南北戰爭

隨着林肯當選已成定局，分離主義者明確表示他們將在林肯次年3月就職之前脫離聯邦。1860年12月20日，南卡羅來納州首先宣布脫離——這個州在傑克遜時代就提出過獨立；到1861年2月1日，佛羅里達、密西西比、亞拉巴馬、佐治亞、路易斯安那和得克薩斯都緊隨其後。其中的六個州採納新憲法，宣布成立新的主權國家美利堅聯盟國（邦聯），並於1861年2月9日選舉傑佛遜.戴維斯為臨時總統。還有一些州，如特拉華、馬里蘭、弗吉尼亞、北卡羅來納、田納西、肯塔基、密蘇里和阿肯色雖然聽取，但最終拒絕了脫離聯邦的請願。總統布坎南和當選總統林肯拒絕承認邦聯，宣布脫離為非法，但實際按照當時憲法，那是合法的。

開始雙方還試圖妥協，《克里特登妥協》將1820年《密蘇里妥協》規定的界線擴展，將領土直接劃分為自由州和蓄奴州，而不是共和黨的自由領土政策。林肯不同意這一妥協，他說：“我死也不會同意，看起來像是要收買本就屬於我們的政府的任何妥協或讓步。”

然而林肯卻心照不宣地支持憲法的《科溫修正案》，這一修正案在林肯入職前已經在國會通過，正等待各州簽署，它將保護蓄奴州的蓄奴權利，並保證國會不會在南方不同意的情況下干涉奴隸制。在戰爭開始前幾周，林肯向每個州長寄去信函，告知他們國會已經通過憲法的修正案。對於召開憲法會議以商討進一步的憲法修正，林肯持開放態度。

在乘火車前往就職的路途上，林肯對北部的民眾和議會發表演說，還在巴爾的摩躲過了一次暗殺。1861年2月23日，他便衣來到了華盛頓，然後受到軍隊的嚴密保衛。林肯在他的就職演說中將矛頭指向了南方，但仍然宣稱他沒有意圖，也沒有廢除南方奴隸制的意向：

南部諸州的人民看起來存在着疑慮：共和黨執政意味着他們的財產、和平和人身安全將會出現危險，這種疑慮絕無明智的理由。真的，事實是最有力的證據，供大家去檢視。你們可以從他幾乎所有的演講中發現這一點——就是現在你們面前演講的這人。我只能從這些演講中挑選一篇，當時我發表宣言——我並不企圖，直接地或間接地去干涉蓄奴州的慣例。我相信我沒有這樣做的合法權力，我也不傾向這樣去做。

他最後以向南方人民的呼告結束演說：

我們不是敵人，而是朋友。我們必須不成為敵人，回憶的神秘之弦，從每一片戰場和愛國者之墓伸展開琴弦，在這寬廣的國土上與每一顆搏動的心房、溫暖的壁爐聯結起來，當我們本性中的更為美好的天使——只要他們真的樂意——去再次觸撫琴弦，我們仍將陶醉於聯邦大合唱之中。

但南方的領袖已經不再提議將以任何條件重返聯邦，戰爭終於無可避免的來臨了。

蟒蛇計劃

最初北方希望以儘量減少流血之下取得勝利，他們採用了美軍司令溫菲爾德.斯科特訂定蟒蛇計劃：以聯邦封鎖主要港口來削弱南方經濟——封鎖線的形狀象個蟒蛇，然後奪取密西西比河以切斷南部。

1861年5月，林肯對所有南部港口實施聯邦封鎖，終止南方大部分國際船運。在1861年後期，封鎖阻止大多數港口之間的交通，並中止棉花貿易，打擊南方經濟。英國投資者建造小型快速的走私船從古巴及巴哈馬運來軍火及奢侈品交換高價的棉花及煙草。被擄獲時，走私船及貨物被出售而收入歸聯邦水手，英國船員則獲釋。封鎖引發糧食及其他用品的短缺，加上南方徵收糧食引致南部惡性通貨膨脹及糧食暴動。