１６４４年清朝取代明朝，对西藏的治理更加严密，使中央政府在西藏行使主 权管辖的施政进一步制度化、法律化。清顺治皇帝数次邀请五世达赖进京，１６５２年，五世达赖进京入见。１６５３年，顺治皇帝颁赐金册、金印，敕封五世达赖，正式确定了达赖喇嘛的封号。１７１３年，康熙皇帝册封五世班禅罗桑益西为“班禅额尔德尼”，正式确定了班禅喇嘛的名号。自此，达赖喇嘛在拉萨统治西藏的大部分地区，班禅额尔德尼在日喀则统治西藏的另一部分地区。
