在中国，1976年10月6日以华国锋为首的“中共中央”（华派）逮捕了“文革派”（四人帮），随后中国各地清洗“文革派”的追随份子，余党顷刻“树倒猢狲散”。全国的军政系统和各地都表态支持“华派”。这个10月6日就是中国“文革”的消亡日子。中国开始回归常态。华国锋接管了中国最高权力。他不谙弄权，也没有过重大的迫害行为，自身实力并不强大。

波布不能理解中国人民对结束“文革”的欣喜，相反，北京的政变和“文革派”的被捕，可能加深了他对“内敌政变”的恐惧感。于是，在柬埔寨，针对“内敌”的第一波大清洗立即展开。1976年11月1日，出任“农业部长”刚6个月的农苏恩突然被逮捕。农苏恩是柬埔寨反法统一阵线（IUF）副主席、柬埔寨“人民党”的创建人，1962年他被西哈努克政府逮捕，坐牢8年仍不屈服，1970年被朗诺政府大赦而回到革命运动之中。1970-75年柬埔寨内战时期他在东区工作，与索平关系密切。农苏恩被捕标志着清洗行动来到了红高棉中枢。与此同时，数以万计的东区的柬共干部和军人也遭到逮捕。但索平这时还没有被触动。

此期间，尼沙兰、高米斯在S-21里遭受了酷刑。尼沙兰的招供文有31页，是经7次审讯之后写成的。9月23日拷问员庞用书面报告说他已用藤鞭和电缆毒打了尼沙兰。隔日，杜赫在给尼沙兰的备忘录里批示:“你是一个让组织绝对相信的人，比起组织最近逮捕的其他囚犯，你是密切于组织和柬埔寨革命的人。组织清楚地知道，你不可隐瞒过去的事，你不可再像以往一样欺骗组织。组织对顽固（不招供）的人了如指掌。”于是酷刑再次施用。稍后，庞报告:“中午我提议（对尼沙兰）施用冷热两种（拷打）手法。下午我得到批准。尼沙兰选择了招供，他让我们提示他到底应该招认些什么。”

在S-21档案室里存有高米斯所写的材料共96页，都是高米斯在被捕后写给波布的信。这些信从没有离开过S-21去送交“党中央”。 高米斯的档案里也存有拷问员的报告。即使处在残忍的逼迫下，高米斯仍然坚持自己的清白和对共产主义的热烈信仰。对于政治争辩的激烈交锋，他已有30年的经验，但他现在不得不与无知撒野的拷问员争辩。高米斯是S-21里第一个死硬对抗波布的高级干部，并且他顽强地拒绝波布对建党日期的改动，9月29日他写道:“我对建党日期的立场是坚持原来的1951年。有人想改变它，我是不会随行的。我会为马克思列宁主义政党的合法性来反抗。” 但是，倔强的高米斯大概没有想过，以他的高级资格，为什么在“革命”胜利后他不仅没有官职，反被置于死地？这是否因为他模糊知道一些关于英萨利在北京的那几年里做了什么事情？或者他怀疑山玉明（柬埔寨共产党创始人）在北京是怎样被毒杀的？

尼沙兰、高米斯、农苏恩不久都被“党中央”下令秘密处决了。红高棉的摄影师尼恩（Nhem En）作证说：这些重要囚犯被割断颈部而死亡后，还必须拍摄尸体照片送“上面的兄弟”审阅。显然，是波布要看被杀同志的尸体照片。一个什么样的人才会有兴趣去欣赏那些自己的多年战友的尸体？

波布从中国返回金边后，决定总动员实施内部清洗。1976年12月20日他半通不通地使用了一个医学形容，向红高棉干部们做了重要讲话:“现在，在党里存在著一种疾病。这种疾病必须浮现出来，我们才能检查症状。我们还不能精确定位它……我们既往没有成功地在党内寻找细菌。然而当革命进展时，它更强烈地渗透进党内、军队和人民之中的每个角落。我们能很快找到这些丑陋的细菌，因为党有著像菠萝那么多的眼睛。如果我们再等待下去，细菌便会造成真正的损害……举一个例子，我们最近粉碎了一些叛徒的秘密网络。在过去，那些叛徒是我们革命的同路人。但是现在，他们必须被扔到一旁。今天的1976年是阶级斗争的一年，许多细菌出现了，许多叛徒网络进入了我们的视线。”

