1989年六四后，江泽民当局把三峡工程强硬上马。1992年全国人大讨论时，曾有台湾代表在人大会堂抢咪发言反对。著名水利专家黄万里曾三度上书反对，但不获重视，临终哀言：〝三峡最终要以炸坝收场！〞 早在1957年6月，由中共总理周恩来主持，水利部召集70名学者和工程师在北京饭店开会，给前苏联专家提出的三门峡水库方案提意见，谈看法。参加这次会议的所有专家学者，除了一位名叫温善章的人提出改修低坝外，只有黄万里一人，从根本上全面否定了前苏联专家的规划，其余的人异口同声，赞成三门峡大坝上马。研讨会开了10天，黄万里参加了7天，也辩论了7天，到最后，会议就成了以他为对象的批判会。 1986年，中共中央、国务院决定对三峡工程进行论证，黄万里教授没有被邀请参加工程论证。黄万里数次给中央领导人和政治局，国务院总理、副总理、国家监察部写信，痛述三峡工程的危害。要求中央决策层给他半个小时的时间，陈述为什么三峡工程永不可建的原因。但没有答覆。 在三峡工程上马的争论过程中，黄万里还曾经说过：将来一定要在奉节的白帝城放四座铁像，三男一女，让他们向长江三峡跪着，向三峡请罪，向长江请罪，向子孙后代请罪。这四位依次为时任国务院总理的李鹏、水利电力部部长钱正英、陆佑楣及张光斗。 三峡工程从上马以来三峡周边地区的生态恶化，以及地质灾害频发，三峡工程是祸不是福这点已越来越明显。这四位重要人物预感到不妙，通过各种机会发表言论，从各自的角度论证自己在三峡工程决策过程中的作用并非那么重要。 李鹏早前出版的《众志绘宏图──李鹏三峡日记》中，也多次提到江泽民对三峡工程的支持。〝1989年以后，所有关于三峡工程的重大决策，都是由江泽民同志主持制订的〞。 2003年6月三峡大坝合拢时，时任中共主席胡锦涛和总理温家宝都没出席仪式。
