清仁宗嘉慶元年正月初七（1796年2月15日），此時距離嘉慶帝登基僅有6天，宜都、枝江一帶的白蓮教教眾首先起事。三月初十，襄陽女子王聰兒、姚之富等人起事，成為各支白蓮教軍隊的主力，在湖北、四川、河南、陝西各省游動作戰，史稱“川楚教亂”。嘉慶為了平定這場叛亂歷時9年，花費2億兩白銀，直接導致了清王朝的衰落。

歷朝統治者將白蓮教成為邪教，這個觀點得到不少人同，如有文章稱，白蓮教在元末形成後，比較正規意義上的邪教開始湧現，但是白蓮教始終沒有形成一個完整的宗教組織。後世種種秘密教門、邪教雖多以白蓮教之名起事，卻很難辨清它們之間的傳承關係，白蓮教實際成長為了一種邪教信仰系統，或曰一種反社會、反政府的現象。

這種觀點在電影《黃飛鴻之男兒當自強》中得到了集中體現。劇中出現的就是白蓮教，教徒藉助國人的民族主義情緒和落後愚昧，燒教堂、拆鐵路、砸使館、搶碼頭，殺害無辜的洋人，甚至連學習洋文的中國學生也不放過。不過比起白蓮教，這些教徒的所為更像是義和團。

真正的白蓮教確實如上文所言，很難辨別白蓮教與各種邪教的關係，然而如果認為其是一種反社會、反政府的邪教，則是與今天的邪教混為一談。

追本溯源的話，白蓮教的歷史最早見於南宋，其萌芽於佛教異端白蓮宗，白蓮宗由南宋茅子元創立，所奉為慧遠發端的彌陀淨土信仰。

南宋初年，吳郡沙門子元（俗姓茅，一般作茅子元），他適應下層群眾的信仰需要，創立了淨業團體白蓮懺堂，其傳教對象主要是下層民眾。白蓮宗的教義實際上是糅合了淨土宗、禪宗適合民眾口味的成分。和正統佛教相比，白蓮教對於修習的要求更低、修習的回報更高，因此對於底層人民的吸引力比傳統佛教更強。

最關鍵的是，白蓮教授予了信徒在家修行、傳道、化緣的權力，嚴重威脅了傳統佛寺的經濟來源。這與歐洲新教宣稱不需要教會，人們自己就能夠和神交流類似。

當然，與天主教會打壓新教一樣，白蓮教也遭到了佛門正統的攻擊，如《佛祖統紀》的作者志磐直接指稱為“邪教”，他說：“（白蓮宗）謹蔥乳、不殺、不飲酒，號白蓮萊。受其邪教者謂之傳道，與之通淫者，謂之佛法。相見傲僧慢人，無所不至。愚夫愚婦，轉相誑誘，聚落田裡，皆樂其妄”。釋宗鑒更是認為，白蓮宗與摩尼教、白雲宗三者“皆假名佛教以誑愚俗……愚民無知，皆樂趨之，故其黨不勸而自盛。甚至第宅姬妾，為魔女所誘，入其眾中，以修懺念佛為名，而實通姦穢，有識士夫，宜加禁止”。

然而正如新教適應了當時歐洲很多教眾的需求一樣，白蓮教因為其修行方式簡單易行同樣吸引着為數不少的信徒。而其將教義解釋權還給了信眾，自然會有層出不窮的“異端”。

不過僅僅如此的話，在宗教勢力從未坐大的中國，白蓮教是不可能威脅到封建統治者的。王朝統治者之所以將白蓮教視為必須取締的邪教，主要因為其吸收了彌勒教的教義，相信彌勒佛會接過如來佛的衣缽，進入人間拯救勞苦百姓。

到了明朝中晚期，白蓮教已經吸收了不少宗教的教義，彌勒佛救世的故事也有了新的版本：無生老母是世界的創造者，是俗世人們的母親。人間到了一塌糊塗的時候，無生老母就會派遣自己手下的大將彌勒佛/不動明王下凡來拯救萬民，趕走黑暗的統治者。

無論教義如何變化，拯救黎民於水火之中是白蓮教永恆不變的話題，這使得它自帶造反屬性，而且它擁有強大的結社能力，是元、明、清三代農民起義的核心組織，自然成為統治者的眼中釘。

明清兩代對邪教——也就是白蓮教的打擊是極其嚴厲的，統治者若不能看到白蓮教起義為何如雨後春筍般不斷湧現，只行取締之事，禁絕邪教就是個永遠完不成的任務。在百姓流離失所，哀鴻遍野的慘狀遍布華夏大地時，以白蓮教為名的起義也就為時不遠了。

值得一提的是，在嘉慶鎮壓了川楚教亂後，時隔10年的嘉慶十八年秋天，白蓮教的另一個分支天理教驚險的攻入京城，由內應太監領入故宮、衝進養心殿，並欲對儲秀宮不利。最後虛驚一場，起義很快被平叛，白蓮教——這個被歷代統治者稱為邪教的民間宗教基本從歷史中消失。

不過，既然嘉慶並沒有改變清朝衰落的軌跡，37年後，打着“天下一家，共享太平”的拜上帝會代替白蓮教席捲而來。