由于季三保只有小学文化，那十二个“门徒”也没有多少文化，所以“门徒会”并没有系统性的思想。不过，他们也编写了一些用以宣传其谬论的小册子，如《七步灵程》、《火烧荆棘》、《打倒东方风俗》、《慈祥的母爱》，《闪光的灵程》，《灵歌百篇》等，这些小册子主要记述了季三保由不信基督到坚信基督直至“历经艰辛”建立组织传播基督的过程。我们可以从中依稀地看出他们的主要思想。

1、强调世界的末日

末世论是基督教信仰中的一个重要的教义，但这个教义很容易被误解、曲解，大多异端、邪教都利用曲解这个教义来包装自己的思想，“门徒会”也不例外。从某种意义上讲，“门徒会”的全部思想都集中在末世论上。

季三保有一个名字叫“三赎”，而这个名字正集中体现了“门徒会”的思想。季三保称，上帝对人有三次救赎，第一次是挪亚方舟，第二次是耶稣降生，第三次是末日来临。他声称，上帝的第一次救赎是藉着挪亚完成的，第二次救赎是藉着耶稣完成的，第三次救赎要藉着他来完成；挪亚是“一赎”，耶稣是“二赎”，他自己是“三赎”。季三保认为，世界末日即将来临，而他就是世界末日的救赎者。

“门徒会”宣称，当今的社会是一个黑暗的时代，是一个“坏人得志，好人遭殃的时代”，但这样的时代要随着世界末日的来临而结束。他们别有用心地描绘了一幅世界末日的恐怖图画——“地震、火灾、洪水、冰雹、瘟疫、蝗虫、风暴等将袭击人类，坏人要死光，好人死掉一半。”季三保也向人宣传末日来临的具体时间，起先说在1994年，1994年后又说在1999年，千禧年后不再提及。期间甚至有说1997年末日！

“门徒会”强调，世界末日虽然可怕，但一切加入“门徒会”的人都可免去这场灾难。这些人要放弃生产，放弃工作，努力“传福音”，专心等待末日的到来。这些歪理邪说迷惑了很多善良的人们，弄得人心惶惶，制约了生产力的发展。

2． 虚吹信教无所不能
　　为了吸引更多的人，“门徒会”非常强调加入该派的好处：只要靠着祷告，什么好处都能得到，《闪光的灵程》中写道：“凡事相信神，凡事依靠神，凡事求告神，就必然能得着。”只要加入“门徒会”，不施肥也有好收成，不生产也有粮食吃；只要奉“三赎”（或者称“三保爷”）的名祷告，有病的不需吃药就能得着医治，没病的身体会越发健壮；甚至有人说，只要加入“门徒会”，家里就不会有老鼠，房子都会发光，可以省电。

他们的宣传材料中，编造了许多因加入“门徒会”而大得好处的例子，如某某病得医治，某某死而复活，某某大大发财等等。从以下的记述中，我们足以看见其荒谬：在一次祷告时，季三保“忽然看见一个光柱直插到板柜里，光中的麦子如水一般往柜里直流，眼看柜里的麦子满了要往外流，三赎大声说‘够了！够了！’一时光柱没有了，麦子装了满满的一柜”。此后他就靠这个板柜过日子

门徒会”教义宣称三赎禁食祷告，七八年一次禁食三十二天，另外宣传其有耶酥的法力，可以治好瞎子、聋子、哑巴、瘫子等等，宣称一个二十多年的瘫子已经六十多岁了，整日拿着草垫蹲在其上，就地挪移，见到三赎，她很吃力拿草给三赎烧水喝，三赎见她大有（慈）热心，于是为她祷告，见大光照着瘫子，然后将她一把拉起来，那瘫子当即平安，并到菜地摘菜为三赎做饭.三赎在详山教会，聚会毕，已经半夜，正准备休息，神指教到蒲沟教会去，三赎不顾肉身的困乏，马上动身，连夜赶了四十多里的山路，到蒲沟教会，发现有一个小孩已经死去，众人哭着、祷告着，三赎同他们一起为孩子祷告，小孩子复活了。
　　 洛南县某教会点执事就对于某卧底新工的笔者满口承诺，只要信奉了三赎基督，认真祷告，那么你亲人的肺结核将会不治自愈，而你所求的在县城的工作还有媳妇神都会给你安排。
　　 3． 无限神化教会领袖
　　 “门徒会”教义宣称：三赎一日祷告时，忽然看见一个光柱，直插在板柜里，光中的麦子如水一般往柜里流，眼看柜子里的麦子要外流，三赎大声说：“够了！够了！”一时光柱没有了。从此以后，三赎就靠这个板板柜过日子，柜子里的一点麦子总是吃不完。一直吃到第二年接上新麦子。另外还说距离三赎家不远，有一个吕渠河水库，至少有几十米深、几十丈宽、有一次三赎在岸边打柴，河对岸柴较多，他想到对岸去打，河面上结有一层薄冰他就走了过去，可是没走多远，就没冰了，对岸有人高喊；落水啦，落水啦，三赎闭着眼边走边祷告；哈利路亚，撒旦退后，竟如平地走了过去。打好柴又走了回来。
　　 “门徒会”虚构了许多奇异的现象，用许多“见证”，竭力将季三宝神化。《闪光的灵程》中叙述了许多奇异的现象，如“七七年二月，‘真耶稣教会’梁执事给三赎施洗，从水中出来，空中就有大声音说：‘你是我的爱子，我喜悦你！’当时就被圣灵充满，他感到力大无穷”，说季“祷告时能看到天堂、地狱、全地球；能看透人的肺腑心肠；能听到神的声音，这是经常的事”，一次祷告时“魂游象外，看见了天堂，神父坐在宝座上，耶稣坐他右边，天使军摆两行”，暗示季是上帝之子，受命于天。力图把他吹捧成一个“圣人”、“完人”。