与波布的许多其它讲话一样，这次讲话也是个混杂猜疑的妄想，它无法定义“革命”， 无法解释为何“疾病”会浮现在党内，也无法提出证据来证明有“细菌”埋藏在党内。波布仅模糊地说是“根据我们10年来的观察，敌人根本没有消失，而是不断地钻进了党内。” 而杜赫则把“敌人”的策略比作是来自美国中央情报局和越南共产党的“象鼻虫”。 农谢也跟风道:“我们不担心外来的军事挑衅。我们最担心的是藏在组织里面的敌人。” 显而易见，波布发出了一条很像毛氏“文革”的发动指令。毛泽东是怎样说的？那是:“必须清洗那些混进党里、政府里、军队里和各种文化界的资产阶级代表人物。他们是一批反革命的修正主义分子，一旦时机成熟，他们就要夺取政权，由无产阶级专政变为资产阶级专政。” 现在，对于波布来说，最重要的不是挽救破产的国家和垂死的民族，而是更大规模地清洗同志。这表明红高棉“党中央”发生了某种隐晦的变化：在华国锋时代的中共放弃政治迫害运动、向“四个现代化”进军时，波布做出了相反的大清洗行动，可能说明波布否定了中共的新政策和政治方向。

在柬埔寨各地的大清洗方式比中国“文革”清洗方式更为简单和原始：连罗织罪名、编造证据的过程也省略了。一旦有人被诬指，就立刻变成“有罪者”，就必须给自己编造罪名，还必须牵扯出一连串的亲友和上下级同事的“叛徒网络”，不然就会遭受酷刑。不符合“阴谋存在”的招供一律被斥责为抗拒，囚犯会被反复施以酷刑，甚至采取电击、水淹、锯脚、挖眼，以得取“招认”，然后被处决。由于虚构，招供的细节都是荒唐得不可能发生的──例如：

1）曾在幼年时被老师体罚的哈金强（Hak Kim Chheang）招供：他在当天中午被一个碰巧看见他哭泣的中国密探招募了；
2）在东区被捕的菲蒂（Phe Di）画了一张“密探证”， 他声称是由美国“中央情报局局长”德威尼（John B. Devine）亲自来到金边签发的；
3）还有一个囚犯说他是被美国人肯尼迪“Kennedy”（注：指1961-1964年的美国总统，这是该囚犯唯一听说过的美国人名字）在金边一个酒吧里招募为美国代理人。事实上，美国“中央情报局”完全没有兴趣到金边招募密探，肯尼迪总统更是如此。

几乎在每份招供文里，牵连到的“密探”或“叛徒”的名单会增至几百个名字，使人觉得那是一个庞大的、全国性的大阴谋。本来，这些不合逻辑的编造，应该被轻而易举地揭穿──杜赫本人是一个靠严密逻辑和复杂证明来教课的数学教员。可是，所有招供文就没有一份被杜赫和审讯员们感觉是不切实际而拒绝，实际上那正是“党中央”所需要的。现在，可以知道，S-21作为最重要的保护“党中央”的设施，并非是为了鉴别真实的“内敌”， 而仅仅为了不断地证实波布的猜疑、假定或某种计划，并显示为此而粉碎一些重要的柬共党员是合理的。杜赫受命执行清洗“内敌”工程。实际上杜赫不可能不知道那些招供文几乎全是被逼捏造的。

更为猛烈的第二波清洗浪潮在1977年初来到红高棉党内。这次是针对北区的清洗。以前在1976年4月8日金边发生手榴弹引爆事件后，原北部大区柬共首领、商业部长克多恩就被怀疑。1977年1月25日克多恩被捕。克多恩是原柬共中央第4号人物、“革命”功勋卓著，也是1975年4月17日接管金边的大功臣。现在，S-21的拍照显示这个气宇轩昂的汉子，双脚被锁在钢筋制作的脚铐中，一条短粗铁链把脚铐连接在矮床铁框上。他可怜地象个大猩猩一样坐在床头，双手窝在双腿间，神情迷茫。

1977年2月，红高棉电台宣布粉碎了一次由河内操纵的“未遂政变”。这是对克多恩的指控。3月，在暹粒省的清克宁（Chikreng）发生了一起自发的民众逃亡事件，也被算作是克多恩通过“叛徒网络”事先部署的。当时，许多骨瘦如柴的柬埔寨民众拼着最后的体力穿过山林逃往泰国边界。一个逃到泰国的难民“考”（Kao）诉说:“我们拼命朝泰国边界方向跑。红高棉的枪声不断，他们追击和扫射逃跑者。一会儿时间，我就失去了父亲、兄弟和姐妹。我非常害怕。不知道我们隐蔽和走了多么长的时间，我们遇到了5个泰国兵，他们给了我们一些食物，把我们送到了（泰国边界的）难民营。” 这些难民们，首次揭露了在柬埔寨所发生的种种怪异和血腥的事情，引起国际社会的惊讶，也伴有怀疑。

柬埔寨北部一带的民众逃亡事件，导致塔莫的西南大区干部进驻北区，层层清洗北区当地干部。仅在1977年3月份，就有1,059名重要的北区干部被捕，占满了S-21的全部空间。由原北区部队改编的310师和450师也遭到清洗。在一份长达1,178页的文档里，集合了所有在招供文被提及的310师人员的情况。不久，清洗扩大到了中部大区，因为中部大区原属北区，以前是克多恩开辟的“解放区”。

