1977年3月14日包查被捕，4月10日胡寧被捕。在侯榮被謀殺後，胡寧、包查成為“親中幫”的主要人物。胡寧是一個窮困華人的兒子，他6歲喪父，靠努力學習攀進柬埔寨知識圈。1955年他在巴黎加入英薩利的“馬克思主義小組”，回金邊後出任西哈努克政府的部長，可謂草根翻身，光宗耀祖。胡寧的“革命”觀點激怒過西哈努克，以致1967年西哈努克演講道:“胡寧是最危險的。這些親中國的左派們的專業就是顛覆！” 在胡寧、包查被捕的前後，紅高棉駐北京的兩個“外交官”、以及親中共的紅高棉外事幹部也陸續被捕。現任商業部副部長、死心塌地為紅高棉效勞的華人張東海也被逮捕殺害。張東海手下的華人幹部也都被清洗。不久，這些被捕者都被殺掉，一個未留，其中包括原金邊“中華醫院”的蘇灼、洪乙華夫婦。被發配去種田的“華人大隊”2,000多名成員也“失蹤”了。這意味著紅高棉內部的“親中幫”至此覆滅。“親中幫”本是中國“輸出革命”政策播種在柬埔寨的產物，它在紅高棉內部占有重要的政治地位。而“黨中央”對“親中幫”的猜疑和防範由來已久，遂在毛周已死而無所顧忌的情況下，徹底消滅，訛求專寵。事實上此後中國對紅高棉的援助反而大量增加，從香煙、布匹到飛機、水壩無所不包，並向這個小國派遣了15,000名援建者，是十幾倍於蘇聯在50年代派往中國的俄國援建人員（1,390名）。這表明中共只得接受“親中幫”被除滅的既成事實。

胡寧在S-21里受到了兇惡折磨。胡寧被捕後的第4天就交出了第一份的7頁“招供”。拷問員龐的報告說:“在胡寧被帶去灌水用刑之前，我們已經鞭打了他4-5番，以粉碎他的立場。” 這“灌水刑”是S-21里常用的酷刑之一，為此特製“水櫃”。 “灌水刑”是一種反覆使犯人被溺斃的折磨方式，犯人被捆綁倒吊，淹沒在水櫃裡，嗆水掙扎，全身痙攣，當肺泡大面積損傷而即將溺斃時再把犯人吊出水櫃，奄奄一息的犯人口鼻噴出長長的血性黏液，求死不得，極為痛苦。僅5個星期，胡寧被折磨得已經崩潰，他無比悲慘地在“招供文”的旁空處用抖瑟筆跡寫下:“我不是一個人，我是一隻畜生”。他被逼新的招供，這位富有激情的共產主義者不得不親手寫下“自己一生的反革命活動”，淒切地誣陷自己:“在過去的25年裡，我下賤地為敵人服務。我曾為CIA和可恥的帝國主義者服務，也為一個名叫‘毛’（Mao）的密探服務。而現在我得到了如此下場。我已經無所依靠。我的生命完全依靠黨了。” 胡寧寫下每一句自誣的話，都需要很大的勇氣。讀了他的招供文，任何人都能體會到他的遭遇令人心碎。

在胡寧的招供文里，指使胡寧陰謀活動的人，是一個面目模糊、獨往獨來、無可查證的“毛”。其政治目的是：扭轉柬埔寨的國家政治方向去靠攏共產黨中國。這究竟符合誰家的利益，手段方式又是誰家的模式？顯然這個“毛”恰象是伸入柬埔寨的中共地下黨才完全符合如此角色，而柬共黨不符合。至於胡寧為什麼以中共地下黨的活動為模板編造招供文，又為什麼把他的上級取名為“毛”？這大概只有被酷刑逼得走投無路的胡寧自己才清楚。

