在撤空城市的同时，红高棉迫不及待地在全国展开一场大屠杀，最初的杀戮对象是与前政府有关的人。红高棉中层干部朱占（Cho Chhan）说：在“整个国家被解放之后，（1975年）安卡提出了一个政策，要消灭所有的（前政府）人员，从将军一直到副职官员，以及职工、警察、士兵和公务员。” 一个已被揭露出来的事实是，300多名前军官被告之“西哈努克要接见他们”，结果他们被带到马德望的丛林，用机关枪集体屠杀；他们的家属（妻子和孩子）也被杀死，显然这是为了不留下其亲属对红高棉的仇恨。 大屠杀在事实上是内战的延长，也纯属红色恐怖行为。前政府“最高委员会”的成员都被处决，英丹和沙索萨康将军逃走。皇室也是红高棉的屠杀对象，记录表明，至少有21名皇室成员遭到红高棉的屠杀。例如在4月17日金边陷落的当天下午，在瓦卡特（Vat Katt）红高棉枪杀了一位皇室王子，在马德望城另一对王子夫妇被枪杀在一个小山坡。还有一些王子或公主被抓走后杀害，凡被抓者无一幸存。在全国，至少有4万名军人、警察和公务员被集体处决，估计还有10万名他们的家属和孩子也被杀死。只有西北部马德望和暹粒省的少数军人，见势不妙，逃往泰国边界的森林，侥幸逃过了死亡。

几天之后，红高棉大屠杀扩展到平民层次。全国大规模处决普通的教员、医生、护士、技术员、公司职员、小商人，业务员，连受过教育或略有文化的劳工都不放过。处决模式是用卡车将此类人员集体运至某个森林地点，用木棍打死或枪杀，就地扔在乱葬坑里。证人马利临说:“安卡公开号召职员和学生们自我报告，将根据他们的专业知识安排重要工作。于是，一些自称是三轮车夫的人向‘安卡’报告他们是职员或教员，其结果可想而知。但我的家人（知识者）都保持了沉默。” 柬埔寨霎时间成了一个血淋淋的国度，然而这只是红高棉在夺取政权后的初步大屠杀。

证人马迪生（Mardi Seng）说：我父亲是一个中学教员。1975年4月17日红高棉撤空了所有的城镇居民。公路上人群拥挤。我们饥饿又疲倦。我们想在道路旁的一幢小房子里短暂歇息。那是一幢白色小房子，窗户被打破，有4、5个家庭散坐在院子里歇息，都不进到房子里去。我们走进房子里，看到有一家人5口都被枪杀死在那里，血糊满了他们的脸和身体。我们非常恐惧，赶忙逃出房子。当我们朝另一幢小房子走去时，我们看见一个小男孩(大约10岁)，他套着一件可能是捡来的朗诺士兵的绿色衬衫，很明显那件衬衫对小男孩来说是过于肥大。一个年轻的红高棉走向小男孩，抓住男孩的脖子，把手枪顶在男孩头上，没问一句话就开枪射杀了那男孩。周围的人民目睹这种残暴，没有人敢说句话。4月20日，红高棉的一个头目要求人群中的教员、技术员、工人、受过文化教育的男人和女人，自报身份，加入新政府以重建柬埔寨。因为被驱赶之苦和对国家的热爱，有几千人响应了红高棉的号召、坦率地自报身份，我的父亲也响应了。但是就在当天，1975年4月20日，这几千人被红高棉集中起来全部杀死，其中包括我的父亲。

