“全能神”將他們錯謬的“教義”視為“神的話”，視為信仰的“最高權威”，以近乎洗腦的方式灌輸給他們的追隨者，致使這些誤入歧途者執迷不悟、如痴如醉。然而，“全能神”的組織者並不滿足於“教義”對人們的約束，為了進一步制約這些追隨者，對其進行精神控制，他們又處心積慮地建立了嚴密的組織體系，並制定了嚴格的規章制度。

“全能神”的發起人趙維山擁有極強的組織能力，在人事管理方面很有一套。為了掌控全局，充分駕馭“全能神”的追隨者，他建立了完整的組織體系。該體系等級森嚴、責任明確，極具危害性。據有關資料顯示，該組織體系自上而下設有“女基督”、“大祭司”、“聖靈所使用的人”、“省級領導”、“區級領導”、“城鄉領導”、“小排領導”和“細胞小組領導”等。

“女基督”

“女基督”是“全能神”名義上的最高權威，但實際上只是趙維山的一個傀儡，並無實際權力。“女基督”的主要工作是負責“說話”，即說出“神的啟示”。她所說的話經身邊的“七靈”整理即成為“全能神”的“經典”。

“大祭司”

“大祭司”是地位僅次於“女基督”的職位，被稱為“聖靈所使用的人”，此職只有一位，即“全能神”的發起人趙維山，他是“全能神”組織體系中的真正掌權者。“大祭司”的主要工作是負責行政管理，如：工作的拓展、制度的執行、領袖的任免、錢財的分配、書籍的印刷等。

“聖靈所使用的人”

趙維山的身邊有幾位核心人物，是他的得力助手，他們也被稱為“聖靈所使用的人”。他們是“全能神”的“部門領導”，主要工作是協助趙維山處理各個部門的日常工作，並為其出謀劃策。

“省級領導”

“東方閃電”在各省都設有分部，並設有負責該部工作的“省級帶領”。“省級領導”的主要工作是負責所在省份的日常工作，負責隨時傳達“大祭司”的命令並向大祭司匯報工作進展。

“區級領導”

省級以下的市或地區，設有“區級領導”，負責所在地區的日常工作，要負責和“省級領導”聯繫，並服從“省級領導”的領導。

“縣級領導”

區級以下的縣、市，設有“縣級領導”，負責所在縣、市的日常工作，要負責和“區級領導”聯繫，並服從“區級領導”的領導。

“城鄉領導”

縣級以下的鄉鎮，設有“城鄉領導”，負責所在鄉鎮的日常工作，要負責和“縣級領導”聯繫，並服從“縣級領導”的領導。

“組長”、“排長”

“全能神”的最小單位被稱為“小組”（或“細胞小組”）和“排”，每20人為一個“小組”，設有“組長”（或稱“小組領導”）一名；每40人為一個“排”，設有“排長”一名。“組長”和“排長”負責該“小組”或“排”的主要工作。

各級領導的身邊，都設有“高手相助”一職，負責協助該級領導的工作，根據各地的實際情況，設有數量不等的“高手相助”若干。另外，每一層機構中，均設有一位美貌的女性，供該層“男負責人”淫亂之用，美其名曰“過靈床”。各級領導要定期制定工作計劃，積極展開工作，並要及時向上級領導匯報工作成果，總結工作經驗及失敗的教訓。

“全能神”的各層機構中，都設有一線、二線、三線、四線人員。

一線人員的職責是主持工作；

二線人員的職責是見證工作；

三線人員的職責是摸底、鋪路，即開展新的工作；