1977年7月6日，胡寧、包查與125個囚犯被集體處決了。幾乎所有的研究紅高棉的論文，在提到胡寧的案例時都表達了深重的同情和不平，並以此證明紅高棉的暴虐。但是，胡寧究竟是什麼人？他顯然不是一個正直善良的人，而是共產主義運動所篩選出的一個惡毒的“革命者”，連西哈努克也對胡寧忍無可忍。胡寧激進地參與了紅高棉製造柬埔寨“革命”的作惡過程，無數柬埔寨人民因而死亡。雖然胡寧最終也變成“共產主義運動”的犧牲品，但那絲毫不能減輕他的罪孽。胡寧與侯榮、喬森潘都曾以“公開左派”身份為柬共秘密工作，這三人之中比較惡毒的喬森潘是唯一沒有被大清洗觸及的人。

1977年4月底，波布的親信謝杰（Siet Chhe，又名Tum）被捕。當謝杰還是個初中學生的時候，他被教員波布引入柬共。1963年謝杰跟隨波布逃入東部叢林，在波布患瘧疾期間照料波布。在1975年紅高棉“勝利”後他是東區22號分區的首領。謝杰與波布、宋成有著長期的私誼和親密的工作關係。然而，現在謝杰的功勞一概化為烏有。謝杰的被捕證明了，即使對波布忠心耿耿也不一定被波布認可。謝杰懂得進入S-21便是有生無還，他天真地寫下一些信件向波布和宋成求救。但這些信件一直被存放在S-21的檔案室里，證明它們不曾離開過監獄交給“上面的大哥”。

謝杰在被捕的第一個星期里，他否認所有強加給他的罪狀。他認為自己被冤枉了，也認為應該讓他與“上面的大哥”直接溝通。謝杰寫信給“89號兄弟”宋成：

“兄弟，我在這裡好苦啊！我不曾經歷過這樣的事！如今，我被關押在革命的牢房裡，我真的不明白，這太令人困惑不解了，但到最後我終於看清楚了：是那些為美國中央情報局、越南共產黨及蘇聯情報局做事的人，把我弄到了革命監獄裡。” 謝杰極力希望通過與宋成的聯繫而改變自己的命運:“我一直都知道，一旦進入S-21，就沒有人可以走出去；即是說，這個地方只有進，出是永遠都不會發生的事。兄弟，果真如此，我就無路可逃了。” 幾天后，謝杰將被施用酷刑，他再次給“上面的大哥”寫信:“我已在這裡一個多星期了，只是被鎖銬。根據那些負責案件的人說，我將會進入被折磨的階段。親愛的兄弟！我知道我完了！請及時來搭救我，兄弟！無論怎樣毒打我，怎樣死去，我都會對黨忠心一致。如果你不搭救你的弟弟，他一定會死！而打碎真正的敵人才是黨的光榮……這是最後的一次了，兄弟，請及時把你的弟弟救出來。我甘心與妻女到農田裡種大米。……請你救救我，就讓我活下去吧。”

謝杰的懇求，充滿透明的真誠和令人窒息的感覺。然而，謝杰沒有得到任何回答，只得到了酷刑。失望已極的謝杰沒有再給“上面的大哥”寫信。相反，謝杰在招供文里“揭發”了無數個以前的同事和朋友。最後，謝杰在S-21監獄裡被“黨中央”下令處決了。

1977年6月6日，中央宣傳部副部長提歐被捕。提歐也是資深的反法戰士，現在他被指控秘密參加了美國中央情報局和柬埔寨東區的叛徒網。9月18日提歐的弟弟提梅（Tiv Mei）全家也被逮捕。隨後提歐、提梅弟兄兩家都被滅門殺死。1977年9月紅高棉幹部童萬（Thong Vann）被捕，他寫下的拷問過程是:“當我剛到（S-21）時，審訊者說我是美國中央情報局的人。當時我失去了控制，說‘我否認。’ 他說‘如果否認，我們會毒打你，直到我們得到詳細的招供。’ 當我把自己的革命歷史和活動寫成一個詳細概要之後，審訊者對我說‘為什麼（在概要里）沒看到你叛國的事？’ 我答道‘我沒做過叛國的事。’ 那人說‘如果你否認，那你還會被毒打。如果你寫出叛國的事，那就最好不過了。’ 我知道自己無法再承受折磨，於是便寫了一個我如何出賣國家的故事，以及我和農蘇恩的陰謀關係。”

