身后事由于在古巴危机高峰期间的应对沉着，启动阿波罗计划，使美国人也收获大量的高科技优势，在针对总统功绩的排名中，通常在中上的位置。在大众文化中他的地位却更高，一直被大多数美国人视为历史上最伟大的总统之一。 肯尼迪一生留下众多绯闻，其中与明星玛莉莲.梦露的最为出名。还有传闻梦露的死是因为她曾观看机密的太空外星生物档案而被肯尼迪的官员发现及谋杀，而非外界所说服食安眠药自杀。也有人提到肯尼迪最喜欢的情妇是Mary Meyer，她在肯尼迪遇刺后也被暗杀，案件一直未侦破。一位名为Mimi Alford的前白宫实习生透露，肯尼迪曾与其有长达18个月的私情，肯尼迪曾因担心其怀孕而亲自安排其接受检查。 此外，肯尼迪的妻子杰奎琳也被传出和肯尼迪的弟弟罗伯特.弗朗西斯.肯尼迪有染；杰奎琳的密友更出书爆料她曾和俄罗斯芭蕾舞王鲁道夫.纽瑞耶夫有过一段婚外情；明星马龙.白兰度也承认和杰奎琳有过两晚的激情之夜；但杰奎琳最终离开美国，于1968年嫁给了希腊船王亚里士多德.奥纳西斯；1975年船王死后，杰奎琳回到纽约定居，和一位比利时裔的已婚钻石商人同居。 肯尼迪遇刺数小时后，凶手李.奥斯瓦尔德被警方抓获。案发两日后，奥斯瓦尔德在警察的严密戒备中当众被杰克.鲁比开枪击毙，美国人在电视直播中目睹了整个过程。而鲁比最后也因癌症死于狱中，他临死前声称被人下毒才罹患癌症。一年后，专门调查此次暗杀的沃伦委员会提交了888页报告认为：没有可以令人信服的理由证明奥斯瓦尔德在一个阴谋团体之中，这只是个人行动。肯尼迪被刺杀后短短三年中，18名关键证人相继死亡，其中6人被枪杀，3人死于车祸，2人自杀，1人被割喉，1人被拧断了脖子，5人自然死亡。 种种怪象结合在一起，让案情变得扑朔迷离，成为20世纪最大疑案之一，为此也产生了种种阴谋论，其中最著名的有以下10种： 1) 金融集团说： 1963年６月４日，肯尼迪签署了一份鲜为人知的11110号总统令，着令美国财政部发行“白银券”，并立刻进入货币流通，以从私有的中央银行美联储手中夺回货币发行权。如果该计划最终得以实施，美国政府将逐步摆脱必须从美联储“借钱”并支付高昂利息。“白银券”的流通将逐渐降低美联储发行的“美元”的流通度，很可能最终迫使美联储损失巨额财富，甚至破产，所以他们暗杀了肯尼迪。 2) 黑帮说：肯尼迪的父亲靠金融投资和贩酒买卖发家致富，并利用黑帮人脉为儿子的总统竞选活动提供资金。肯尼迪遇刺前不久，黑帮头目马尔塞罗正面临审判，可能会被驱逐出境，马尔塞罗想要“做掉”肯尼迪来报复他的忘恩负义。而罗伯特.肯尼迪在后来的竞选总统过程中被也被暗杀，是因为黑帮担心他上台后会彻查肯尼迪案，所以抢先下手，以绝后患。 20世纪五六十年代，马尔塞罗是美国首屈一指的黑帮首领，其势力范围囊括了从达拉斯市到新奥尔良市的大片土地。他雇佣了大批外籍流民，例如来自意大利的战争孤儿，将其训练为职业杀手从事众多肮脏交易。通过构建一张复杂的地下网络，马尔塞罗暗地里还进行人口走私的买卖，并从中选出“良种”豢养起来，对他们进行“打靶射击”训练。