崇禎二年（1629年）袁崇煥與內閣輔臣錢龍錫談到平遼事宜时，提及其欲诛杀毛文龙。

由于毛文龙部僅占用明朝少量兵餉，卻總是給與後金大量傷亡，反觀東林黨支持的關寧軍，一年花用20餘倍於東江鎮，不僅無法主動出擊，連後金攻擊所謂關寧宸谰�中的任一城池時，其他城池只能閉門自守，完全失去作用。

因此東林黨人工科給事中潘士聞、尚寶卿董茂忠上书弹劾请撤毛文龙。

（魏忠贤追杀东林党就是这伙人）

崇禎二年一月，袁崇煥要求東江鎮的糧食必須由他來發送，並斷絕東江鎮的補給，並禁止商船賣糧食給東江鎮，餓死東江鎮10餘萬人，並在同時賣糧食給投降後金的蒙古朵顏束不的部下，讓後金得到大量糧食並進攻缺乏糧食的東江鎮。逼迫毛文龍與他談判。

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官商学黑勾结到底有多残酷， 毛文龙的军队都是不满鞑子的汉民反清坚决，成为袁崇焕等官僚与后金共同的敌人， 竟然饿死10万人。

毛文龙妨碍义和因为毛文龙手下收拢的都是不甘心被鞑子奴役的百姓，反清坚决，满清毫无办法。 毛文龙的存在让满清不敢放手进攻明境， 因为身后不安全无法集中兵力。 明朝边境安全就是靠毛文龙敌后坚持而存在， 所以毛文龙是满清的心腹之患。

袁崇焕敢杀大将形同通敌，底气何在？ 官商学黑勾结已经垄断了朝政，垄断了经济， 垄断了军队， 崇祯不敢反抗，也无力反抗。

崇焕与王洽书，言「关东款议，庙堂主张已有其人。文龙能协心一意，自当无嫌无猜；否则，斩其首，崇焕当效提刀之力」《崇祯实录》 袁崇焕写密信给兵部尚书王洽，说如果毛文龙不妨碍议和，那么就相安无事，如果不配合，就杀毛文龙狗头。 袁崇焕给毛文龙扣的“十二当斩”十分可笑，一看就不是真心话。现在终于暴露。所以后来真相大白之后，袁崇焕的罪名之一就是“以谋款则斩帅”。

中国历史上为了议和而杀害己方将领的事屡见不鲜。但是不经过正规程序，直接搞谋杀，事后又没有叛逃的，只有袁崇焕一个。

还有， 袁崇焕京城被围的时候竟然带一个喇嘛进京， 他竟然打起了靠鞑子兵围城逼迫崇祯义和的算盘。