台媒称，台湾海军官员表示，雄三导弹的弹头导引系统，弹体内的冲压引擎设计与构造，涉及高度机密，不能外泄，因此，事发后，台军方随即派出猎雷舰前往弹着区海域进行搜索，全力打捞导弹弹体，但到7月3日晚间尚未找到。
　　台湾《中时电子报》网站7月4日报道，官员称，被导弹贯穿的渔船所在的海域并不深，只是导弹着弹点受海流影响，还无法找到确切的位置，而且导弹也可能不完整，所以还没有捞到。
　　台军方表示，已派出船舰在周边海域警戒，提醒附近船舶避开警戒区域，也请相关机构从撞击后的损伤评估，再依附近海域的水深、流速，以及计算贯穿渔船后的飞行距离，研判弹体位置，希望尽速找回。
　　台湾官员说，由于导弹贯穿渔船后落入水面，如此高速的接触，势必会对弹体结构造成很大的损伤，恐怕已经散落海底，将增加搜寻打捞的困难。
　　据了解，雄三弹头内有搜索海面攻击目标的寻标器，有很多敏感数据，如被其他国家地区取得，就可取得导弹内的电子参数。此外，雄三的冲压引擎製造技术，更是不能外流，这也是军方急于收回的主因。
　　据台官员表示，在雄三导弹误射后，台海军已下令将导弹的火线接头保管责任，由原先的兵器长提升至舰长层级。
　　台湾防务主管部门发布新闻稿称，台湾防务主管部门负责人冯世宽强调，台湾防务主管部门秉持“勇于面对”及“痛定思痛”态度，研拟具体可行方案，以强化台军战备演训、武器操作、教育训练、纪律维护等作为，尽最大努力赢回台湾民众对台军的信赖。