明军全线溃败，李定国下令放弃贵州时候，就已经估计到清军必然乘胜向云南推进，明军不可能保住昆明。十二月初九日他派使者向永历帝报告清军势大难敌，奏请“上当移跸以避清人之锋”。永历朝廷自建立之始，一直如一叶扁舟随风漂泊。移驻到安龙时候虽然比较稳定，但实际上是处于孙可望挟制之下，苟且偷生。直到1656年（永历十年）移居昆明以后才过上比较安定的日子，朝廷各衙门开始恢复正常工作秩序。云南百姓从大西军平定全省后，短暂期间生活稳定安乐，然而，好景不常，前方兵败的消息传来，立即在朝野上下引起巨大震动。

李定国建议移跸，在朝诸臣对于放弃昆明以后朝廷移往何处有不同意见，一部分人主张迁往四川，另一部分人主张向西逃窜。李定国开始同意移跸四川方案，后改变主意，决定转向滇西。撤出昆明后，一些将领分道扬镳，冯双礼，陈建，王会，艾承业（艾能奇之子）率部向四川建昌转移。这种分离反映了晋王李定国和蜀王刘文秀旧部之间的不合。刘文秀在孙可望降清后，安抚了孙可望的旧部，改编成自己的队伍。李定国推行歧视政策，把兵将分为“晋兵”，“秦兵”，刘文秀被看成是“秦兵”的代表人物，不受信任，失势抑郁而死，他的部将们对李定国深为不满。当这些文官武将看到李定国和朝廷改变主意，由入川改为西撤，他们感到前途渺茫，先后脱离了朝廷。

顺治十六年正月初三日，清军未遇抵抗就占领了昆明。初四日，永历帝到达永昌，跟随的官员已经为数不多。文臣刘茝起草文书批评李定国，反映了兵败前后永历朝廷内以原蜀王刘文秀为代表的一部分文臣武将对李定国用人行政的不满。李定国引咎自责，奏请奉还黄钺，削去官职，戴罪视事。永历帝给以降三级的名义处分。

永历君臣退至永昌时，留巩昌王白文选守玉龙关。清吴三桂，赵布泰遣前锋统领白尔赫图进剿。白文选拔营逃遁。永历朝廷得知白文选兵败，撤离永昌。李定国命令部将靳统武领兵护驾，仓促西撤。此时又有相当一批官员落荒而逃。

明庆阳王冯双礼等人在永历朝廷放弃昆明时，率部入四川建昌地区，本是打算避开清军主力，转入敌后，会同夔东十三家的军队另创局面。由于李定国带领主力西撤，这两支明朝军队被清朝入滇军队隔断，相距越来越远。冯双礼部虽然顺利到达建昌地区，但势单力孤，难以有所作为。之后不久，冯双礼部将狄三品叛变降清，把冯双礼擒获交给了清军。（待续）