弘光帝一行从南京仓皇弃城出逃，在溧水失散之后，大学士马士英带着数百兵卒护送朱由菘的母亲邹太后前往浙江。五月二十二日，马士英一行人到达杭州，潞王朱常淓携在杭州的官员都来朝见。当时，马士英还抱希望于弘光帝到达芜湖后依靠黄得功等部兵力扭转战局。不久，阮大铖，朱大典和总兵方国安等逃来，方知黄得功兵败自杀，弘光帝被俘。马士英失去指望，无奈之下，同在杭州的官僚商量请潞王朱常淓监国。六月初七日，文武官员朝见邹太后，请命潞王监国。邹太后随即发布懿旨命潞王监国。然而，此时的形势已经同之前一年江南立国时大不一样，朱常淓唯恐出任监国将会成为清廷打击的主要目标，拒绝接受，在邹太后流泪反复恳求劝说之下，才勉强答应。潞王朱常淓就是当初东林党人以立贤为名，积极支持与朱由菘竞争帝位的那位，由他后来的表现看，实在比弘光帝朱由菘也强不到哪里去，完全担当不起一个“贤”字。

朱常淓监国后，任命了一批大臣官员，但实权仍然掌握在马士英等一伙人手中。当时江南未被清军占领的地方还很多，各地义军起义此起彼伏，有识之士黄道周劝朱常淓不要只看到马士英，阮大铖等人掌握的少数兵力，而应积极响应民间义军收拢民心，在朱常淓监国的第二天，黄道周就建议他十天之内即位为帝，“使群臣百官有所瞻依”。可是，朱常淓烂泥糊不上墙，监国次日，就采纳马士英的意见，派陈洪范去向清军求和，以割让江南四郡为条件。陈洪范就是当初弘光朝派去北京通好的那个暗中降清的奸细。被时人称为“活秦桧”。

就在朱常淓，马士英仍在梦想苟且偷安的时候，清军却迅速逼近杭州。六月十一日，清军进抵塘西，马士英交回内阁引信，逃入郑鸿逵的兵船。阮大铖，朱大典则从富阳乘船逃亡婺州。

此时，陈洪范同清军统帅贝勒博洛已经达成协议，回到杭州与大臣张秉贞一起劝朱常淓投降清廷。朱常淓贪生怕死，决定奉表降清。总兵方国安原先率兵护送弘光帝到芜湖，朱由菘被俘后，他们又来到杭州，所部兵马尚有万人，原准备拥立潞王保卫杭州。不料朱常淓已决计不战而降清军，在方国安兵马同清军激战于湧金门下时候，朱常淓竟然“以酒食从城上饷满兵”。方国安等极为愤怒，东渡钱塘江，后来参加拥立鲁监国的行列。

六月十四日，清军不费吹灰之力占领杭州。博洛乘势派出使者招降浙东各州府和避居这一地区的明藩王，周王，惠王，崇王赴召，被送到南京，后与弘光帝，潞王一同被押送北京。湖州，嘉兴，绍兴，宁波，严州等府州官也纷纷纳土降清。

1645年七月，多尔衮得到潞王朱常淓投降，江浙一带不战而定的捷报后，认为南方用兵已经基本结束，下令多铎，博洛班师回朝。弘光帝和潞王，惠王，周王，崇王以及在南京投降的弘光朝大臣王铎，钱谦益，赵之龙，徐久爵等都被随军带回北京。南京改为江宁府，任命勒克德浑和叶臣镇守该地。任命洪承畴为“招抚江南各省地方总督军务兼理粮饷”会同勒克德浑，叶臣接管江南。对于俘，降的明朝弘光帝和诸王，清廷原许诺“给以恩养”，朱由菘的嫡母邹太后在押送北京途中跳入淮河自杀，潞王朱常淓被带到北京后上疏感激清廷，表示对清廷许诺给予银两，房屋“感激不尽”，表示要“结草衔环”“举家焚顶”祝颂清朝统治者“圣寿无疆”，但次年五月，弘光帝朱由菘，潞王朱常淓，和其他降清的明朝藩王都在北京被杀。清廷宣布的罪状是这些明朝藩王“谋为不轨”，企图拥立潞王朱常淓造反。当时因为各地抗清斗争逐渐高涨，清廷遂不顾“给以恩养”的许诺，把他们全部斩杀，以消除后患。（待续）