根據劍橋病毒家譜分析病毒來源

劍橋大學的最新研究發現病毒存在三個不同的類型， A， B， C。如果以蝙蝠病毒當成祖宗，A與蝙蝠病毒輩分最近， B次之， 而C為孫子輩。 美國的病毒以A型為主， 意大利以C型為主，中國以B型為主。 原作者假設病毒還是從中國傳出來的， 這個假設與數據矛盾， 作者才想可能是人種基因差異導致對不同類型病毒的抵抗力不同。 不得不說， 這個解釋根本沒有任何科學依據，而是依據預設前提牽強附會。 特別是美國乃是多民族融合社會，偏愛A型祖宗而抵抗兒子B根本說不過去。 如果沒有預設的前提， 從數據中很容易得出結論： 美國是病毒的源頭。  另外有中文作者不讀原著硬性加上一句， A型最早在中國發現，這就是扯謊了。 因為原作者給出數據明確， 1月24日最早鑑別的病毒不是A型，而是距離元始病毒相當遠的病毒類型。

另外， 俄羅崗大學檢查40個沒有確診新冠病毒感染的人發現，有4人身體裡有新冠病毒抗體。 抗體陽性者聲稱12月份曾經得了嚴重的流感。 可能性有倆個：1. 抗體檢查不準確，2. 美國流感實際上有很多新冠病毒感染。  目前加州開始檢測抗體，相信不久就會有結論，如果能檢查電子煙倖存者則更能接近真相， 拭目以待。

PNAS 基因組系統進化分析顯示：新冠病毒存在3個主要變體，在中國傳播的主要為二代變體

4月8日，PNAS發表文章“Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes”。來自德國和英國研究團隊報道了世界各地的160個新冠病毒（SARS-Cov-2）基因組的系統進化分析成果。研究人員發現了三個主要SARS-Cov-2變體，並根據 氨基酸變化不同 將其命名為A、B和C型，其中A型為原始病毒類型，B型衍生自A型，C型衍生自B型。此外，三類變體在全球的分布範圍不同，差異極大。A和C型多發現於 歐洲人和美國人中，B型是東亞最常見的類型。

截至2020年3月上旬，GISAID數據庫（https://www.gisaid.org/）包含了253種SARS-CoV-2的完整和部分基因組，這些基因組由世界各地的臨床醫生和研究人員提供。已有研究顯示，SARS-CoV-2 與蝙蝠冠狀病毒的序列相似性為96.2％。

A型為原始病毒類型

為了解SARS-CoV-2在人體內的進化，並協助追蹤感染路徑和設計預防策略，研究團隊繪製了一個由160個基本完整的SARS-Cov-2基因組組成的系統進化網絡（圖1）。 研究人員將蝙蝠冠狀病毒 （BatCoVRaTG13 ）用作外群，使病毒進化網絡的根位於“ A”世系簇中。結果顯示 ，A型為原始病毒類型，B型衍生自A型，C型衍生自B型。 該網絡顯示了原始新冠病毒基因組與新近變異的子代基因組同時存在。

圖1：160個SARS-CoV-2基因組的系統發育網絡。來源：PNAS

A型主要分布於美國和澳大利亞

研究發現， A型的兩個子群可以同義突變T29095C區分。在T-等位基因亞群中，有四個中國人攜帶原始病毒基因組，三名日本人和兩名美國人中則有更多突變。C-等位基因亞群具有相對較長的突變分支。值得注意的是， 感染A型的樣本 將近一半（15/33）來自東亞以外地區，主要位於美國和澳大利亞，且三分之二美國樣本感染的是A型。此外， A型雖然最早出現在武漢【用詞錯誤， 是發現，不是出現， 因為美國早期沒有檢測，所以就不可能發現， 武漢1月24日最早鑑別的病毒不是A型，而是距離元始病毒差別很大的病毒】，但武漢只有極少的感染病例，且來源於在武漢生活過的美國人 。

B型變體主要分布於中國及東亞地區

在B型病毒變體主要存在於武漢（n = 22），中國東部其他地區（n = 31）以及鄰近的亞洲國家（n = 21）。在東亞以外地區，在美國和加拿大的病毒基因組中發現了10種B型變體，墨西哥1種，法國4種，德國2種，意大利和澳大利亞各1種。

分析發現，節點B通過兩個突變從A型衍生：同義突變T8782C和非同義突變C28144T，即將亮氨酸變為絲氨酸。在突變分支長度方面，B型是驚人的：東亞人主要攜帶原始的B型病毒基因組（26/26），亞洲以外的B型基因組都發生了突變。

C型變體主要分布於歐洲

C型與B型的區別在於非同義突變G26144T ，該突變將甘氨酸轉變為纈氨酸。在數據集中，C型是主要的歐洲類型（n = 11），在法國、意大利、瑞典、英國、美國和巴西都有發現。C型在中國大陸的感染樣本中未發現，但在中國香港、中國台灣、新加坡和韓國有分布。

追蹤新冠病毒的傳播

系統發育網絡此前主要用於追蹤史前人類的人口流動，這是首次運用在追蹤新冠病毒的傳播路徑。 在感染路徑 未知 並造成公共健康風險的情況下， 系統發育網絡可以 重建感染路徑。 該研究以有充分記錄感染史的病例作為例證進行了說明。

2020年2月25日，據報道，第一個巴西病例是在訪問意大利後感染的，該網絡通過C型中意大利人和他攜帶的病毒基因組之間的突變關聯反映了這一情況（圖2）。

圖2：巴西患者攜帶新冠病毒位於系統發育網絡的C簇中。來源：PNAS

在另一案例中，一名加拿大男子從中國武漢前往中國廣東，然後返回加拿大，並於2020年1月27日被確診為COVID-19。系統進化網絡（圖3）表明，該男子攜帶的病毒基因組是從一個重建的原始節點分支而來的，在廣東佛山和深圳都有衍生的病毒變體，這與其旅行史相符。該男子攜帶的病毒基因組與其他被感染的北美人（一個加拿大人和兩個美國人）的病毒基因組顯然具有共同的病毒譜系。

圖3：加拿大患者攜帶新冠病毒位於系統發育網絡的B簇中。來源：PNAS

那是否有可能通過使用最早採樣的可用基因組作為根， 分析 病毒 在早期階段的 進化？研究發現，以蝙蝠冠狀病毒作為外群生根，於2019年12月24日採樣的第一個病毒基因組已經遠離根類型， 如圖4顯示 。

圖4：系統發育網絡指示樣品採集的時間。第一個病毒分離株於2019年12月24日採集，因此從2019年12月24日至30日為零周。來源：PNAS

根據該研究建立的SARS-CoV-2基因組系統發育網絡可以發現，這些SARS-CoV-2基因組是密切相關的，並且在其人類宿主中處於 選 擇 進化 ，並有平行進化，即 相同的病毒突變出現在兩個不同的人類宿主中 。 該研究所描述的核心突變已被多個實驗室和測序平台所證實，因此 需要謹慎考慮病毒 變 體可能改變疾病臨床表現和傳播的可能性。 在評估SARS-CoV-2感染的臨床和流行病學結果，設計治療方案以及最終設計疫苗時，或可以使用該發育系統分類來排除或確認相關影響。

由於樣本量較小，因此還不能確定該研究結論是否具有普遍性。據悉，該研究團隊已經更新了數據，將截至到3月底1000多例的COVID-19病例納入到研究中。