隆武帝銳意恢復，鄭芝龍卻擁兵自重，挾制朝廷，無意進取，雙方矛盾日益激化。首席大學士黃道周不勝憤慨，自告奮勇督兵出福建，聯絡江西，援救徽州，衢州一帶的義軍，設法為隆武朝廷打開局面。1645年七月二十二日，黃道周勉強拼湊了三千多名士卒踏上征途，隆武帝派趙士超為兵部職方司主事任軍前監紀。掌握兵馬錢糧大權的鄭芝龍，既不撥給精兵，糧餉也只支給一個月的定額。師出不久，兵餉就接濟不上。黃道周只好利用自己的聲望和書法親筆書寫委任狀，沿途招募一些忠貞之士。黃道周是一介文官，雖然讀過一些兵書，但沒有實戰經驗，只是憑藉一腔熱血帶領一些並不善戰的士兵奮勇向前。後來成為鄭成功部將又背叛鄭成功幫助康熙收復台灣的施琅當時年紀二十出頭，也在這支隊伍里充當偏將，他憑藉軍事眼光看出依靠這樣一支隊伍同清朝正規軍作戰毫無勝算。因此向黃道周建議，遣散隊伍，只帶少數人馬直接進入贛州，以首席大學士督師名義節制和調遣南贛，湖廣，廣東，廣西等地總督，巡撫，總兵，會師進取。黃道周不採納，認為自己有點人馬總是聊勝於無。且視施琅為年輕無足輕重裨將，哪能出什麼奇謀良策。施琅見自己意見不被採納，不願陪黃道周送死，徑自返回福建。黃道周后來果然出兵不利，被清軍三路圍堵，所率部下士卒戰死一千多人，黃道周本人和兵部主事趙士超等人都為清軍所捕，被押送到南京，洪承疇勸黃道周投降不成，奏報清廷後將他殺害。隆武帝得到黃道周殉難的消息，非常痛惜，追贈為文明伯，諡忠烈。

1646年五月二十五日，清軍兵分兩路由杭州進攻紹興，一路由馬步兵組成，從杭州六和塔，富陽，嚴州一線涉水過江大舉進攻（這年夏季浙江久旱不雨，錢塘江水涸流細），另一路由水師組成，從鱉子門沿海而進，二十九日東西會合，全線出擊。魯監國所封越國公方國安等部署的錢塘江防線土崩瓦解，各部明軍損兵折將，紛紛逃竄。魯監國朱以海在張名振等護衛下倉皇逃離紹興，經台州逃往海上。之後方國安帶馬兵五百，步兵七千不戰而降。魯監國政權里的大臣將軍們望風而降，投降者不計其數。

清軍進占浙東府縣後，魯監國政權的大學士張國維，督師兵部尚書余煌，禮部尚書陳函輝等人都先後自殺。督師大學士朱大典據守金華，誓死不降。清軍統帥博洛親自統領滿，漢大軍由紹興趕往金華，把金華四麵團團圍住，明軍在朱大典指揮下憑城頑抗，博洛從杭州調來紅衣大炮猛轟城牆，如此，清軍以絕對優勢兵力猛攻二十多天，於七月十六日終於攻破金華。朱大典帶領親屬和親信將領到火藥局，用繩索捆在火藥桶上，點燃引線，殺身成仁。清軍進入金華後，藉口城民不順從，屠城。如此，魯監國政權覆亡。（待續）