１７２７年，清朝设立驻藏大臣，代表中央监督西藏地方行政；西藏与四川、云南、青海的区界，就是于此时派员正式勘定的。１７２１年，清朝中央政府在西藏建立噶伦制度；１７５０年，再次调整管理西藏的行政体制，废除郡王制度，建立西藏地方政府（即“噶厦”），规定了驻藏大臣与达赖喇嘛共同掌握西藏事务的体制。１７９３年，清朝政府就驻藏大臣的职权、达赖与班禅及其他大活佛转世、边界军事防务、对外交涉、财政税收、货币铸造与管理，以及寺院的供养和管理等，颁布了著名的《钦定藏内善后章程》，共二十九条。此后一百余年，二十九条章 程确定的基本原则一直是西藏地方行政体制和法规的规范。