南北战争

随着林肯当选已成定局，分离主义者明确表示他们将在林肯次年3月就职之前脱离联邦。1860年12月20日，南卡罗来纳州首先宣布脱离——这个州在杰克逊时代就提出过独立；到1861年2月1日，佛罗里达、密西西比、亚拉巴马、佐治亚、路易斯安那和得克萨斯都紧随其后。其中的六个州采纳新宪法，宣布成立新的主权国家美利坚联盟国（邦联），并于1861年2月9日选举杰佛逊.戴维斯为临时总统。还有一些州，如特拉华、马里兰、弗吉尼亚、北卡罗来纳、田纳西、肯塔基、密苏里和阿肯色虽然听取，但最终拒绝了脱离联邦的请愿。总统布坎南和当选总统林肯拒绝承认邦联，宣布脱离为非法，但实际按照当时宪法，那是合法的。

开始双方还试图妥协，《克里特登妥协》将1820年《密苏里妥协》规定的界线扩展，将领土直接划分为自由州和蓄奴州，而不是共和党的自由领土政策。林肯不同意这一妥协，他说：“我死也不会同意，看起来像是要收买本就属于我们的政府的任何妥协或让步。”

然而林肯却心照不宣地支持宪法的《科温修正案》，这一修正案在林肯入职前已经在国会通过，正等待各州签署，它将保护蓄奴州的蓄奴权利，并保证国会不会在南方不同意的情况下干涉奴隶制。在战争开始前几周，林肯向每个州长寄去信函，告知他们国会已经通过宪法的修正案。对于召开宪法会议以商讨进一步的宪法修正，林肯持开放态度。

在乘火车前往就职的路途上，林肯对北部的民众和议会发表演说，还在巴尔的摩躲过了一次暗杀。1861年2月23日，他便衣来到了华盛顿，然后受到军队的严密保卫。林肯在他的就职演说中将矛头指向了南方，但仍然宣称他没有意图，也没有废除南方奴隶制的意向：

南部诸州的人民看起来存在着疑虑：共和党执政意味着他们的财产、和平和人身安全将会出现危险，这种疑虑绝无明智的理由。真的，事实是最有力的证据，供大家去检视。你们可以从他几乎所有的演讲中发现这一点——就是现在你们面前演讲的这人。我只能从这些演讲中挑选一篇，当时我发表宣言——我并不企图，直接地或间接地去干涉蓄奴州的惯例。我相信我没有这样做的合法权力，我也不倾向这样去做。

他最后以向南方人民的呼告结束演说：

我们不是敌人，而是朋友。我们必须不成为敌人，回忆的神秘之弦，从每一片战场和爱国者之墓伸展开琴弦，在这宽广的国土上与每一颗搏动的心房、温暖的壁炉联结起来，当我们本性中的更为美好的天使——只要他们真的乐意——去再次触抚琴弦，我们仍将陶醉于联邦大合唱之中。

但南方的领袖已经不再提议将以任何条件重返联邦，战争终于无可避免的来临了。

蟒蛇计划

最初北方希望以尽量减少流血之下取得胜利，他们采用了美军司令温菲尔德.斯科特订定蟒蛇计划：以联邦封锁主要港口来削弱南方经济——封锁线的形状象个蟒蛇，然后夺取密西西比河以切断南部。

1861年5月，林肯对所有南部港口实施联邦封锁，终止南方大部分国际船运。在1861年后期，封锁阻止大多数港口之间的交通，并中止棉花贸易，打击南方经济。英国投资者建造小型快速的走私船从古巴及巴哈马运来军火及奢侈品交换高价的棉花及烟草。被掳获时，走私船及货物被出售而收入归联邦水手，英国船员则获释。封锁引发粮食及其他用品的短缺，加上南方征收粮食引致南部恶性通货膨胀及粮食暴动。