1977年4月17日，文檔部編寫了一份兩個月來被S-21逮捕的囚犯表格。這個表格有1,566個名字，都是紅高棉的重要幹部。表格記錄了他們的名字，化名、性別、職位、單位、入獄日期和其它細節。其中633個名字被S-21所註明“粉碎”(柬文komtech，處決)。每一個名字的父母、配偶和孩子們也都在S-21或者在紅高棉各地監獄裡被處決。僅在1977年3月17日的一天內S-21所“粉碎”的囚犯就有107人。1977年7月1日的文檔顯示，那一天有114個女人在S-21里被集體處決。

1977年在清洗北部大區的同時，逮捕行動也橫掃了整個西北大區。這是因為波布在“4年計劃”中給西北部所設定的大米產量根本無法達到而引發的。當時西北部人民因營養缺乏和過度勞累，已經無力種田。但是波布認為他的“4年計劃”之所以會失敗，是因為有人破壞。

波布不喜歡西北部的原因，除了那裡很接近泰國之外，還有三巴特在那個地區實行的半獨立性。1977年，因為缺乏農耕器具，人民飢餓和收成不好，預計從西北部生產的大米並沒有運抵金邊。於是西北大區幹部都被指責為破壞革命經濟或毀壞收成、故意讓人民挨餓、私讓柬埔寨邊界領土以及合謀把大米偷賣給泰國。1977年4-5月，大清洗來到西北大區，許多軍事人員和地方幹部被大批逮捕。

當清算行動變得更加劇烈時，S-21的關押空間被塞滿了。上千名飢餓的囚犯擁擠在四棟教室樓里。S-21附近的埋葬場也被死屍填滿。於是，在S-21南面15公里處的鎮艾斯（Choeung Ek）的一個舊有墓地，被當作了S-21專用的殺戮場。一個看守說:“當囚犯聽到自己將被帶走時，他們都絕望地扭自己手上的鋼鐵鎖銬，並徒勞地與看守員掙扎。” 但他們被反綁着扔上貨車，被帶去殺人場。每天在鎮艾斯被處決的囚犯，從幾十人到三百人之間。劊子手辛輝（Him Huy）對鎮艾斯殺人場面的描述，是迄今為止的第一手資料：當載有囚犯的貨車抵達鎮艾斯之後，囚犯被集中在一間建築物里。在那裡，他們的名字與一份處決名單核對。然後，囚犯就以分組方式被帶到土坑邊。辛輝以一種冷漠態度接著說:“他們的雙手被反綁在身後，被踹倒在坑邊跪下，被用牛車輪軸的鐵棍猛打頭頸部，有時一次，有時兩次……守衛隊長監督着整個過程，而我負責記錄殺掉的名字。我們把這些名字帶回去，那是絕不能缺少任何一個名字的。”辛輝記得，當囚犯們被打死後，有些死者的衣服被剝下拿走。

西北大區的4號分區（馬德望省東部）首領、三巴特的著名助手“革命家”克平被捕。同時另一分區的首領博沙里（Phok Sary）也被捕。到了1977年末，西北大區全部7個分區的首領和副首領們一個不剩，都被逮捕並殺害。三巴特是一個堅定的革命份子，他從1950年起就是西北部革命的領導者，他在當地擁有威望，因此“黨中央”沒有立即逮捕他。在塔莫的指揮下，幾千個西南大區的幹部到達西北大區，接管權力。他們發現在西北部，儘管大米產量被報導翻番，但實際上那裡只出產了少量的大米。於是他們在西北部進行激烈的清洗活動，大量的西北部幹部被殺害，很多當地的“舊人”（革命的基礎群眾）也被當作懲罰對象而打死。不久，西南幹部對西北部村莊的清洗行動又製造了一批冒死逃往泰國邊境的柬埔寨難民。在泰國，這些難民對記者和西方外交官們講述了大量發生在柬埔寨的悲慘事實。