中部大区首领柯袍说:“1977初，我召集副书记斯仁、图尔（Tol）和瑟（Sey），我告诉他们不要提到关于克多恩的任何事，不然他们可能也会被处决。不久，金边来人拘捕了分区首领干部胡（Hoh）和阿查文（Achar Ven）。这两人被逮捕后，他们的口供牵连到了克多恩。金边派人来指示我准备在中部大区清查克多恩的人。我去了金边见到波布和农谢，他俩给我看了所有的在北区和商业部清洗（所得到）的招供文，说明（克多恩案）结论清楚，不能改正。我说:‘如果安卡已经决定这样做，我没有任何意见。’ 一些被捕的干部自从1968年就跟着我打游击，但是他们现在被指控是美国中央情报局（CIA）的人。我不知道应该怎样做，我就把他们交给上面的兄弟去处理。”

柯袍叙述中部大区的清洗情况是:“1977年2月，金边的安全部门逮捕了中部大区的农业、工业、商业和公共事业部的各位首领。金边安全部门的卡车队也抓捕了41号分区的5-6个首领、42号分区的5-6个首领和43号分区的5-6个首领。35号分区的首领们也被逮捕。在逮捕了所有的分区委员会的成员以后，也逮捕了地区部队的指挥员们。在总数上有60个分区级（注：相当于省级）的干部被逮捕。1977年5月，金边的卡车队又来到中部大区逮捕区域级（注：相当于县级）干部，每个区域逮走2-3个首领。然后，一些小区级（注：相当于乡镇级）的干部也被逮捕。到了6月，逮捕的第一个浪潮才结束。那时，中部大区干部仅仅留下我一个人，没有其它干部被留下。此时上面的兄弟决定从西南大区调人替代那些被捕的中部大区干部。西南大区来了大约200个干部。”

但是柯袍闭口不提自己的邪恶方面。克多恩对他有重用提拔之恩。在克多恩的战友和部属遭清洗时，唯柯袍没有被牵连，反而受到“党中央”的赏识。只有出卖别人、努力推动大清洗的人才会有如此待遇。

克多恩在酷刑下崩溃了。他被逼在招供文里玷污和诬陷自己，还写下许多涉及“叛变”的名字。这些名字包括高级的党政人物、在北部曾与他共事的干部和军事人员、以及他在商业部的同事们。此外，许多他所认识的人也成了新目标，不久那些人都遭到了逮捕。在红高棉组织系统里，克多恩的人脉最为广泛，呈纵向和横向分布。在他的招供文里列出了在东北、西北、磅逊和金边的庞大“网络”，所有被列出的几百名干部陆续被捕，然后这些人的亲友和工作关联者也都被逮捕。克多恩“网络”层层扩大，致使逮捕范围越来越大，呈现无法收场的状态。

在审讯克多恩时，拷问员全力寻找多重的“叛徒网络”关系。克多恩不得不编造自己在内战时期曾与美国情报局人员、越南共产党密探的见面。一个月后克多恩，这个曾为红高棉卖命的汉子，在狱中被悲惨地割颈杀死。这时他已揭发了几百个名字、以及关于“叛徒行为”的叙述，包括企图谋杀波布、建立反对“党中央”的秘密网络、联合泰、美、越三国的支持、以及让红高棉军队意志消沉，等等，当然这些罪名都不合逻辑而且无法证实。但是克多恩的招供文正好被用来进一步证明了“党中央”的预知能力。当乔森潘告诉西哈努克，“克多恩是越南人和美国中央情报局的代理人。” 西哈努克怀疑:“你能肯定吗？” 乔森潘无言片刻，承认道:“不能”。

1977年1月底，公共事务部长塔池（Tuch）被捕。两星期后，都恩被捕。在已经被捕的人里，都恩是最接近“党中央”的人，他曾经代理红高棉政权的元首，现在他继任商业部长刚刚不久。在内战时期都恩与克多恩紧密合作，在1976-1977年都恩经常与克多恩讨论工作，但是当都恩被捕后，那些工作讨论却变成了“阴谋密谈”。都恩在酷刑的逼迫下尝试在记忆里翻找自己的“罪状”，他供认在未得到“党中央”的许可之前栽种果树。他也承认在内战中与越共干部有密切的交往，虽然当时越共在为红高棉打天下，而与越共配合工作是很必需的事，但现在这却变成“通敌”行为。都恩还被逼承认策划谋反“党中央”。 有研究著述提到，乔森潘可能是造成都恩失势的主要原因，此后乔森潘掌管了“870办公室”，他肯定是都恩被捕的最大获益者。而且乔森潘成为了红高棉“中央委员会”的一个成员。现在它的组成是：波布、农谢、英萨利、宋成、温威、索平、塔莫、三巴特、柯袍和乔森潘，共10人。