沖繩縣新當選連任的知事仲井真弘多12月2日在首相官邸和菅直人首相舉行會談，明確向菅直人首相表示:普天間基地最低也要搬遷到縣外，而日本政府堅持要在縣內搬遷，履行日本今年5月簽訂的駐日美軍普天間基地搬遷至沖繩縣名護市邊野古的聯合聲明。日本政府和地方的對立使日美關係陷入重重矛盾中。菅直人透露:在他明年春天訪美前衝繩機場搬遷問題難以解決。

一、仲井真弘多:縣內搬遷不可能

10月14日，仲井真弘多在會見內閣官房長官仙谷由人時表示:5月日美就基地搬遷到名護市邊野古達成了一致，但這是極其困難的。他對鳩山前首相和民主黨政權不履行縣外搬遷的諾言表示“極其遺憾”。
 仲井真弘多知事在當選後接受記者採訪時表示:沖繩縣內搬遷是不可能的，強烈否定基地在縣內搬遷的可能性。2日，他對菅直人說:希望修改日美聯合聲明，兌現這一承諾。菅直人重申，政府已決定將普天間基地遷移至沖繩縣名護市邊野古地區，同時全力減輕美軍基地給沖繩帶來的負擔。菅直人還表示，他準備儘快去沖繩訪問，直接聽取沖繩民眾對解決美軍基地問題和振興沖繩經濟的意見。

二、名戶市拒絕政府為搬遷進行調查

1月24日舉行的名戶市市長選舉，反對將美軍基地搬遷到名戶市的稻嶺進當選。而政府要將美軍基地搬到名戶市邊野古、需要到邊野古進行調查，而11月30日，名護市對沖繩防衛局提出的對邊野古進行調查的4件申請、協議請求等都給予拒絕。副市長親川敬來到沖繩防衛局，將不同意和不許可的文書遞交了防衛局。該調查從2007年開始，名戶市拒絕調查還屬首次。拒絕的理由是:1、以建設普天間基地的搬遷設施為前提的調查無法同意；2、調查沒有得到縣民和市民的理解等。

三、反對基地的人當選宜野灣市市長

有人認為:如果向名戶市邊野古搬遷不成，普天間的基地就不動了。但是在11月28日舉行的宜野灣市市長選舉中，主張美軍基地搬遷至海外的宜野灣市原副市長安里猛當選，他認為普天間基地是美軍違反安全基準的違法基地，主張普天間立刻閉鎖，反對縣內搬遷，應該搬遷到關島。宜野灣市原市長伊波洋一7月2日召開記者會，正式宣布該市將就日本政府向美國提供普天間機場的做法提起訴訟。該市將向沖繩縣那霸地方法院提出訴訟，將日本政府作為被告，他認為:日本政府向美國提供普天間機場的做法在安全性方面存在欠缺，屬於違法行為。而安里猛市長表示將繼承伊波洋一有關基地問題的方針。