雲南在整個明朝統治時期，管理體制與內地各省有很大不同。除了在雲南設立了都指揮使，布政使司，按察使，後來又設立了巡撫，由於這一地區土司眾多，自洪武年間起沐英（封西平侯，其次子晉爵為黔國公）世代鎮守該地。沐氏家族不僅掌握了很大的兵權，在政治上和經濟上也具有舉足輕重的地位。也就是說，雲南在明代處於世襲勛臣和地方流官的雙重管轄之下，兩者既相互配合，又常常出現矛盾糾葛。1644-1645年，中華大地風雲陡變，尤其是張獻忠所部入川建立大西政權後，黔國公沐天波同巡撫吳兆元，巡按吳文瀛商量徵調漢族和土司軍隊，以防止大西軍入滇，並準備接受南明朝廷的調遣。

1645年九月，武定土司吾必奎發動叛亂，聲稱：“已無朱皇帝，何有沐國公。”沐天波等人急忙下令調集多個土司武裝鎮壓，一舉擊敗叛軍，活捉吾必奎及其黨羽。之後，有王弄土司沙源的兒子沙定洲夥同其妻萬氏暗中謀劃利用沐府同雲南巡撫和三司之間的矛盾，各土司的向背不一，發動一場奪取雲南權力的政變。沙定洲夫婦統率的土司軍在吾必奎叛亂被平定後，仍滯留在省會昆明。沐天波因沙定洲父親沙源一貫忠貞，對沙定洲也不懷疑，在黔國公府內多次設宴招待他。沐府二百多年積累的財富使沙定洲看了垂涎欲滴，昆明守備力量薄弱，漢族統治集團內部的矛盾摩擦，更使得沙定洲感覺有機可乘。1645年十二月初一日，沙定洲親自率領士卒攻入黔國公府，分派部眾占領省城各門。由於變生意外，沐天波猝不及防，來不及組織有效抵抗，在幾名心腹衛士保護下，沐天波逃到了由楊畏知鎮守的楚雄暫時安頓下來。沐天波的母親陳氏和妻子焦氏都未能隨行，倉促中逃入尼庵自殺。

沙定洲占領昆明後，自稱“總府”，“總府”是明朝黔國公世爵的一般稱呼，自稱“總府”表明沙定洲已經企圖取代沐天波的地位。其妻萬氏稱主母。雲南各土司豪強爭相投靠沙定國。沙定國派兵追拿沐天波，但在楚雄被楊畏知的軍隊打敗。沙定國雖然西進失利，但他之後發兵收取雲南各地，在很短時間內，除了楊畏知，沐天波控制下的楚雄以西地區外，都歸附了沙定洲。沙定洲輕而易舉攫取到了沐府累世積蓄的財富，他雖然發了一大筆橫財，但並不滿足於此，取代黔國公世鎮雲南的合法地位才是他的主要目的。因此，沙定洲在策略上儘量爭取明朝廷任命的雲南官員和在籍的漢族官紳，他不僅下令凡是願意接受自己指揮的各府縣漢族流官一律留任，而且脅迫或偽造雲南巡撫吳兆元等人給隆武朝廷上疏說：“天波反，定州討平之，宜以代鎮雲南。”

由於當時政治局勢動盪不寧，道路僻遠，遠在福建的隆武朝廷對雲南發生的事變搞不清楚，僅僅憑藉吳兆元等人署名鈐印的奏疏和某些傳聞，就發出了“掃除沐天波”的諭旨。後來隆武朝從其他途徑得到報告知悉是沙定洲叛變，突然攻入黔國公府，沐天波僅以身免，母，妻都自盡，但朝廷因為地遠鞭長莫及，只能置而不問。

沙定洲叛亂之後，吳兆元和巡按羅國以及三司官已經沒有實權。沙定洲則正在逐步鞏固自己的地位，致力於掃滅繼續在楚雄以西頑抗的楊畏知和沐天波徵集的其他土司勢力。如果他的圖謀得逞，勢必成為割據自雄的雲南王，暫時利用的漢族官紳將被逐步排擠掉，雲南同中央朝廷的離心傾向將變本加厲。然而，1647年，大西軍入滇，粉碎了沙定洲的美夢。（待續）