1977年3月14日包查被捕，4月10日胡宁被捕。在侯荣被谋杀后，胡宁、包查成为“亲中帮”的主要人物。胡宁是一个穷困华人的儿子，他6岁丧父，靠努力学习攀进柬埔寨知识圈。1955年他在巴黎加入英萨利的“马克思主义小组”，回金边后出任西哈努克政府的部长，可谓草根翻身，光宗耀祖。胡宁的“革命”观点激怒过西哈努克，以致1967年西哈努克演讲道:“胡宁是最危险的。这些亲中国的左派们的专业就是颠覆！” 在胡宁、包查被捕的前后，红高棉驻北京的两个“外交官”、以及亲中共的红高棉外事干部也陆续被捕。现任商业部副部长、死心塌地为红高棉效劳的华人张东海也被逮捕杀害。张东海手下的华人干部也都被清洗。不久，这些被捕者都被杀掉，一个未留，其中包括原金边“中华医院”的苏灼、洪乙华夫妇。被发配去种田的“华人大队”2,000多名成员也“失踪”了。这意味著红高棉内部的“亲中帮”至此覆灭。“亲中帮”本是中国“输出革命”政策播种在柬埔寨的产物，它在红高棉内部占有重要的政治地位。而“党中央”对“亲中帮”的猜疑和防范由来已久，遂在毛周已死而无所顾忌的情况下，彻底消灭，讹求专宠。事实上此后中国对红高棉的援助反而大量增加，从香烟、布匹到飞机、水坝无所不包，并向这个小国派遣了15,000名援建者，是十几倍于苏联在50年代派往中国的俄国援建人员（1,390名）。这表明中共只得接受“亲中帮”被除灭的既成事实。

胡宁在S-21里受到了凶恶折磨。胡宁被捕后的第4天就交出了第一份的7页“招供”。拷问员庞的报告说:“在胡宁被带去灌水用刑之前，我们已经鞭打了他4-5番，以粉碎他的立场。” 这“灌水刑”是S-21里常用的酷刑之一，为此特制“水柜”。 “灌水刑”是一种反复使犯人被溺毙的折磨方式，犯人被捆绑倒吊，淹没在水柜里，呛水挣扎，全身痉挛，当肺泡大面积损伤而即将溺毙时再把犯人吊出水柜，奄奄一息的犯人口鼻喷出长长的血性黏液，求死不得，极为痛苦。仅5个星期，胡宁被折磨得已经崩溃，他无比悲惨地在“招供文”的旁空处用抖瑟笔迹写下:“我不是一个人，我是一只畜生”。他被逼新的招供，这位富有激情的共产主义者不得不亲手写下“自己一生的反革命活动”，凄切地诬陷自己:“在过去的25年里，我下贱地为敌人服务。我曾为CIA和可耻的帝国主义者服务，也为一个名叫‘毛’（Mao）的密探服务。而现在我得到了如此下场。我已经无所依靠。我的生命完全依靠党了。” 胡宁写下每一句自诬的话，都需要很大的勇气。读了他的招供文，任何人都能体会到他的遭遇令人心碎。

在胡宁的招供文里，指使胡宁阴谋活动的人，是一个面目模糊、独往独来、无可查证的“毛”。其政治目的是：扭转柬埔寨的国家政治方向去靠拢共产党中国。这究竟符合谁家的利益，手段方式又是谁家的模式？显然这个“毛”恰象是伸入柬埔寨的中共地下党才完全符合如此角色，而柬共党不符合。至于胡宁为什么以中共地下党的活动为模板编造招供文，又为什么把他的上级取名为“毛”？这大概只有被酷刑逼得走投无路的胡宁自己才清楚。

1977年7月6日，胡宁、包查与125个囚犯被集体处决了。几乎所有的研究红高棉的论文，在提到胡宁的案例时都表达了深重的同情和不平，并以此证明红高棉的暴虐。但是，胡宁究竟是什么人？他显然不是一个正直善良的人，而是共产主义运动所筛选出的一个恶毒的“革命者”，连西哈努克也对胡宁忍无可忍。胡宁激进地参与了红高棉制造柬埔寨“革命”的作恶过程，无数柬埔寨人民因而死亡。虽然胡宁最终也变成“共产主义运动”的牺牲品，但那丝毫不能减轻他的罪孽。胡宁与侯荣、乔森潘都曾以“公开左派”身份为柬共秘密工作，这三人之中比较恶毒的乔森潘是唯一没有被大清洗触及的人。

1977年4月底，波布的亲信谢杰（Siet Chhe，又名Tum）被捕。当谢杰还是个初中学生的时候，他被教员波布引入柬共。1963年谢杰跟随波布逃入东部丛林，在波布患疟疾期间照料波布。在1975年红高棉“胜利”后他是东区22号分区的首领。谢杰与波布、宋成有著长期的私谊和亲密的工作关系。然而，现在谢杰的功劳一概化为乌有。谢杰的被捕证明了，即使对波布忠心耿耿也不一定被波布认可。谢杰懂得进入S-21便是有生无还，他天真地写下一些信件向波布和宋成求救。但这些信件一直被存放在S-21的档案室里，证明它们不曾离开过监狱交给“上面的大哥”。

