1973年10月北大、清華大批判組成立時，與周一良、魏建功等同被委為“梁效”寫作班子顧問，“和群眾一同批林批孔”。“梁效”分為寫作組、材料組，後從材料組再分出一個注釋組，組員由馮友蘭、周一良、林庚、魏建功等學界名人，主要任務是為毛主席注釋詩詞， 負責寫作組的文章“把關”[13] 。1973年批林批孔運動中，相繼發表《對於孔子的批判和對於我過去的尊孔思想的自我批判》和《復古與反覆古是兩條路線的鬥爭》等文章，均得《光明日報》全文轉載。1975年參加四屆人大一次會議並為主席團成員，發表《參加批林批孔一年來的思想收穫》、《談談批林批孔運動對我的教育》，並結集為《論孔丘》出版。在該書前言裡說，“從尊孔到批孔，從覺得好象是災難，到確實覺得是幸福，這是一種思想改造上的轉變”。1976年寫作《孔老二的“撥”與走資派的“扭”》等文。

1976年10月，四人幫失勢，梁效寫作班子解散，馮亦遭關押審查。1977年至1979年被列為反革命集團成員，受到批判，要求“說清楚”“與‘四人幫’的關係”，背靠背對其進行批判。1979年獲准異地參加中國哲學史討論會，發表文章。[10] [14]