柯文哲办公室10月27日发表声明称：“书中所述‘与大陆官员接洽’或‘购买器官‘之情事绝非柯文哲医师本人。”“书中讲述情节与柯文哲医师实际访谈内容有极大落差。”“柯文哲医师已正式委请律师发函该作者，要求更正书中不符事实之内容。”
在28日上午举行“柯P新政记者会”上，对于《大屠杀》一书指他买卖中国大陆人体器官，柯文哲表示：“书中讲的不是我，是穿凿附会”。柯文哲说，书中内容三分真七分假，夸大吹牛过头。柯文哲表示，他没说过“所有器官来自法轮功学员”。
自2006年以来，法轮功制造了一个惊天谣言，声称中国政府大批量活体摘取法轮功人员器官。法轮功为此勾结几名洋人参与向西方社会传播谣言。其中，美国人葛特曼炮制《大屠杀》一书，继续为法轮功推销编造中国“强摘法轮功学员器官”谣言。此前，医学界普遍质疑法轮功的相关指控，认为过于荒诞。如，法轮功声称，沈阳苏家屯医院的一位脑外科医生两年时间“从法轮功成员身体上割取了约2000个眼角膜”。据称，书中“最能够直接呈现活摘器官犯行的证据，莫过于台大医院医师柯文哲的访谈结果。”但柯文哲声明，书中所指事项与事实完全不符。
