蒋介石到上海后与胡汉民通信，胡告诉蒋陈炯明后来果然食言，拒绝给孙中山补给和经费。孙中山再三催逼，舌敝唇焦而无结果，束手无策。联络官邓铿当面责怪陈炯明不守信用，陈炯明愤然说他明人不做暗事绝不给孙中山任何军火经费或供应品，原因是孙中山听信那个姓蒋的浙江流氓的煽惑，那家伙要缩减我的势力，撤我的职。陈炯明给邓铿看了一份据说是蒋介石写给孙中山的报告，里面说，“对于他（指陈炯明）正在扩张中的势力，必须予以缩减，甚至应该将其撤职。如果你希望他于紧急之时，接受你的命令，尊敬本党，并为本党抗御党的敌人，你将会发现他绝非其人。你切不可信任他”云云。邓铿无言以对，但他想要尽力帮助孙中山，后来独立行动，与伍朝枢等人接洽，通过一香港进口商订购了一批武器军火，想交给孙中山使用。但此事泄密，后来邓铿于1922年3月21日在广州火车站被刺杀身亡。

邓铿死后，军火无着落，加上原本与孙中山达成秘密合作谅解的湖南军阀赵恒惕变卦拒绝协助孙中山，不允许孙中山的北伐军借道湖南，使得孙中山被迫改变北伐计划，指示僚属率领两团人马撤回广州待命。陈炯明以为那两团人马是冲他而来，为了试探孙中山的真意，主动致函孙中山，假意请辞粤军总司令职务。同时离开广州回到本籍根据地惠州避免与回广州的孙中山照面。孙中山恨陈炯明自食其言拒拨补给军火之事，立即接受陈炯明辞呈未加挽留。又指派老外交家伍廷芳担任广东省长。陈炯明见孙中山毫不挽留地接受他的辞呈，随深信孙是蓄意削减自己的势力，于是做好准备翻脸摊牌，命令部下叶举秘密将50营以上的部队调入广州待命。
蒋介石在上海密切关注广州局势，与许崇智廖仲恺胡汉民等孙中山心腹频繁联系互通信息，蒋力主他们先发制人，进攻叶举指挥下的部队，驱逐陈炯明。许崇智廖仲恺胡汉民都回电蒋介石表示那样会引起很坏的结果，应该审慎观察息事宁人而不应该轻举妄动。此时广州各种谣言甚嚣尘上，街谈巷说的话题是孙中山已经决心逮捕陈炯明，褫夺他的职阶，并摧毁陈炯明在惠州的基地。孙中山为求解除一般民众和军队的疑虑，决定从前线返回广州数日，下榻总统府内，仅由少数侍卫陪护，以此表示没有战意。1922年6月1日，孙抵达广州后立即给蒋介石发电报，促其尽速返回广州，协助北伐工作。蒋介石则坚持以驱逐陈炯明及其部队为先决条件。孙中山不采纳蒋介石要求，蒋介石转而急信给许崇智，恳促其立即出击陈炯明。信里说，“如果我们坠入他们的陷阱，本党将告完结，我们的军队也将消失。”“我们必须抢先出击，无论他们的部队主力集中于粤东或广州，将这些部队扫荡消灭，实非难事；但我方之犹豫延宕或忍让则将如自缚双手，届时如欲自救危亡，恐已为时过迟！”“吾心烦极，无法宁息。”但许崇智此时正忙于率军北进前往江西赣州实施北伐，没有回复蒋介石。
孙中山对于蒋介石没完没了纠缠于解决陈炯明甚为不满，又写一信给蒋介石责他要忍耐和谐，信中历数陈炯明以往的功劳，说自己期待陈炯明能有从前黄兴和陈其美的作为，又尊尊告诫小老弟说，“介石吾弟，你与陈其美共事最久，当知我对之如何付与信任。然你却性情暴躁如火，你之要求亦常流于过分，由此，你时常趋于辩争猜疑，而令人益难与你合作。你既有希望于未来肩负本党之艰巨责任，则你当改正你的意见，勿拘泥于小节，而尝试折衷妥协。”“吾弟以为然乎？否乎？”
孙中山为求与陈炯明达成谅解，邀请陈炯明前来做一次开诚布公的深谈，以求端正舛误。他在十天中送去三封类似邀函，但陈炯明均没有回复。在最后一封信里，孙中山写道，炯明吾兄，请勿轻信所闻之谣言。你必须致力于共同大业。请立即前来会晤，以便拟定详细计划。我正思念于你。余容面叙。
1922年6月16日，陈炯明终于图穷匕首见，陈炯明的参谋长叶举发动叛变，炮轰总统府。孙中山登上永丰舰避难。6月18日孙中山拍急电给在上海的蒋介石说，陈炯明发动叛乱。炮轰总统府。我现在白鹅潭外永丰号炮舰上。正准备发动反攻。
“看这个”蒋介石收到电报大叫道，“当初我就料到这件事，我料到这件事！”据蒋介石当时的妻子陈洁如回忆，蒋介石看到电报后，激动暴怒，全身战栗，在地板上来回踱步。然后突然下达命令，准备行装！我们要搭最早一班船去广州！6月20日蒋介石携妻从上海启程前往广州，29日抵达珠江。蒋介石登上永丰舰时，孙中山泪水盈眶，看着蒋介石夫妻一时说不出话来。后来镇定下来，又有太多话说，滔滔不绝无法打住。当时与永丰舰一起护卫孙中山的还有另外六艘舰艇，由蒋介石统一指挥轰击沿江炮台。孙中山与蒋介石在永丰舰上坚持了几十天无法击败陈炯明，最后于8月上旬被迫离开广州，前往香港，然后于8月10日抵达上海。
8月15日，陈炯明在广州自任粤军总司令。但仅仅数月之后，陈炯明就被孙中山收买的滇军杨希闵和桂军刘震寰击败，赶出广州退回到惠州基地。两年后的1925年蒋介石率领黄埔军校学生军两次东征彻底打垮陈炯明，使他从此退出了历史舞台。

又，“六一六”事变后，蒋介石亲笔撰写了《孙大总统广州蒙难记》详细记述事变经过，孙中山亲自为该书作序。（全文完）