另一证人说：所有的上过学、受过教育的人，银行职员，教师，医生们，都被红高棉处决了。幸存者只是妥善隐蔽了身份的人，他们假称自己是沿街叫卖的小贩或者三轮车夫。金边华人许先生原是“端华”学校的教员，他假称自己是一个作坊的搬运工，才逃过了死亡的命运。1975年5月5日美国国务院报告，除了金边的200多万居民被强制撤空，在磅清扬城和暹粒城也发生了同样的大撤空，而且“根据可靠信息，在全国范围内所有能被发现的前政府和军队的各级人员和普通公务员，都遭到了杀害”。 随后，由法国使馆从金边撤出的外国人，也都证实在金边发生了不可思议的大撤空和到处杀人的恐怖现象。对同胞的杀戮，迫使人们不得不思考共产党的本质。金边华人江先生总结了他所能认识到的规律是:“世界各国无论什么政党上台，都忙着偷偷修改对人民的承诺，唯独共产党一上台就忙着杀人。”

红高棉仅仅在金边留下了水厂、电厂、广播电台、波成东机场和几个工厂，以及寥寥千名工人。这些工厂都是用来服务于红高棉政权机构的。此时，不仅在金边，全国所有的大小城市都没有了居民，成了一个个黑沉沉的死寂地方。金边的各条街路被红高棉用铁刺网封闭。居民家的冰箱、电视机、收音机、自行车等物具被红高棉乱糟糟地堆在街上，下水道里塞满了废除的纸币……。一个被暂留金边的证人说:“我被留置在金边一个月。红高棉指派给我的劳动，是进到每个居民房子里收集大米，从各种各样的药店收集药品。” 另一个23岁技工劳邦泰（Lao Bun Thai）被暂留金边为红高棉工作，他说:“我亲眼看见，金边大教堂图书馆的大量书籍，都被堆在草坪上焚烧。法国人开办的远东图书馆，在5月5日的上午也遭到焚烧。” 中共派往金边的一个中国联络员的描述是:“号称东方‘小巴黎’的金边已是一座鬼城，昔日繁华的街区空无一人，大白天比北京深夜任何一个街道还要寂静。一座座楼房空荡荡，杂草丛生，有的地方陈旧的血迹还可见。扔在院落中或马路旁打开的（居民的）皮箱，积满雨水。在红高棉通讯社附近，被红高棉炸毁的金边最大教堂，瓦砾成堆。朗诺时期的钱币被风一吹，在空中飞扬。穿着黑衣衫的红高棉兵，懒洋洋坐在十字路口的椅子或沙发上，枪放在一旁，用刺刀当作螺丝刀，摆弄着（从居民家搜来的）照相机。挂着中文招牌或贴着中文对联的住宅，房在人空。我所在（中国）使馆工作的一位老同学，陪我进入一座别墅看了看，大理石地面上血迹斑斑，它的主人是福建籍陈姓华人。一天，一位华裔翻译指着通讯社院内一片长得油亮的香蕉林，悄悄告诉我：金边刚解放时，红高棉要求柬埔寨通讯社的职工们在某日某时到这里报到，安排工作；信以为真的人来到这里，被统统打死，就埋在这片香蕉林下。而不相信红高棉的人躲过了这一劫，被驱赶到农村去了。”

1975年4月22日乔森潘通过金边广播电台，宣布柬埔寨新政权的建立。此时乔森潘被提升为红高棉“候补中央委员”。 大撤空、废除货币、加上大屠杀，还不算是完整的红高棉“新政策”内容。