谢杰在被捕的第一个星期里，他否认所有强加给他的罪状。他认为自己被冤枉了，也认为应该让他与“上面的大哥”直接沟通。谢杰写信给“89号兄弟”宋成：

“兄弟，我在这里好苦啊！我不曾经历过这样的事！如今，我被关押在革命的牢房里，我真的不明白，这太令人困惑不解了，但到最后我终于看清楚了：是那些为美国中央情报局、越南共产党及苏联情报局做事的人，把我弄到了革命监狱里。” 谢杰极力希望通过与宋成的联系而改变自己的命运:“我一直都知道，一旦进入S-21，就没有人可以走出去；即是说，这个地方只有进，出是永远都不会发生的事。兄弟，果真如此，我就无路可逃了。” 几天后，谢杰将被施用酷刑，他再次给“上面的大哥”写信:“我已在这里一个多星期了，只是被锁铐。根据那些负责案件的人说，我将会进入被折磨的阶段。亲爱的兄弟！我知道我完了！请及时来搭救我，兄弟！无论怎样毒打我，怎样死去，我都会对党忠心一致。如果你不搭救你的弟弟，他一定会死！而打碎真正的敌人才是党的光荣……这是最后的一次了，兄弟，请及时把你的弟弟救出来。我甘心与妻女到农田里种大米。……请你救救我，就让我活下去吧。”

谢杰的恳求，充满透明的真诚和令人窒息的感觉。然而，谢杰没有得到任何回答，只得到了酷刑。失望已极的谢杰没有再给“上面的大哥”写信。相反，谢杰在招供文里“揭发”了无数个以前的同事和朋友。最后，谢杰在S-21监狱里被“党中央”下令处决了。

1977年6月6日，中央宣传部副部长提欧被捕。提欧也是资深的反法战士，现在他被指控秘密参加了美国中央情报局和柬埔寨东区的叛徒网。9月18日提欧的弟弟提梅（Tiv Mei）全家也被逮捕。随后提欧、提梅弟兄两家都被灭门杀死。1977年9月红高棉干部童万（Thong Vann）被捕，他写下的拷问过程是:“当我刚到（S-21）时，审讯者说我是美国中央情报局的人。当时我失去了控制，说‘我否认。’ 他说‘如果否认，我们会毒打你，直到我们得到详细的招供。’ 当我把自己的革命历史和活动写成一个详细概要之后，审讯者对我说‘为什么（在概要里）没看到你叛国的事？’ 我答道‘我没做过叛国的事。’ 那人说‘如果你否认，那你还会被毒打。如果你写出叛国的事，那就最好不过了。’ 我知道自己无法再承受折磨，于是便写了一个我如何出卖国家的故事，以及我和农苏恩的阴谋关系。”

1977年4月17日，文档部编写了一份两个月来被S-21逮捕的囚犯表格。这个表格有1,566个名字，都是红高棉的重要干部。表格记录了他们的名字，化名、性别、职位、单位、入狱日期和其它细节。其中633个名字被S-21所注明“粉碎”(柬文komtech，处决)。每一个名字的父母、配偶和孩子们也都在S-21或者在红高棉各地监狱里被处决。仅在1977年3月17日的一天内S-21所“粉碎”的囚犯就有107人。1977年7月1日的文档显示，那一天有114个女人在S-21里被集体处决。

1977年在清洗北部大区的同时，逮捕行动也横扫了整个西北大区。这是因为波布在“4年计划”中给西北部所设定的大米产量根本无法达到而引发的。当时西北部人民因营养缺乏和过度劳累，已经无力种田。但是波布认为他的“4年计划”之所以会失败，是因为有人破坏。

波布不喜欢西北部的原因，除了那里很接近泰国之外，还有三巴特在那个地区实行的半独立性。1977年，因为缺乏农耕器具，人民饥饿和收成不好，预计从西北部生产的大米并没有运抵金边。于是西北大区干部都被指责为破坏革命经济或毁坏收成、故意让人民挨饿、私让柬埔寨边界领土以及合谋把大米偷卖给泰国。1977年4-5月，大清洗来到西北大区，许多军事人员和地方干部被大批逮捕。

