身后事南军李将军投降6天之后，林肯被暗杀，次日清晨去世。关于他的死，还有在宋鸿兵的《货币战争》中的另外一种解读，刺杀事件被广泛认为是一个大规模的阴谋，参与阴谋的有可能有林肯的内阁成员、纽约和费城的银行家、南方的政府高官等等。 当时民间流传着一个说法，杀手并没有杀死，而是被放走了，后来埋葬的尸体是他的同谋，当时手握重权的将军掩盖了事实真相。这位将军的大量秘密文件到20世纪30年代被解密之后，历史学家发现，真相竟然和民间传说高度吻合。 而凶手的外孙女在她的回忆录《这个疯狂的行动》中提到，她发现“金色圆圈骑士”的秘密记录被政府小心地收藏在一个文件里，并被战争部长列为机密材料。后来因为血缘关系，她最终成为了第一个获准查阅这些材料的学者。林肯的遇刺和100年后的肯尼迪遇刺竟然出奇的相似，这给人留下了无限的遐想。 评价在林肯死亡现场的长老会牧师菲尼亚斯.丹斯摩尔.格利为他祷告，战争部长斯坦顿向他致敬，并说道：“现在，他属于千秋万世。” 此后，林肯尸体由国旗包裹，联邦军官在雨中脱帽护送至白宫，全城教堂钟声响起。林肯的遗体于4月19日至4月21日先是置于东厅，然后陈列在大厅。他和儿子威利的棺材被装在“合众国”车厢内，在接下来三周，载着其遗体的林肯特别号列车缓慢地由华盛顿驶向斯普林菲尔德，在北方许多城市停留，成千上万人参加追悼，许多人在铁轨边致敬。 林肯的遇刺使他成为了国家的殉道者，并赋予他近乎神话一般的评价。对于废奴主义者来说，林肯是人类自由的捍卫者；共和党人将林肯的名字与自己的政党联系在一起；许多美国人，虽然并非全部南方人，认为林肯是一个有杰出才能的人。 在1940年代以来学界对美国总统的排名中，林肯稳居前三位，甚至时常位列第一。在自1948年以来的大部分总统排名投票中，林肯都被排在第二位。 在不同的时代，林肯被美国人赋予了不同的特点，直至进步时代，他成为美国历史上最受尊崇的英雄人物之一，甚至南方白人也同意这一点。在罗斯福新政时代，自由派对林肯作为自力更生者或战时总统的崇敬稍减，但认为他是平凡人的代表，必然会支持福利国家的构想。到1970年代，林肯成为美国政治保守派的英雄人物，原因是他支持民族主义、支持商业、坚持阻止人类奴役的扩张、基于自由和传统，以及他的温和作风。在冷战时期，林肯的形象成为自由的象征，为那些在共产主义政权之下受到压迫的人带来希望。
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