冲绳县新当选连任的知事仲井真弘多12月2日在首相官邸和菅直人首相举行会谈，明确向菅直人首相表示:普天间基地最低也要搬迁到县外，而日本政府坚持要在县内搬迁，履行日本今年5月签订的驻日美军普天间基地搬迁至冲绳县名护市边野古的联合声明。日本政府和地方的对立使日美关系陷入重重矛盾中。菅直人透露:在他明年春天访美前冲绳机场搬迁问题难以解决。

一、仲井真弘多:县内搬迁不可能

10月14日，仲井真弘多在会见内阁官房长官仙谷由人时表示:5月日美就基地搬迁到名护市边野古达成了一致，但这是极其困难的。他对鸠山前首相和民主党政权不履行县外搬迁的诺言表示“极其遗憾”。
 仲井真弘多知事在当选后接受记者采访时表示:冲绳县内搬迁是不可能的，强烈否定基地在县内搬迁的可能性。2日，他对菅直人说:希望修改日美联合声明，兑现这一承诺。菅直人重申，政府已决定将普天间基地迁移至冲绳县名护市边野古地区，同时全力减轻美军基地给冲绳带来的负担。菅直人还表示，他准备尽快去冲绳访问，直接听取冲绳民众对解决美军基地问题和振兴冲绳经济的意见。

二、名户市拒绝政府为搬迁进行调查

1月24日举行的名户市市长选举，反对将美军基地搬迁到名户市的稻岭进当选。而政府要将美军基地搬到名户市边野古、需要到边野古进行调查，而11月30日，名护市对冲绳防卫局提出的对边野古进行调查的4件申请、协议请求等都给予拒绝。副市长亲川敬来到冲绳防卫局，将不同意和不许可的文书递交了防卫局。该调查从2007年开始，名户市拒绝调查还属首次。拒绝的理由是:1、以建设普天间基地的搬迁设施为前提的调查无法同意；2、调查没有得到县民和市民的理解等。

三、反对基地的人当选宜野湾市市长

有人认为:如果向名户市边野古搬迁不成，普天间的基地就不动了。但是在11月28日举行的宜野湾市市长选举中，主张美军基地搬迁至海外的宜野湾市原副市长安里猛当选，他认为普天间基地是美军违反安全基准的违法基地，主张普天间立刻闭锁，反对县内搬迁，应该搬迁到关岛。宜野湾市原市长伊波洋一7月2日召开记者会，正式宣布该市将就日本政府向美国提供普天间机场的做法提起诉讼。该市将向冲绳县那霸地方法院提出诉讼，将日本政府作为被告，他认为:日本政府向美国提供普天间机场的做法在安全性方面存在欠缺，属于违法行为。而安里猛市长表示将继承伊波洋一有关基地问题的方针。