這一波遍及柬埔寨北部、中部和西北部的大清洗，造成數萬名的紅高棉幹部和軍事人員被處決。在酷刑下的每份招供導致了更多的抓捕，被牽連的受害者上級、下級和他們的配偶、孩子們都被殺害。還有更多的“舊人”村民被西南幹部認為是原西北大區的“反革命基礎”，也遭到大規模的殺害。大清洗髮展到痙攣程度，而塔莫藉機把自己的勢力擴展到了北部、中部和西北部。現在，波布的注意力轉向搜尋“內敵”，而“4年計劃”本身被悄悄地放棄，不再被提起。

因為地緣關係，柬埔寨東部人民受越南人的影響年深日久，東部當地不斷發生對“黨中央”政策的反抗，柬越邊界地帶的柬民和一些紅高棉幹部紛紛逃往越南。在21號分區（原磅占省），26歲的洪森於1977年6月20日也逃往越南。在逃亡中，洪森與他的妻子失散。1977年10月19日河內報道：在過去的兩年裡，已有6萬柬埔寨難民逃到了越南。

杜赫每天工作到深夜，他勤奮地尋找“內敵”並逐個逮捕他們。現存S-21的一些處決照片展示被殺者的頭顱被隨意割掉。但是毫無疑問，在S-21里，除了囚犯的家屬和孩子們是清白無辜的，那些被清洗的幹部基本上都不是什麼善良人，而是禍害自己民族的共黨份子。雖然他們遭受痛苦折磨值得世人同情，但他們並非無辜。客觀地說，S-21在認真冷酷、卓有成效地逐步深入地粉碎着主要由社會垃圾組成的共黨骨幹部分。

1977年，紅高棉和越南的關係日趨惡化。紅高棉頻頻越界襲擊越南村莊。同時，紅高棉也分別對泰國對寮國頻繁挑起武裝衝突。5月份，一系列戰鬥沿着柬越南部邊界爆發，紅高棉越過邊界攻擊和焚燒了更多的越南村莊，越南村民被迫撤離了兩個越南小鎮，逃到越南內地朱篤市（Chau Doc）。5月16日紅高棉居然起飛一架軍機向越南的邊界省城河仙市（Ha Tien）投彈，並調動重兵向河仙市郊發動地面攻擊。這是紅高棉在炫耀他們有能力把戰爭擴大到越南內地。這個冒險行為引起了河內的震怒，柬越邊界衝突開始升級。此前，中國人為紅高棉在柬埔寨東部的磅占市郊修建了一個軍用飛機場，並提供了六架軍用飛機。這個機場的作戰目標明確地指向越南，向越南投彈的飛機就是從這機場起飛的。現有的資料表明，紅高棉的飛行員是中共在中國河南省開封市郊基地和福建省基地培訓的。其後，紅高棉又在東部越界襲擊了十幾個越南村莊。於是，越南人在越柬邊境地區開始部署數千人的武裝部隊。

越南人此時的戰爭能力和潛力，對比紅高棉是強大得近乎無限。越南共產黨“人民軍”在越戰時期為200萬人，1975年吞併“南越共和國”之後大裁軍，到1977年還保留有120萬人。“人民軍”具有陸海空軍配合的立體作戰能力。河內對於紅高棉的武裝挑釁，起初的表現是克制和尋求談判。而紅高棉一再襲擊越南，令人看不懂紅高棉的玩火包含有什麼實際上的軍事意義或者政治謀略。