收復台灣後，鄭成功改台灣為東都，開始把台，澎經營為抗清基地。為了促進開發，加固根本，鄭成功命令把將士和官員的家屬送來台灣。然而在做這件事時，鄭成功有些操之過急。當時，在擊敗了清廷達素統率的清軍前來進犯之後，大陸沿海島嶼的局勢比較穩定，並無緊急撤往台灣的必要，而且台灣尚未開發，一切都在草創階段，條件艱苦，鄭成功急於求成，立令過嚴，有些措施和對部屬因小的疏忽而給予的懲罰過於嚴厲，甚至牽及到家屬，引起部下人心惶惶，一些部將不願意將眷屬遷到台灣。

鄭成功強令駐守大陸沿海島嶼將士把家屬送到台灣，帶有人質性質，意在防止諸將士叛投清方。這種措施與明太祖朱元璋把諸將家屬留於京師，清廷命令文武大員以子弟入宮為侍衛如出一轍，都是試圖以親屬的安危來維繫下級的忠誠。然而，台灣當時的荒涼境況無法與明初的南京或清初的北京相提並論，硬性推行這一措施，勢必在鎮守金門，廈門，南澳等大陸沿海島嶼的將士中引起牴觸。人心不平，訛言就會隨之興起，當時有人流傳鎮守南澳的忠勇侯陳豹（即陳霸）因不願送家眷入台，已同清廷平南王尚可喜暗中聯絡投降事宜，鄭成功得知消息，未查明真實情況就下手諭給鄭經和洪旭，命令周全斌等人帶領舟師去南澳平叛。陳豹無以自明，率領部卒乘船往虎門向清方投降。

1661年（順治十八年）十月初三日，清廷見鄭成功毫無投降誠意，把拘禁中的鄭芝龍和他的兒子鄭世恩，鄭世蔭等全家十一口“照謀叛律族誅”。消息傳到台灣，鄭成功悲痛欲絕，儘管他對此早有精神準備，一旦成為現實，面對父親和無辜的弟弟，侄兒滿門抄斬畢竟無法做到無動於衷。

1662年四月，林英從雲南逃回，帶回了永曆帝在緬甸被清軍俘虜，西南抗清武裝只剩下李定國率領的殘部退往邊境地區的壞消息。這意味着鄭成功與李定國東西遙相呼應的局勢不復存在，清廷將可以專心致志集中力量對付鄭軍。鄭成功回首往事，當初錯過了與李定國東西配合進攻清廷的大好時機，內心悔恨可想而知。此時的鄭成功除了繼續掛着沒有永曆帝的永曆招牌，僻處一隅之外，沒有更好的選擇。這種種苦境成了鄭成功赴台之後心理失去平衡，舉動乖張的重要原因。

鄭成功心中鬱積的憂悶最終因為一件小事而爆發。他的世子鄭經留鎮廈門，同四弟（一說五弟）的奶媽陳氏通姦生了一個兒子，開始，鄭經向父親報告侍妾生了個兒子，鄭成功因為新添孫兒而高興，賞了一點銀物。不料，鄭經的妻子是願兵部尚書唐顯悅的孫女，唐顯悅為孫女不平，寫信給鄭成功大加非難，信中有這樣的話：“三父八母，乳母亦居其一，令郎狎而生子，不聞飭責，反加賞賚。此治家不正，安能治國乎？”鄭成功正因為復國無望積憤於心，唐顯悅只顧泄私憤危言聳聽，使得鄭成功“登時氣塞胸膛。立差都事黃毓持令箭”到金門與堂兄鄭泰一起去廈門“斬其妻董氏治家不嚴之罪，並其子經與其所生孫，乳母陳氏”。守衛金門，廈門的黃廷，洪旭等諸將接到命令大為震驚，他們力圖大事化小，和鄭泰，黃毓商議，採取折中辦法，殺陳氏與所生嬰兒，諸將聯名上啟代董夫人及鄭經請罪。取得董氏和鄭經母子倆同意後，即按此辦理，由黃毓回台復命。鄭成功堅持必須殺掉董夫人和鄭經，解下自己的佩劍讓黃毓到金門交鄭泰執行。鄭泰無奈，只好把黃毓送到廈門向鄭經說明事處兩難。鄭經立即把黃毓拘禁起來，和金，廈文武官員商議對策。正在此時，蔡鳴雷從台灣來搬家眷，鄭經等向他打探消息，蔡鳴雷因為在台灣有過失，害怕受到鄭成功處罰，就故意誇大其詞，說藩主發誓要除掉董夫人和鄭經，如果金門，廈門諸官拒不遵命就全部處斬，而且已有密諭給前往南澳征討陳豹的周全斌命他相機行事。金門，廈門的文官武將聽得此言一個個面面相覷，不知如何是好。最後商議，兒子鄭經不能違抗父親命令，各位將官身為臣下不能違抗上級長官命令，唯有鄭泰可以兄長身份拒絕執行弟弟命令。以後台灣方面但有需求糧餉等物資，金門，廈門積極配合供給，但若兵鋒相加，則“勢必御之”。取得鄭泰同意後，就趁周全斌征南澳回廈門之機，將他拘捕看押。同時給鄭成功送去諸將公啟，啟本中有“報恩有日，候闕無期”的話，明確表達了金門，廈門諸將聯合拒命的意思。鄭成功看到此信後，心中憤懣至極。五月初一日，他已經感到身體不適，仍然每天登臨將台手持望遠鏡眺望澎湖方向是否有船來。直到初八日，完全絕望，氣噎而死，享年三十八歲。

從1662年四月到六月，永曆帝朱由榔及其太子，鄭成功，李定國相繼離開人世，標誌着南明復興最後一線希望的徹底破滅。在這以後，鄭經和堅持在夔東的抗清武裝儘管仍然以永曆紀年，但已經沒有多少號召力了。鄭經繼承父業為經營台灣作出了重大貢獻，但他的功業已經不適合納入南明史的範疇。（待續）