郑芝龙决定投降清朝后，撤回防守仙霞岭的军队，使得清军得以兵不血刃进入福建，进而占领福州。郑芝龙的主动撤离是为了向清朝表示自己的归降诚意，他在给清廷的题本中说：“臣闻皇上入主中原，挥戈南下，夙怀归顺之心。惟山川阻隔，又得知大兵已到，臣即先撤各地驻兵，又晓谕各府，州积贮草秣，以迎大军。”但他为了向清军讨价还价，把兵力集中在安平一带，待价而沽。清军统帅博洛一面命令部下统兵直逼安南，显耀清朝兵威；一面指使郑芝龙旧好郭必昌给郑芝龙写信劝降。又派出使者持书信到安平面见郑芝龙，信里说：“吾所以重将军者，以将军能立唐藩也。人臣事主，苟有可为必竭其力；力尽不胜天，则投明而事，乘时建功，此豪杰事也。-----，今铸闽粤总督印以相待。吾欲见将军者，商地方故也。”郑芝龙看信后决定前往福州，郑成功对父亲郑芝龙的所作所为很不以为然，在这个关键时刻极力劝阻郑芝龙去福州。《台湾外纪》里记载了他们父子俩关于去福州与否的一段对话。

其子成功劝曰：“吾父总握重权，未可轻为转念。以儿细度，闽粤之地，不比北方得任意驰驱。若凭高恃险，设伏以御，虽有百万，恐一旦亦难飞过。收拾人心，以固其本；大开海道，兴贩各港，以足其饷。然后选将练兵，号召天下，进取不难矣。”

龙曰：“稚子妄谈，不知天时时势。夫以天堑之隔，四镇雄兵且不能拒敌，何况偏安一隅。倘画虎不成，岂不类狗乎？”

成功曰：“吾父所见者大概，未曾细料机宜，天时地利，有不同耳。清朝兵马虽盛，亦不能长驱而进。我朝委系无人，文臣弄权，一旦冰裂瓦解，酿成煤山之惨。故得其天时，排闼直入，剪除凶丑，以承大统。迨至南都，非长江失恃，细察其故，君实非戡乱之君，臣又多庸碌之臣，遂使天下英雄饮恨，天堑难凭也。吾父若藉其崎岖，扼其险要，则地利尚存，人心可收也。”

龙曰：“识时务为俊杰。今招我重我，就之必礼我。苟与争锋，一旦失利，摇尾乞怜，那时追悔莫及。竖子渺视，慎毋多谈。”

成功见龙不从，牵其衣跪哭曰：“夫虎不可离山，鱼不可脱渊；离山则失其威，脱渊则登时困杀。吾父当三思而行。”龙见成功语繁，厌听，拂袖而起。

这段对话显示了郑芝龙，郑成功父子在政治上的分道扬镳，也体现了郑成功的战略眼光。郑成功，郑鸿逵叔侄俩无法改变郑芝龙的降清决定，就特别提醒他亲自前往福州清军大营风险太大，不可轻率行事。但郑芝龙自恃在福建，广东海域拥有强大水师，清朝军队擅长骑射，然而不擅水上作战，势必要借重于自己，于是，不听劝告，带了五百名士卒前往福州谒见博洛。见面之后,博洛开始显得很热情,对郑芝龙大加赞赏,许以重用.但三日之后,博洛忽然在半夜传令拔营回京,命令郑芝龙随军北上.郑芝龙才知道中计,但已经轻入虎穴,随身所带五百士卒被分散安置到别营,自己孤身一人只好听凭博洛摆布了。郑芝龙一旦离开了战舰精兵就变成了失水的鱼，他只好软中带硬地向博洛表示，就他个人而言既然已经投降清朝，很愿意进京“面圣”，不过，留在福建沿海的长子和兄弟拥有相当兵力，自己一旦进京，呼应不灵，恐怕海上从此多事。但博洛对此大不以为然，他认为扣留了郑芝龙在手，郑氏家族群龙无首，又不能不为郑芝龙安全着想，必然惟清朝命令是听。如此，郑芝龙在清军严密监护下被送到了北京，之后给他一个空头官衔，拨入旗下，实际对他实行软禁。（待续）