清军进占浙东，朱以海逃亡舟山一带海岛，鲁监国政权灭亡。博洛随即部署清军乘胜入闽。早在这年三月间，清廷就派出招降使者秘密到达福建，招抚郑芝龙，郑芝龙决定降清。郑芝龙秘密降清后，下令仙霞关守将放弃天险，自动撤退。接着又谎报海盗进犯其家乡安平，径自带领队伍返回安平。

八月十三日，贝勒博洛，闽浙总督张存仁，巡抚佟国鼎带领满，汉大军从衢州出发，收取福建。数日后，因郑芝龙已经命令部将放弃仙霞关，清军未遇任何抵抗，兵不血刃就越过了仙霞岭。不久前降清的阮大铖跟随清军入闽，行至仙霞岭时忽然头面肿胀，其他官员劝他暂时休息，不要过关。阮大铖唯恐失去“立功”机会，坚持随军越岭。为显示自己身体强健，他争先步行登山，对落在后面的人吹嘘道：你们这些年轻人爬山还不如我这个六十岁的老头。攀登到顶，疾病突发，死于岭上。其他官员气喘吁吁到达岭上时，见到他坐在大石上一动不动，呼之不应，用马鞭拨他辫子毫无反应，仔细一看，才发现他已经死了。跟随的家人上岭，下岭，几经周折，才在附近居民家中找到几扇门板，勉强收敛。清军过岭后，随即占领浦城，明巡按御史郑为虹不屈被杀。当时有民谣曰：峻峭仙霞路，逍遥军马过，将军爱百姓，拱手奉山河。对郑芝龙的不战而降做出辛辣讽刺。

郑芝龙的的背叛并不是个别的行为，当清军占领浙东时，隆武朝廷的许多官员眼看大军进逼，为自己身家性命计，纷纷暗中派人前往浙江向清军投递降表。

八月二十一日，隆武帝从延平行在起程前往江西赣州。他在并无多少军队护送的情况下，带了大批书籍和宗室，随驾官员，没有轻装前行。不久，得知清军迫近，隆武君臣大惊狂奔，随驾大学士何吾驺坠马垂死，从小路返回原籍广东。从行的宫人有三人共骑一马的，窘迫狼狈至此。二十七日到达汀州（今福建长汀），随行的只剩下忠诚伯周之藩，给事中熊伟和他们所带领的五百多名士卒。长汀知县吴德操迎接隆武帝到管辖地区，该地区的百姓却因知道清军将至而纷纷逃离。次日（二十八日），清军就追到了汀州，在赵家塘活捉了隆武帝，曾皇后，沈嫔，陈嫔等人。周之藩，熊伟被杀。隆武帝，曾皇后等在被俘之后当日也遇害被杀。隆武帝等被杀后，百姓收群尸葬于罗汉岭，竖碑曰：“隆武并其母光华太妃讳英忠烈徐娘娘之墓”。

九月十九日，清军在贝勒博洛统率下长驱进至福州。城中百姓纷纷逃窜，留下的人剃发留辩。隆武朝廷工部尚书郑瑄投降，礼部尚书曹学佺不屈自缢而死。曾任崇祯，隆武两朝大学士的傅冠被门人江亨龙捆绑献给清军，清军劝降于他，不从，被害。至此，隆武朝廷覆灭。（待续）