当清算行动变得更加剧烈时，S-21的关押空间被塞满了。上千名饥饿的囚犯拥挤在四栋教室楼里。S-21附近的埋葬场也被死尸填满。于是，在S-21南面15公里处的镇艾斯（Choeung Ek）的一个旧有墓地，被当作了S-21专用的杀戮场。一个看守说:“当囚犯听到自己将被带走时，他们都绝望地扭自己手上的钢铁锁铐，并徒劳地与看守员挣扎。” 但他们被反绑着扔上货车，被带去杀人场。每天在镇艾斯被处决的囚犯，从几十人到三百人之间。刽子手辛辉（Him Huy）对镇艾斯杀人场面的描述，是迄今为止的第一手资料：当载有囚犯的货车抵达镇艾斯之后，囚犯被集中在一间建筑物里。在那里，他们的名字与一份处决名单核对。然后，囚犯就以分组方式被带到土坑边。辛辉以一种冷漠态度接著说:“他们的双手被反绑在身后，被踹倒在坑边跪下，被用牛车轮轴的铁棍猛打头颈部，有时一次，有时两次……守卫队长监督着整个过程，而我负责记录杀掉的名字。我们把这些名字带回去，那是绝不能缺少任何一个名字的。”辛辉记得，当囚犯们被打死后，有些死者的衣服被剥下拿走。

西北大区的4号分区（马德望省东部）首领、三巴特的著名助手“革命家”克平被捕。同时另一分区的首领博沙里（Phok Sary）也被捕。到了1977年末，西北大区全部7个分区的首领和副首领们一个不剩，都被逮捕并杀害。三巴特是一个坚定的革命份子，他从1950年起就是西北部革命的领导者，他在当地拥有威望，因此“党中央”没有立即逮捕他。在塔莫的指挥下，几千个西南大区的干部到达西北大区，接管权力。他们发现在西北部，尽管大米产量被报导翻番，但实际上那里只出产了少量的大米。于是他们在西北部进行激烈的清洗活动，大量的西北部干部被杀害，很多当地的“旧人”（革命的基础群众）也被当作惩罚对象而打死。不久，西南干部对西北部村庄的清洗行动又制造了一批冒死逃往泰国边境的柬埔寨难民。在泰国，这些难民对记者和西方外交官们讲述了大量发生在柬埔寨的悲惨事实。

这一波遍及柬埔寨北部、中部和西北部的大清洗，造成数万名的红高棉干部和军事人员被处决。在酷刑下的每份招供导致了更多的抓捕，被牵连的受害者上级、下级和他们的配偶、孩子们都被杀害。还有更多的“旧人”村民被西南干部认为是原西北大区的“反革命基础”，也遭到大规模的杀害。大清洗发展到痉挛程度，而塔莫借机把自己的势力扩展到了北部、中部和西北部。现在，波布的注意力转向搜寻“内敌”，而“4年计划”本身被悄悄地放弃，不再被提起。

因为地缘关系，柬埔寨东部人民受越南人的影响年深日久，东部当地不断发生对“党中央”政策的反抗，柬越边界地带的柬民和一些红高棉干部纷纷逃往越南。在21号分区（原磅占省），26岁的洪森于1977年6月20日也逃往越南。在逃亡中，洪森与他的妻子失散。1977年10月19日河内报道：在过去的两年里，已有6万柬埔寨难民逃到了越南。

杜赫每天工作到深夜，他勤奋地寻找“内敌”并逐个逮捕他们。现存S-21的一些处决照片展示被杀者的头颅被随意割掉。但是毫无疑问，在S-21里，除了囚犯的家属和孩子们是清白无辜的，那些被清洗的干部基本上都不是什么善良人，而是祸害自己民族的共党份子。虽然他们遭受痛苦折磨值得世人同情，但他们并非无辜。客观地说，S-21在认真冷酷、卓有成效地逐步深入地粉碎着主要由社会垃圾组成的共党骨干部分。

1977年，红高棉和越南的关系日趋恶化。红高棉频频越界袭击越南村庄。同时，红高棉也分别对泰国对寮国频繁挑起武装冲突。5月份，一系列战斗沿着柬越南部边界爆发，红高棉越过边界攻击和焚烧了更多的越南村庄，越南村民被迫撤离了两个越南小镇，逃到越南内地朱笃市（Chau Doc）。5月16日红高棉居然起飞一架军机向越南的边界省城河仙市（Ha Tien）投弹，并调动重兵向河仙市郊发动地面攻击。这是红高棉在炫耀他们有能力把战争扩大到越南内地。这个冒险行为引起了河内的震怒，柬越边界冲突开始升级。此前，中国人为红高棉在柬埔寨东部的磅占市郊修建了一个军用飞机场，并提供了六架军用飞机。这个机场的作战目标明确地指向越南，向越南投弹的飞机就是从这机场起飞的。现有的资料表明，红高棉的飞行员是中共在中国河南省开封市郊基地和福建省基地培训的。其后，红高棉又在东部越界袭击了十几个越南村庄。于是，越南人在越柬边境地区开始部署数千人的武装部队。

越南人此时的战争能力和潜力，对比红高棉是强大得近乎无限。越南共产党“人民军”在越战时期为200万人，1975年吞并“南越共和国”之后大裁军，到1977年还保留有120万人。“人民军”具有陆海空军配合的立体作战能力。河内对于红高棉的武装挑衅，起初的表现是克制和寻求谈判。而红高棉一再袭击越南，令人看不懂红高棉的玩火包含有什么实际上的军事意义或者政治谋略。