 


在阻止病毒复制上,由于这个冠状病毒属于RNA病毒,目前成功用于抗RNA病毒复制的药物,主要是抗HIV的药物, 如Lopinavir and Ritonavir,初步的结果认为, 这两药物对于控制武汉冠状病毒引起的病变,有一定的疗效。 可惜这些药物很贵, 有一定的肝损伤。

 

在病毒的作用机理上, 研究者们比较集中在Ace2蛋白上。冠状病毒的Spike蛋白通过Ace2, 黏附到被感染的细胞 (请搜索www.mdpi.com,viruses-12-00135.pdf) 。Aces作为武汉冠状病毒的受体,进入细胞内复制。可以肯定,如果能够尽快设计出药物, 靶定这个受体, 有可能控制病毒扩散。 其他重要的蛋白有3C, RaTGI3(https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.22.914952v1.full.pdf), 本人了解不多, 所以不在这里赘述。 


武汉海鲜市场肺炎病毒的宿主可能是蝙蝠,中间宿主可能是蛇或其他动物。昨天有传, 说武汉肺炎和SARS病毒有80%同源性,是谣传。对此, 我比较了NC_045512和美国病毒库的冠状病毒序列, 其中2018年由南京军事医学研究所的Hu D, Bat SARS-like coronavirus isolate bat-SL-CoVZC45 (基因登记号MG772933.1)同源性达到87.99%, 有兴趣的朋友可以自己去进行比较。 同源性在80%以上的SARS样冠状病毒有接近100个, 这里不再赘述。 

  

 












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【新诗】 梦 2019-10-08 06:33:14

一个佝偻着背

的老妇

用她皲裂的乳头

摩擦坚硬的岩石

直到淋漓的鲜血

流淌在群山

流淌成江河


她嘴里在呢喃

冬儿

冬儿

气息越来越微弱

渐渐地

她凝聚成

一脉血染的群山


某一日

我终于有机会

匍匐在地

掬起一捧捧殷红的土

抛洒在

我蓬乱的头发上

我沟壑纵横的脸上

和我破旧的衣服上

就如我沐浴着

甘甜的乳汁


于是

有一天

我的头顶上

开出了

五彩斑斓的花

行走在一个

叫做废都的地方


于是

那里终于

有了一点

说起来并不和谐

的颜色








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我们都有“间谍”的潜质 2019-04-04 20:26:24

强迫技术转移,偷窃美国的知识产权,是美国打贸易战的另外一个大的由头。几曾何时起,我们在美国的高层次研究人员,我们华人的科技精英,我们华人圈的发明家,乃至我们的留学生们都成了中国在美国的间谍。尘嚣直上,国内引进的千人计划,更成为盯梢的对象。现状是人人诚惶诚恐,生怕自己就是FBI盯梢的一员。

是的,我们从小就接受了一种教育:学成归国,报效祖国。在大家的心目中,钱学森,邓稼先自然是留学回国,报效中华的楷模。在过去的一二十年里,陆陆续续有程和平,王晓东,饶毅,施一公等知名科学家在美国全身而退,“放弃美国优厚待遇,回国报效祖国”, 就连我的一个在美国混了九年, 混得不咋地的朋友,也可以在电视上宣讲:自己如何以国内的导师为榜样,毅然决然地放弃美国生活而回国的。 诚然,这些人全身而回,引领国内的年轻一代,开展科学研究,是值得钦佩的。

然而,更多的人恐怕没有那么简单。

国人没有信仰,但又有一个巨大的信仰:那就是物质的欲望,金钱的欲望。不管走到哪里, 他们都会带着这个欲念。 为了满足自己的金钱欲望,受个人利益驱使,铤而走险,干出很多污浊的事来,很多人没有了自己生活工作的基本底线:

某某,因为偷窃在美国的发明专利,遭到起诉;

多少人偷窃源代码被抓获;

多少人拿着在美国的RO1,又到国内申请国自然,聘请为教授,拿着高薪,又在美国逃税;

多少人在美国是全职,但同时在国内兼职,拿着月几万人民币的薪水,滴水不漏;

某某大教授,在XX大学兼职,大学给了一套现值千万的房子,而不需要在美国纳税。

不一而足!

可以说,这些在美国的蛀虫,大都是私人人为,而非国家层面的间谍。如果你仅仅穿一套西服,净身回国,那是你的本事:报效祖国!否则,别干出一些败坏华人声誉的事情。

清清白白地做事,干干净净地为人,这是人的底线, 没有国界。



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贸易战中的一个重点: 出口退税 2019-04-02 19:26:01

贸易战其中最主要的一档事,就是美国政府强烈要求中国取消出口退税制,认为这种经济运营严重扭曲了市场经济,破坏了国际的价格体系,破坏了美国的就业市场。我本人不是从事市场研究,对其中的深层次内含,不能说得透彻,但我的一些经历,让我对出口退税体系有个一知半解。

记得我还在广州上博士期间,就有体系内得大人物就告诉我,出口退税是某些高层人物圈钱的方式。某某长的大公子,在深圳成立了一个进出口公司, 成万吨的钢材在经由他的笔出口,成百万的退税。钢材出口到韩国的釜山,转悠一圈后,盖上韩国产的印,能货都不卸,在大海转悠一圈,原封不动地把船驶回国,加价后又办理进口。这不是我要说的范畴。

记得1996年,我是有1200多研究生的研究生协会主席,在当年组织了一次社会调查,主打的地方就是骆家辉的老家,广东台山市。当时的台山千斤顶厂,号称是全球最大的千斤顶厂,每年生产大约300万个千斤顶,厂里由近2000工人。厂长告诉我,4顿的千斤顶出口价大约7美元,每一个扣除材料,人员工资,电力,设备后的净利润是负35美分。产品出来后,由主营向美国和欧洲出口商的台商负责办理出口,转运。这个出口商可以赚净利润2美元。大家知道, 美国的 auto zone, advanced auto parts 一般卖22-30美元,也就是说,在美国,每卖一个千斤顶,美国的销售商赚了超过10美元。厂家以此微薄的利润是无法运转的。当年的国家退税是10%-17% 这样的话,厂家得到退税约80-100万美元。台山的圣诞节灯饰厂有接近10000工人,每个工人每天需要组装灯丝五万以上,每个才五厘钱。台山牛仔布厂的情况也大致如此。他们靠出口退税,来维持工厂的运转。

可以理解,改革开放的初期,国家需要大量的外汇,这些企业的创汇,为国家完成了国家的外汇资产的积累,对国家的发展起到了不可估量的作用。

去年回国去深圳参观了我孙子辈的电子烟厂,情况和上面描述也差不多:厂里有7000多员工,每年生产30多亿电子烟产品,70%出口美国。他们生产的一种像闪存的电子烟,成本价13美元(材料,场地,设备,但不包括人员工资)。在贸易战前,每个卖15美元,基本没有利润可言。 国家退税16%这个16% 维持了员工的工资。贸易战开始后,他们的产品加收25%的关税。现在同样的产品,在美国就到了卖25美元。

个人的理解是,出口退税制度,是维持国内很多厂家运转的支柱。一旦从国家层面取消退税, 很多厂家就会无以为继。国家退税,养活了几百万的产业大军。在美国方面,消费者买到价格低廉的产品。可以想象,贸易战后,美国还可以在 dollar tree 买到1美元的圣诞节灯饰么?



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