從上面的例子，很多人會得出這樣的結論，常識並不總是可靠的。實驗是從常識走向的重要推動因素之一。實驗給出的因果關係要超越我們的感官。當一個事件A發生後，另一個事件B一定發生。通常人們會建立兩者的因果關係。如果A通過一個看不見摸不到的事件H起作用，我們覺得事件H才是真正的原因。那麼事件H是如何定義的？這時的因果關係又是如何定義的？

因果性是人類認識世界的重要工具。著名哲學家約翰·洛克(1632 – 1704)，大衛·休謨(1711 – 1776)和伊曼努爾·康德(1724 – 1804)都對因果關係進行過討論。這裡，我把因果性和歸納推理作為學習的一種形式，即聯想學習。我們的大腦和感官是相關性檢測器，同時也是頻率檢測器以及儲存器。這些特點是我們建立因果關係和進行歸納推理的結構基礎。但這只能給我們帶來常識。我們必須依賴邏輯才能建立科學的因果關係。正像休謨所認為的那樣，人類知識要麼直接和我們能夠感知的經驗相對應，要麼來源於對知識中各種關係的抽象推理。在真空的發現過程中，那個看不見的東西被一些人假設成精氣，被托里拆利假設成大氣壓力。這兩個東西都超越了我們的感官。大氣壓力的存在是因為我們能夠通過實驗操作來推論它的存在。在實驗中我們獲得一些關係把真空，大氣壓力和我們的經驗聯繫起來。借用貝克萊的一句話，存在就是被感知(to be is to be perceived)，我們可以說，物理學的存在就是被測量。實驗操作是確定物理學因果性的重要工具，使得物理學離常識越來越遠。

原子存在嗎？這也是非常有趣的例子。1803年，約翰·道爾頓(John Dalton, 1766 – 1844) 提出原子的存在。原子可以解釋他的倍比定律。奧地利物理學家路德維希·玻爾茲曼(Ludwig Eduard Boltzmann, 1844 – 1906)對統計物理學的發展做出了不朽的貢獻。玻爾茲曼是個原子論者。他晚年投入了大量精力來捍衛他的理論。在統計物理學中，原子和分子可以預測物質性質，如壓力，溫度，粘度，熱傳導和擴散。但很多科學家還是否定原子的存在。1897年，玻爾茲曼在皇家科學院做報告。報告之後，馬赫宣稱：我不相信原子存在。1904年，在聖路易斯舉辦的一個物理學會議上，與會的大多數物理學家否定原子的存在。1905年7月18日，愛因斯坦關於布朗運動的論文發表。這篇文章被認為為原子和分子的存在提供了決定性的論證。1906年，玻爾茲曼的精神狀態已經糟糕到他不得不離職。當年9月他在與妻子及女兒在意大利的的里亞斯特度假時自縊身亡。他也許沒有讀到愛因斯坦的文章。1908年，Perrin在愛因斯坦的工作的基礎上，測定了阿伏伽德羅常量和玻爾茲曼常數，並向世界證明了原子和分子確實存在，並因此獲得1926年諾貝爾獎。我們看到，原子的物理實在的論證要求一個非常強的關係，這些關係給出一個原子的模型，最終解釋我們能夠感知到的物理現象。

可以說，真空，原子，分子，電子已經離我們的感官世界越來越遠，但卻大大地豐富了我們的經驗。伽利略有這麼一句話：一經發現，真理是容易理解的；問題是如何發現真理 (All truths are easy to understand once they are discovered; the point is to discover them)。

這裡強調發現真理的困難，就是因為真理超越人的感官和常識。