1985年12月15日，正在狱中服刑的马尔塞罗告诉一名狱友，称他才是策划实施肯尼迪遇刺案的幕后真凶，“是的，是我杀了他，我很高兴我这么做了，遗憾的是我没能亲自动手”。 3) 中情局说：美国法医历史学家帕特里克.诺兰认为中情局内部的极右势力有“方法、动机和时机来策划暗杀肯尼迪”，他们从黑帮或者外国情报机构雇佣了职业杀手来实施暗杀计划，而暗杀的目的是夺权、自保、阻止肯尼迪政府与古巴和苏联讲和。 诺兰认为根据有关此案的物理、影像和医学证据，一共存在3名枪手。案发时，这三人藏匿在迪利广场周围：一人躲在教科书仓库大楼里，一人在广场附近的山丘上，还有一人则在教科书仓库大楼对面的建筑物里。中情局对凶手细节肯定知情，但他们却拒绝公开，背后原因是“不想让敌人知道有时候我们跟他们一样邪恶”。 4) 副总统说：林登.约翰逊在1960年大选初期党内提名时曾位列第一，但后来被肯尼迪超过，所以怀恨在心。遇害前不久，肯尼迪向其幕僚暗示，在即将开始的连任竞选中，他决定把陷入两起腐败丑闻的约翰逊踢出局。于是，在自保和登上总统宝座的强烈欲望的驱使下，约翰逊痛下杀手。 据悉，肯尼迪到访达拉斯、乘坐敞篷车穿过迪利广场等，都是约翰逊一手安排的。而且，开枪杀死肯尼迪的不是美国当局捕获的奥斯瓦尔德，而是臭名昭著的职业杀手马尔科姆.华莱士，而华莱士恰恰是约翰逊的“长期合作伙伴”。玛德琳.邓肯.布朗做了约翰逊20年的情妇，她在一本回忆录中写道：“肯尼迪遇刺前晚，约翰逊告诉我：“过了明天，那些肯尼迪家族的混蛋就没法再羞辱我了。”肯尼迪死后，约翰逊成为美国第36任总统。 5) 联邦调查局说：胡佛是美国联邦调查局第一任局长，任职时间长达48年。作为一个叱咤风云近半个世纪的传奇人物，其权势有时令美国总统也望尘莫及。由于感到自己的权力受到制约、才能无法施展，胡佛对肯尼迪家族感到不满，他经常抱怨肯尼迪家族没有给他应有的尊重。而他和副总统约翰逊又是老朋友，所以帮助好友“上位”不失为一个一石二鸟的好主意。据称，胡佛在肯尼迪遇刺案中可能扮演了知情者或者策划者的角色：他知晓暗杀计划但选择视而不见，或者直接参与策划行动。 6) 克格勃说：苏联觉得在古巴导弹危机中受到羞辱，于是克格勃制定计划，派出奥斯瓦尔德刺杀美国总统。奥斯瓦尔德曾被中情局派遣到苏联，但被克格勃策反。 7) 以色列说：对于美国盟友以色列制造核武器一事，肯尼迪一直持反对态度。而美国时任副总统约翰逊则承诺一旦他当上总统，就会修改关于以色列核项目的美方政策，于是约翰逊在以色列的协助下刺杀了肯尼迪。 8) 古巴流亡者说：由于猪湾事件中肯尼迪对他们支持不力，导致最终失败，于是他们心生不满，痛下杀手。 9) 外星人说：因为有外星人要控制地球，尼迪曾专门致信中情局，要求查看有关UFO的文件，他们担心这位固执的总统可能泄露机密，所以杀人灭口。 10) 玛丽莲.梦露粉丝说：因为总统肯尼迪和其弟弟罗伯特.肯尼迪都和梦露有染，为了避免在1964年大选中的负面新闻，他们杀死了梦露。梦露的粉丝为其报仇，杀死了肯尼迪。
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