“全能神”将他们错谬的“教义”视为“神的话”，视为信仰的“最高权威”，以近乎洗脑的方式灌输给他们的追随者，致使这些误入歧途者执迷不悟、如痴如醉。然而，“全能神”的组织者并不满足于“教义”对人们的约束，为了进一步制约这些追随者，对其进行精神控制，他们又处心积虑地建立了严密的组织体系，并制定了严格的规章制度。

“全能神”的发起人赵维山拥有极强的组织能力，在人事管理方面很有一套。为了掌控全局，充分驾驭“全能神”的追随者，他建立了完整的组织体系。该体系等级森严、责任明确，极具危害性。据有关资料显示，该组织体系自上而下设有“女基督”、“大祭司”、“圣灵所使用的人”、“省级领导”、“区级领导”、“城乡领导”、“小排领导”和“细胞小组领导”等。

“女基督”

“女基督”是“全能神”名义上的最高权威，但实际上只是赵维山的一个傀儡，并无实际权力。“女基督”的主要工作是负责“说话”，即说出“神的启示”。她所说的话经身边的“七灵”整理即成为“全能神”的“经典”。

“大祭司”

“大祭司”是地位仅次于“女基督”的职位，被称为“圣灵所使用的人”，此职只有一位，即“全能神”的发起人赵维山，他是“全能神”组织体系中的真正掌权者。“大祭司”的主要工作是负责行政管理，如：工作的拓展、制度的执行、领袖的任免、钱财的分配、书籍的印刷等。

“圣灵所使用的人”

赵维山的身边有几位核心人物，是他的得力助手，他们也被称为“圣灵所使用的人”。他们是“全能神”的“部门领导”，主要工作是协助赵维山处理各个部门的日常工作，并为其出谋划策。

“省级领导”

“东方闪电”在各省都设有分部，并设有负责该部工作的“省级带领”。“省级领导”的主要工作是负责所在省份的日常工作，负责随时传达“大祭司”的命令并向大祭司汇报工作进展。

“区级领导”

省级以下的市或地区，设有“区级领导”，负责所在地区的日常工作，要负责和“省级领导”联系，并服从“省级领导”的领导。

“县级领导”

区级以下的县、市，设有“县级领导”，负责所在县、市的日常工作，要负责和“区级领导”联系，并服从“区级领导”的领导。

“城乡领导”

县级以下的乡镇，设有“城乡领导”，负责所在乡镇的日常工作，要负责和“县级领导”联系，并服从“县级领导”的领导。

“组长”、“排长”

“全能神”的最小单位被称为“小组”（或“细胞小组”）和“排”，每20人为一个“小组”，设有“组长”（或称“小组领导”）一名；每40人为一个“排”，设有“排长”一名。“组长”和“排长”负责该“小组”或“排”的主要工作。

各级领导的身边，都设有“高手相助”一职，负责协助该级领导的工作，根据各地的实际情况，设有数量不等的“高手相助”若干。另外，每一层机构中，均设有一位美貌的女性，供该层“男负责人”淫乱之用，美其名曰“过灵床”。各级领导要定期制定工作计划，积极展开工作，并要及时向上级领导汇报工作成果，总结工作经验及失败的教训。

“全能神”的各层机构中，都设有一线、二线、三线、四线人员。

一线人员的职责是主持工作；

二线人员的职责是见证工作；

三线人员的职责是摸底、铺路，即开展新的工作；