当红高棉把全部的外国人和外国记者都驱逐之后，一切有关柬埔寨的信息都被切断。柬埔寨被严密的黑幕所覆盖，从此与世隔绝。外国人不被允许进入柬埔寨，任何人也不被准许离开柬埔寨，所有人民都被困在黑幕之内，与外界失掉了一切联系。柬埔寨政权易手后，有86个国家按照常规想接触那个还打着“西哈努克流亡政府”招牌的柬埔寨“新政权”， 但是红高棉一概不睬，只允许7个共产党国家派少数外交人员驻在空无一人的金边，有中国、北朝鲜、阿尔巴尼亚、罗马尼亚、南斯拉夫、越南（此时北越已占领了南越）、寮国（寮共政权）。但这些外交人员不被允许走出各自的使馆，也不得使用电讯联络，各使馆由红高棉黑衣兵把守，不许出入，形同软禁。据《零年》一书的资料说，那些外交人员的生活很苦闷: 他们不能离开使馆，每天3次有一辆吉普车送米饭给他们；没有服务员，他们不得不自己做清洁工作；每两个星期，中国的一架小飞机载这些外交人员集体去北京休假两天。 一份红高棉内部文件显示，英萨利多次强调必须对这些使馆的监视。 红高棉仅仅对中国和北朝鲜的使馆人员，特殊准许上街放风，但必需红高棉的人陪同。如此，国际社会对柬埔寨发生的事情一无所知，柬埔寨被西方媒体称为“国际政治空间的黑洞”。 红高棉的金边电台（全国唯一的电台）宣布柬埔寨两千多年的古老历史完全作废，历史轮轴仅仅从安卡接管金边的那一天开始转动，公元1975年就是柬埔寨的“零年”。同时，全国的寺庙都被关闭，商品被禁止流通。急速发生在柬埔寨的天翻地覆的“社会重构”，使红高棉的“革命”突然越出了常轨。基辛格经过观察说:“甚至红高棉的后台──中国当局，也失去了对柬埔寨状况的控制。”

在实施了上述怪异措施之后，1975年4月24日波布等人进入空空荡荡的金边。红高棉执掌了政权，但继续隐瞒着共产党面目，它的组织仍然不公开。尤其是波布，绝不让人知道他的身份和相貌。人民只知道神秘的“安卡”在控制一切，不知道“安卡”在哪里，哪些人是“安卡”。 红高棉的中下层干部也不知道最上面的“高级兄弟”都是些什么人。国际社会更不清楚柬埔寨“新政权”落入什么人手里。1975年9月，红高棉“党中央”秘密确定了“高级兄弟圈子”由波布、农谢、英萨利、索平、宋成、塔莫、温威共7人组成。但直到1976年底“党中央”电贺越南共产党第四次代表大会，落款仍是含混的“柬埔寨革命组织”。反而泰国比较明白些，1975年4月18日曼谷政府的一份报告说柬埔寨“新政权”领导人排名依次是波布、英萨利、宋成、农谢、索平、温威。

诚然世上所有的共产党，普遍因其帮会性质而行为诡秘，但始终严密隐藏其政治旗帜和组织、个人的身份面目的现象，至今还是红高棉所独具的奇观。 “党中央”已经夺取政权，仍继续扮演“蒙面逃犯”形象。 毛泽东帝王作派，颇不屑这种鬼祟，所以他当面“抬手指著英萨利乔森潘，要他们直说自己是共产党，不要躲躲闪闪”。 但事后农谢辩驳道:“柬埔寨共产党以前不合法。我们开发出秘密策略，第一，保卫我们自己；第二，动员更多的力量。解放（夺取金边政权）后，秘密工作仍然是我们一切工作的基本。只要有阶级斗争或帝国主义存在，秘密工作就仍是我们的基本工作。秘密工作使我们是状态的主人，使敌人不能发现什么而我们能赢得胜利。这是我们从印尼共产党的血迹中学到的经验。”

对红高棉的胜利，毛泽东大概是世界上最为心花怒放的人。他有理由兴高采烈。毛泽东发贺电给“柬埔寨革命组织”： 中国人民永远同你们站在一起并共同前进。也只有中国当局在1975年5月初，在北京天安门广场，举行了十万人的盛大集会，热烈庆贺“柬埔寨革命组织”夺取金边政权的伟大胜利。西哈努克作为柬埔寨的名义元首却未被中国当局邀请出席这个集会。中国人民被瞒得严实，他们只是被当局含糊告知“柬埔寨革命”成功了。中国人至此还没听说过“红高棉”这个名称。1976年中国的新闻电影厂制作了一部高调赞扬柬埔寨“新政权”的纪录影片“柬埔寨革命”。 那影片给中国人留下的印象是在一个热带小国里的“革命者”个个都颈搭方格围巾。在该影片中多次出现过一个中等高、粗身板、嘴巴半开、颈搭方格围巾的无名中年人的镜头，视察稻田。这人是波布。没有一个中国民众能认出这个人。

