豫亲王多铎，恭顺王孔有德，怀顺王耿忠明统领清兵在怀庆地区击败大顺军后，渡过黄河，进陕州，于二十二日推进到潼关。李自成知道，一旦潼关失守，西安在所难保，因此与刘宗敏，刘方亮等大将亲率大顺军主力从西安赶往潼关。

十二月二十九日，潼关战役开打。大顺军主将刘宗敏率先出战，失利。数日后，刘方亮领兵出战，又被清军打败。之后，李自成亲自率领马，步兵迎战，多铎率领八旗兵猛烈反击，大顺军再次败阵，步兵遭受重大损失。

正当李自成与多铎在潼关激战时候，英亲王阿济格率领清西路大军已经进入陕北，向西安推进。李自成因抽调了原本驻扎西安的主力到潼关参加会战，此时西安兵力薄弱，一旦西安被阿济格部攻占，大顺政权的文武官员，将士家属以及重要物质都将不保。于是，在两路清军的合击下，李自成被迫决定主动放弃陕西，另寻出路。初十一日，李自成在潼关战役处于不利的局面下，与刘宗敏，刘方亮等率主力部队撤离战场，奔回西安。十三日到达西安后，马不停蹄，当日就带领兵马，部分文职官员，家属和财务由西安经蓝田，商洛向河南退却。

留守潼关的大顺军将领马世耀率七千士兵向多铎诈降，被识破，马世耀和手下七千士兵全部被杀。

潼关战役是决定大顺政权是否能够保住西北地区的关键战役，清军与大顺军在此激战十三天，结果大顺军战败。1645年正月十八日多铎部占领西安。不久，阿济格部也到达西安与多铎部会合。多尔衮命令多铎部按原计划前往灭南明朝，阿济格部则继续追剿大顺军。

二月十四日，多铎在西安休整兵马一个月后，率兵出关向南进发，前往摧毁南明弘光政权。

当李自成亲率原驻守西安地区的大顺军主力前往潼关与多铎部决战时，清军阿济格部由西面进入陕北。阿济格部实力十分雄厚，大顺军留守部队李过负责守卫延安，高一功守卫榆林。阿济格命令明朝降将姜瓖率领明朝降兵围攻榆林，自己亲自率领满，汉主力经米脂进攻延安。李过部为保卫延安同清军激战，数战数败，终是不敌，延安失守，李过部向西退却。阿济格攻克延安后，南下西安，与多铎部会合。另一边，榆林方面，高一功在据守榆林半个月后，主动放弃榆林，保持兵力，前往与李过部会合。

李过，高一功率部撤离陕北，是在李自成放弃西安以后，从延安到西安之间的地区已被阿济格，多铎部占领，因此，李过，高一功已无可能循李自成南撤路线行进，去与李自成会合，只得另辟蹊径向西转移，先到宁夏的惠安堡，会合当地的大顺军一道向南撤退。

从清军进攻陕西开始，李自成同李过，高一功就再也没有见过面。后来李自成，刘宗敏统率的大顺军主力遭到阿济格部穷追猛打，领袖人物牺牲，部下余众散的散，降的降，土崩瓦解。而李过，高一功所部经四川入湖广，成了后期大顺军联明抗清的主力。

1645年正月十三日，李自成率领大顺军主力经陕西蓝田，商洛南撤入河南。由于撤退时携带家属和辎重，行进缓慢。阿济格率部追击，先后在河南邓州，湖北承天，德安，武昌，江西九江等地追上并八次与大顺军接战，大顺军都被打败。

三月下旬，李自成率军到达湖北襄阳一带。当时，他部下还有二十万大军，李自成打算南下抢在清军之前夺取以南京为中心的江南地区。为此，他放弃了仅剩下的后方基地襄阳，荆州，承天，德安四府，孤注一掷，变成无后方作战。随着清军轻而易举攻下上述四府，大顺军从1642年冬开始建立的各级地方政权全部瓦解，又回到了从前流动作战的状态。

李自成进军到武昌后，阿济格部追踪而至，包围武昌。刘宗敏，田见秀领兵出战，被清军击败。李自成放弃武昌继续东下。此时，大顺军的处境已经非常艰难，既无地方提供后勤供应，又要保护随军家属，十几万大军随地筹粮，势必出现组织混乱，指挥不灵。四月下旬，在距九江四十里处，被清军攻入老营，大顺军第二号人物刘宗敏被俘，军师宋献策，李自成的两个叔父以及大批随军将领的家属也被清军俘获。刘宗敏和李自成的两个叔父当时就被杀掉，宋献策投降清军。在此前后，大顺丞相牛金星认为大势已去，与儿子牛佺私自脱离大顺军，向清方投降。

李自成所率大顺军在连续遭到清军重创后，实力锐减，士气低落，为东下南京而准备的几万条船也被清军缴获，李自成原先攻取南京的战略意图已经无法实现，被迫改变进军方向，打算穿过江西西北部转入湖南。五月初，李自成行至湖北通山县境九宫山下，突然遭到当地地主武装的袭击。当时跟随李自成的部众只有他的义子张鼐和二十多个士兵，当地团练不识大顺军，更不知道大顺皇帝身在其中，一拥而上混战一番，结果李自成和随从侍卫被杀。张鼐逃出，回大军所在地报告，大顺军将士闻此噩耗，悲怒交集，为了替领袖报仇，立即前往对当地团练施以报复性打击，把九宫山区的乡团斩杀一尽。李自成的尸体后来一直没有被发现，据推测可能被大顺军就地秘密安葬了。

李自成的死标志着大顺政权的最终覆灭，大顺军余部则在之后展开了联明抗清的斗争。（待续）