郑成功统帅十几万大军由水路向南京进发，十天之后（七月初九日）方才到达南京仪凤门下。抵达之后没有立即发起攻城，郑成功于七月十一日先是带领大将甘辉，马信等数十人“绕观钟山，踩踏地势”，又于十二日率领诸文武官员拜祭太祖，哭奠列宗，之后排兵布阵，分配各将领各司其职。郑成功当时过分自信于自己在军事和政治上的威慑力量，认为可以迫使城内清军不战而降，因此，从七月十二日安营扎寨部署围城，到二十四日全军败退，竟然没有组织过攻城。据野史记载，郑成功原本正要命令攻城时，清南京守将管效忠派人来纳款伪降，谎称清廷规定守城满三十天，则城陷落罪不及妻孥。所以恳求郑成功等待三十日，他便献城投降。郑成功信以为真，派人告之：“本藩攻此孤城，不过一脚尖耳。既然来降，姑准其宽限者，盖欲取信于天下也。若至期不降，攻入之时，寸草不留。”郑成功帐下参军潘庚钟劝说郑成功：“此乃缓兵之计，不可凭信，可速攻之。”郑成功回答说:“自舟山兴师至此，战必胜，攻必取，彼焉敢缓吾之兵耶？彼朝实有定例，尔勿多疑。”潘庚钟坚持劝说道：“孙子有云：辞卑者，诈也；无约而请和者，谋也。欲降则降，岂恋内顾？决是城中空虚。速为进兵攻之，乃为上策。”郑成功说：“古者攻城为下，攻心为上。今即来降，又准其约，若骤然攻之，彼心不服。俟其不如前约，然后急攻，莫谓城内人心悦服，且使天下皆知我行仁义之师。况太祖皇陵在此，亦不宜震动也。”这样郑成功拒绝了潘庚钟的建言。清城守将管效忠得到郑成功允许他三十日后投降的允诺，大喜，对部下说道：“此乃朝廷之福。”然后紧锣密鼓密檄附近救援。

郑成功这次无疑是上当受骗了。他当时陶醉于瓜州，镇江两战胜利和大批州县的望风来附。但他忘记了在总体上清方的兵力远比自己强大得多。他许诺清方的三十天限期内，敌方得以从容调兵遣将，部署反击；而郑成功方面本是孤军深入，利在速战，舍此不图，锐气必将消磨殆尽。从后来的实际情况看，郑成功实际上把主动进攻变成了被动挨打。

清方为了保卫南京，一面以管效忠的名义卑辞“请降”，借以缓兵；一面从附近地区调集一切可用的军队，同时十万火急向清廷发出求援奏疏。七月中旬，清军援师陆续赶到南京。分驻南京上下游的清军也源源不断地抵达。当郑成功沉浸于守城清军即将投降的梦幻之中时，清方却在不断调集援兵，力量的对比逐渐发生变化。

七月下旬，清方守备南京的兵力已经大大加强，而郑成功顿兵坚城之下不攻不战，士气难免低落。就在清军反攻前几天，郑成功部将杨英巡视部队，竟然发现前锋镇余新部下的士卒离开讯地到江边捕鱼。郑成功得报后非常担心余新轻敌。二十二日晚上，南京城里的满，汉官员认为时机已到，派出汉族绿营兵打头阵，由梁化凤率领部下五百骑兵出仪凤门，管效忠领兵出钟阜门于次日黎明时分突然对郑军营垒发起冲击。驻守在这里的余新等部盔甲器械都来不及披挂周全就仓促上阵，很快被清军击败，余新被俘。清军初战告捷，收兵在城外扎营。（待续）