1955年，沈元以全國高考文史類總分第一名的成績考入北京大學歷史系。入學期間，沈元刻苦研讀，幾無片刻休息。 沈元亦曾關心時事。1956年，他在圖書館看到刊載蘇共二十大秘密報告的英文報紙，遂將其主要內容譯出並與同學議論。由於秘密報告指出《聯共（布）黨史簡明教程》不是信史，且斯大林的錯誤有其制度根源，沈元因此被當作極右學生批判。至1957年反右運動時，沈元被劃為“右派份子”，翌年被開除學籍，遣送農村勞動改造，期間落下肝病。[1][2] 1961年，沈元“摘帽”之後以病弱之身回到北京。此後即閉門讀書，不問時事，潛心研究歷史。[1] 1962年，沈元的研究論文被推薦給中國科學院哲學社會科學部（以下簡稱“學部”，今中國社會科學院）副主任劉導生。劉導生又推介給歷史學家、學部近代史研究所研究所副所長黎澍。[3]黎澍和其他歷史學家看過這些論文後皆感震驚，同聲讚嘆其為難遇之才。 震動史學界的第一篇沈元作品是《〈急就篇〉研究》，由《歷史研究》主編黎澍在數篇沈作中選出在該刊發表，是從漢代蒙學課本中探求當時社會心態、研究出漢代社會狀況。黎澍並將當時處在街道居委會管下的沈元調入近代史研究所，安排在丁守和領導的思想史組[注 1]。其後，沈元又在《歷史研究》發表過屬於近現代史研究領域的《洪秀全與太平天國革命》和《馬克思主義與階級分析方法》（署名“張玉樓”），受到當時《人民日報》編輯部理論部主任何匡賞識[4]，使得兩文均被《人民日報》轉載，前者得摘要一萬字[5]，後者則系全文。黎澍說：“近代史研究要有十個沈元，面貌就能根本改觀。”復旦大學教授、經學家周予同更表示：“我舉雙手贊成沈元道路”。[3] 然而當時北京大學歷史系有人向中宣部控告沈元出名是白專壓倒紅專，副部長周揚遂指示學部調查，以貶抑“沈元道路”。然而丁守和對《馬克思主義與階級分析方法》一文愛不忍棄，便只得建議沈元用筆名發表。即便如此，仍有聯名信寄到毛澤東處，指責黎澍“吹捧右派”，直到毛澤東的秘書田家英向黎澍打招呼，而中宣部也指示“注意影響”，不讓沈元再發文章為止。[3][2] |
