李定國揮軍入湘，收復大批州縣的時候，清湖南文武官員已在續順公沈永忠率領下逃亡岳州。清定南王孔有德部與湖廣清軍相距甚遠，後方已經形成嚴重威脅。然而孔有德自視甚高，除了在五月二十七日派部將孫龍，李養性防守全州以外，並沒有把分鎮南寧，柳州，梧州等地的駐軍抽回縮防，而是繼續分兵把守，一心做他的廣西王。

六月間李定國率領精銳兵馬由武岡，新寧直攻全州，二十八日全殲全州清軍，將守將孫龍，李養性擊斃。孔有德聞報大驚，第二天親自帶領桂林留守軍隊前往興安縣嚴關，企圖扼險據守，又被李定國軍打得大敗，浮屍滿江，當日傍晚狼狽逃回桂林，下令緊閉城門。六月三十日午後，李定國軍進抵桂林城郊。孔有德看到定國軍威甚壯，計量僅憑身邊有限兵力估計難以守住桂林，於七月二日飛檄鎮守南寧的提督線國安，鎮守梧州一帶的左翼總兵馬雄，鎮守柳州一帶的右翼總兵全節放棄地方，領兵回援省會。同日，李定國大軍就把桂林包圍得水泄不通。明朝降將王允成當時正在孔有德藩下，他從前同馬進忠關係良好。馬進忠隨李定國參加桂林戰役，在城下喊話要王允成反正。王允成不敢答應，報告了孔有德。孔有德自知城內兵力單薄，必破無疑，考慮再三，對王允成說：“汝姑出應之，觀彼何所云以報我。”王允成就登上城頭，同馬進忠接洽歸順事宜。據王允成城破之後說，孔有德實際上有投降的打算，但受到部將挾制而錯過了時機。初四日中午，明軍攻破武勝門，一擁而進，清軍抵擋不住，孔有德額頭中箭，自知難逃一死，悵然失色悲嘆道：“已矣！”在王府內自殺，死前命令隨從將其所居後殿以及掠得的珍寶付之一炬。孔有德的妻子白氏自溢前把兒子孔庭訓託付給侍衛白雲龍，囑咐道：“苟得免，度為沙彌。勿效乃父做賊一生，下場有今日耳。”孔庭訓被明軍查獲，幾年後由李定國下令處斬，孔有德的妹妹（一說是女兒）孔四貞趁亂逃出，後被孝莊皇后收為養女。桂林城裡的明朝降臣陳邦傅——就是企圖挾持永曆帝交給清廷作為投降獻禮的那位，其子陳曾禹，清廣西巡按王荃可，署布政使張星光都被活捉。接着，明軍南下平樂，殺清府江道周令緒，活捉平樂知府尹明廷等，收復柳州，俘清右江道金漢蕙。在一段時間裡，李定國親自坐鎮桂林，派出軍隊收復廣西各府縣，他委任總兵徐天佑為廣西巡撫，並且設置了“布，按，有司”各官。

八月初二日，李定國派人把陳邦傅父子二人和清廣西巡按王荃可，署布政使張星光解赴貴陽。九月初二日，秦王孫可望下令把陳邦傅父子押赴市曹剝皮揎草，王荃可，張星光處斬。然後將剝皮揎草的陳邦傅屍體送往安龍等地示眾。

李定國占領桂林後，清定南王藩下提督線國安，總兵馬雄，全節帶領府，州，縣官先後逃竄到同廣東接境的梧州。情形狼狽不堪。八月，李定國乘勝揮軍進攻梧州，線國安，馬雄，全節不敢迎戰，逃入廣東乞憐於平南王尚可喜。八月十五日，李定國收復梧州，廣西全省均告平定。清朝鎮守廣東的平南，靖南二藩得悉孔有德城陷自殺的消息，極為恐慌，急忙命令同廣西接境的“州縣文武官員如賊果薄城，即便相機護印入肇慶，以固根本”。這說明廣東清朝當局已成驚弓之鳥，有意放棄肇慶以西的州縣。後由於李定國很快率領主力北上湖南，不僅未能乘勝進軍廣東，連廣西的局勢也沒能夠穩固。到了這年九月間，清軍重新占領梧州，十月，派官進駐開建。

李定國收復廣西全省，功績在南明史上空前巨大。它同1648年江西，廣東反正來歸性質不一樣，是力殲強敵靠武力大獲全勝的輝煌戰果。李定國軍以雷霆萬鈞之勢，一舉攻克桂林，使廣西，廣東清軍聞風喪膽，原本他是有機會先行穩定廣西，相機收取廣東部分地方，以擴大南明控制區域的。可惜的是，孫可望得知清廷派將軍尼堪即將進入湖南，於是下令調李定國部由桂入湘迎戰。這一決策雖然成就了李定國後來取得衡陽大捷，但從戰略上看，孫可望本可以留下一部分軍隊牽制辰州守敵徐勇，自己同白文選，馮雙禮等大將率領主力入湘迎戰尼堪。即便需要李定國出兵會戰，梧州重鎮也應該留下足夠兵力防守的。孫可望的這個軍事部署由結果來看是失算了的。

十月十三日，李定國親自統兵進抵衡陽。李定國主力北上後，留在廣西的兵力非常單薄，被清平南王尚可喜趁機命令線國安，馬雄，全節等部水陸並進，重新占領梧州。後清軍又乘虛而入占領柳州，陽朔，最終重新占領桂林。次年，李定國雖然曾經再次進攻桂林，但未能奏效。（待續）