1918年，晉北爆發嚴重肺鼠疫。此次疫情源自內蒙古，後波及山西北、中部二十多縣。1月1日，北京通告山西省府，內蒙綏遠、五原、薩拉齊及包頭鎮等地發生肺疫。1月5號，山西督軍兼省長閻錫山接到山西省內疫情報告。1月7日，時任總統段祺瑞作出批覆，任命伍連德、陳祀邦、何守仁三人為檢疫委員，負責防疫事務，調查處理山西大同一帶疫情。

　　1月5號，閻錫山接獲疫情報告後，遂即公開訊息，着令山西各縣迅速阻斷交通，設立檢疫站，嚴格檢查疫症，要求各地官民加強消毒與隔離，掩埋疫斃者屍體。他借鑑1910年東北鼠疫經驗，當機立斷做出主要防治決定。閻錫山調用手下官員、軍警，聯合紳商協助警隊消毒等事宜。同時授予醫官權力，聘請數十位中外醫師協助治療和防疫。

　　由北京派來的三位專業防疫委員商議後，設置了三道防禦線：綏遠為第一區，由伍連德負責;豐鎮為第二區，由何守仁處理;大同為第三區，由陳祀邦擔任。交通部命令京綏鐵路管理局全力配合防疫，暫停相關鐵路交通。

　　閻錫山坐鎮山西，治理晉地，其政經政策自成一體。他致力於經濟建設，對外保境安民，對內自存自固。因瘟疫人命關天，他全力運作防疫系統，力主保全更多百姓的命。由中央分發文告，普及疫病流行及預防之知識。閻錫山以電報要求防疫最前線的縣知事、縣佐和警佐將疫病資訊各印二十多萬張，務使傳單送達每個村莊，並責成省、縣、村級行政官員切實將疫情對各村落民眾宣講明白，讓人民知道如何自我防範，避免染疫。這些政策，用今天的話講，是由專業公共衛生官員負責區域防疫統籌，中央和地方配合，對民眾完全公開疫情事實，儘量做到資訊透明。

　　中央政府內務部派了一位美國醫學博士楊懷德(Dr. W.Yeung)趕赴山西。閻錫山在這非常時刻，授以楊博士醫務全權，並動員一切社會力量，一切人力資源，請在山西的各國醫生和宗教界人士參與防疫和救治。他做出了許多決策，調動人力物資，施行有效的政令，迅速控制了疫情的蔓延。

　　據《山西省疫事報告書》記載，閻錫山下令遮斷疫區內外交通，展開整段鐵、公路線的檢疫工作，不僅停開前往疫區的火車，而且乘車前往非疫區的乘客也都要接受檢查，認真防檢客流與物流。對來自疫區的百姓，必須截留七日察看，先以石炭酸水對其消毒，為其更換新衣後，送入隔離所，每天由醫士進行診視。若無疫症則給證明放行，若出現疫症，則立即送入醫院，並將病患所住的房屋重新消毒。

　　當時阻斷交通後，官方也同時施展救濟。因山西疫情發生在寒冬，一旦阻斷交通，官兵、商賈與百姓的生活供給就成了巨大難題，但不能因此導致無數工商百姓凍死和餓死，所以雖阻斷交通，但仍行變通，“日常需求當然由公家接濟”，並對外來商旅和工人提供食物(分付費和免費二種)。

　　凡是流徙的貧民、老弱及乞丐，被檢疫員截停後，暫居官府指定的收容所，免費由官方給付棉衣褲，以及早晚二餐飲食。如果一家連斃數口人，余者不能自謀生活，必須由地方官實施救濟，則撥付公款作為補助，或發放糧米救濟。負責運糧的馬車和車夫都需要經過消毒，到指定地點發放糧米。

　　對防疫人員、官員、各國派駐的醫師、輸送醫療物資的官兵、郵政信差等人，由總局發給通行證或臨時放行證。即便持有通行證的人，也必須在消毒後進入防疫區。

　　閻錫山作為山西督軍兼省長，所率領的地方政府工作得力有效，措施採取得當。疫情從1月5日開始，蔓延70多天后，至3月19日全部肅清。

　　此前，閻錫山曾於3月3日電呈內務部，請求北京政府撫恤因公病故的山西官立醫院院長石亮熙。由於“防疫人員獎懲及恤金條例”尚未出台，暫時參照《警察和官吏恤金給與條例》，“給予一次恤金二百元，遺族恤金四年，年給一百元以資撫恤”。幾天之後，內務部於3月8日頒布《防疫人員獎懲及恤金條例》，對防疫有功的相關人員頒發勳章、獎章，或特保實職、升階。對現任職防疫人員和非現任職防疫人員，發放不同等額的撫恤金。

　　肺疫平息後，閻錫山派人總結防疫工作，纂修了《山西省疫事報告書》，對消毒法、防疫措施、診斷標準、死亡情況、市場遞接規則、防疫期間的電文法令等等都作了詳細記載，甚至還製作屍檢表統計疫斃者情況，也對各地人事安排繪製了詳細的圖表。報告書體例完備，內容詳實，書中使用了大量真實照片、專業的疫情圖片以及統計表，為後世防疫提供了極高的學術研究價值和防疫經驗。

　　在一百多年前的中國，儘管還沒有現代化的通訊工具、檢疫、醫療設備，但閻錫山率領的山西地方政府對防堵大規模疫情、解決疫災的種種舉措，均能有條不紊地進行。表現出的行政效率，堪為典範。