1903年3月1日，震旦大学在上海徐家汇创建，创立之初学生中没有一个天主教徒。
1904年教会安排具有不同教学理念的法国神甫南从周负责校务，马相伯次年被迫另起炉灶创办了复旦大学，意在复我震旦。至于教会辅仁大学，乃马相伯与英敛之一起长期商讨，联袂发起的另一所天主教会大学。
由于美国教会对大学教育更为积极，在华绝大多数的教会大学都是由美国长老会、公理会、浸礼会和圣公会创办的。
教会在华办学经过20世纪初的草创阶段，到20年代已蔚为大观。其中大学有十几所，星罗棋布于中国大地。虽然这些学校规模一般不大，在校学生只占全国在校大学生总数的十分之一多点，但办学质量非常之高。
日益与中国社会融为一体
从清末到北洋政府这些年，教会学校大多数时候是自顾自地发展着，不受中国政府的制约。但随着大革命的洗礼，国人的民族情绪空前高涨，在反帝爱国思想激荡下，强烈要求收回教育主权。北洋政府在1925年12月公布了《外人捐资设立学校请求认可办法》：学校之校长须为中国人；学校设董事会者，中国人应占董事会名额之半数；学校不得以传教为宗旨。
大多数教会大学都能据此作出必要调整，开始向中国当局注册，选举中国人为校长，并建立中国人占多数的董事会。这些教会大学逐步适应中国的形势与发展的需要，限制课内宗教宣传与课外宗教活动，根据实际需要来进行自身的转变，日益与中国的社会融为一体。
各具特色的办学
所有的教会大学一个共同的特征就是重视英语的教育，很多课直接用英文讲授，所以教会大学的毕业生个个外语都十分流利。
教会大学各校名师云集，学生俊才辈出。以在当时的成就和名誉而论，很多都可与北大、清华媲美。如林语堂毕业于圣约翰大学，陶行知、程千帆、赛珍珠毕业于金陵大学，金庸毕业于东吴大学……此外，这些学校中有些特色专业闻名遐迩，比如燕京大学的社会系和新闻系，齐鲁大学的农科和医科，圣约翰大学的外语和医学，岭南大学的教育、商科及社会科学，之江大学的土木工程，以及沪江大学的化学……
这些教会大学的文凭都得到欧美国家承认，有的学校学生毕业后可以直接进入美国大学研究生院学习，有的则只需补修30个本科学分就可。无疑，这些教会大学使中国高等教育与西方的差距一下子缩短了数百年，已成为中国高等教育的一支重要力量。
消失的教会大学
新中国成立后，首任教育部长马叙伦充分贯彻最高指示，表示要研究中国参考苏联，不再允许外国在中国境内办学。
1952年秋，国家对各大高校院系进行大调整，所有的教会大学悉数被解散，院系撤并到相关院校中，比如，燕京大学的文科、理科等并入北大，工科并入清华，校址“燕园”成为北大的校园。圣约翰大学院系分别并入复旦、同济、华师大，原址上建起了华东政法学院。之江大学院系并入浙大、同济，在原址组建了浙江师范学院。教会大学中的外国教员则先后被遣送回国。
