隆武帝锐意恢复，郑芝龙却拥兵自重，挟制朝廷，无意进取，双方矛盾日益激化。首席大学士黄道周不胜愤慨，自告奋勇督兵出福建，联络江西，援救徽州，衢州一带的义军，设法为隆武朝廷打开局面。1645年七月二十二日，黄道周勉强拼凑了三千多名士卒踏上征途，隆武帝派赵士超为兵部职方司主事任军前监纪。掌握兵马钱粮大权的郑芝龙，既不拨给精兵，粮饷也只支给一个月的定额。师出不久，兵饷就接济不上。黄道周只好利用自己的声望和书法亲笔书写委任状，沿途招募一些忠贞之士。黄道周是一介文官，虽然读过一些兵书，但没有实战经验，只是凭借一腔热血带领一些并不善战的士兵奋勇向前。后来成为郑成功部将又背叛郑成功帮助康熙收复台湾的施琅当时年纪二十出头，也在这支队伍里充当偏将，他凭借军事眼光看出依靠这样一支队伍同清朝正规军作战毫无胜算。因此向黄道周建议，遣散队伍，只带少数人马直接进入赣州，以首席大学士督师名义节制和调遣南赣，湖广，广东，广西等地总督，巡抚，总兵，会师进取。黄道周不采纳，认为自己有点人马总是聊胜于无。且视施琅为年轻无足轻重裨将，哪能出什么奇谋良策。施琅见自己意见不被采纳，不愿陪黄道周送死，径自返回福建。黄道周后来果然出兵不利，被清军三路围堵，所率部下士卒战死一千多人，黄道周本人和兵部主事赵士超等人都为清军所捕，被押送到南京，洪承畴劝黄道周投降不成，奏报清廷后将他杀害。隆武帝得到黄道周殉难的消息，非常痛惜，追赠为文明伯，谥忠烈。

1646年五月二十五日，清军兵分两路由杭州进攻绍兴，一路由马步兵组成，从杭州六和塔，富阳，严州一线涉水过江大举进攻（这年夏季浙江久旱不雨，钱塘江水涸流细），另一路由水师组成，从鳖子门沿海而进，二十九日东西会合，全线出击。鲁监国所封越国公方国安等部署的钱塘江防线土崩瓦解，各部明军损兵折将，纷纷逃窜。鲁监国朱以海在张名振等护卫下仓皇逃离绍兴，经台州逃往海上。之后方国安带马兵五百，步兵七千不战而降。鲁监国政权里的大臣将军们望风而降，投降者不计其数。

清军进占浙东府县后，鲁监国政权的大学士张国维，督师兵部尚书余煌，礼部尚书陈函辉等人都先后自杀。督师大学士朱大典据守金华，誓死不降。清军统帅博洛亲自统领满，汉大军由绍兴赶往金华，把金华四面团团围住，明军在朱大典指挥下凭城顽抗，博洛从杭州调来红衣大炮猛轰城墙，如此，清军以绝对优势兵力猛攻二十多天，于七月十六日终于攻破金华。朱大典带领亲属和亲信将领到火药局，用绳索捆在火药桶上，点燃引线，杀身成仁。清军进入金华后，借口城民不顺从，屠城。如此，鲁监国政权覆亡。（待续）