在柬埔寨城市被撤空的同一时刻，越南战局也走向终结。南越政府斗志消弥，民怨沸腾，南越总统阮文绍仓皇下台。美国总统福特抢在西贡沦陷前夕派出大量飞机和船只，救出20多万南越难民。1975年4月30日北越“人民军”分五路占领了西贡市（1976年7月2日把西贡市改名“胡志明市”）。至此，越南战争结束。北越，兵燹南北十四年，终以军事侵略吞并了南越共和国，也开启了南越民众逃亡的日子。少语寡言的黎笋，他拥有主导越南共产党所需的钢铁意志、专注和管理技巧，在赢得越战的过程中，他始终是北越行动的设计师和总指挥。

北越人忙于建立共产党政权和清洗前政府人员。他们没有象红高棉那样杀戮前政府的公务员和士兵。令人惊讶的是，越共当局在此时的百忙中，派出不少军人到动乱中的柬埔寨，接回越南侨民。当时，在柬埔寨约有25万越侨，大部分越侨都被越共接收而返回了越南。因为种种原因来不及返越而遗留在柬埔寨的越侨还有2-3万人。对于越共当局对越侨的不分阶级的人道关怀，一个柬埔寨华侨说:“（红高棉）把城市居民驱逐出家门，把财产掠夺一空，令人发指。当许多国家的政府都到柬埔寨接收自己的侨民时，唯独我们华人没有‘中国政府’来接收。内心的失望和悲哀使我们深感作为中国人的耻辱。我们这些当年投奔‘革命’的华人，对‘解放’柬埔寨、回家团圆的美梦彻底破灭了。” 有资料估计1975年金边沦陷时的柬埔寨华人总数约55万。

许多华人趁着越共接收越侨的机会，鱼目混珠，逃往越南。华人安金说:“当时越南刚刚解放，越共政府在5月份多次来到柬埔寨境内接越侨，有些华人也装扮成越侨跟着走。当时许多逃往越南的华人在过境时，冒充越侨，都临时取一个越南名，什么阮文牛、阮文马阮文龟阮文龙……，连越南边防队都感到可笑，奇怪这些人为什么尽用动物名。但不管怎样，这些（去了越南）华人总算逃过了浩劫。”

证人谢女说:“我们被驱赶到了（柬埔寨东部的）某县。听说越共军人来接越侨回越南，我和大姐就一起去让越军问话，但因不懂越南语而被拒绝了。” 在柬埔寨西部北部和西南部，红高棉忙着秘密坑杀越侨。一个被驱赶到马德望省的金边居民说:“红高棉把（马德望地方的）要回越南的越侨集中起来，用卡车接走，说是送去越南，在半路上载到森林里统统杀掉。” 茶胶省的华人的证词也说:“那时，红高棉的村干部来登记，问我是不是越侨？要不要去越南？本来，去越南是逃生的好机会，但一想到同来的不少人因为愿意去越南而被红高棉杀死的惨景，我立即答：我不是越侨也不去越南。”

北越的一位部长指出：1975年是红高棉与越南人之间关系的分水岭。在红高棉接管金边政权后，波布拒绝与河内发展任何形式的友好关系。波布在金边声称:“我们赢得了全部的、决定性的、干净的胜利，我们的胜利没有任何外国的援助或参与。” 他不承认越共对红高棉的一切帮助。农谢甚至说:“越共破坏我们的革命。他们拒绝转运来自中国的武器弹药。我们不得不从敌人那里缴获弹药，我们没有从越南共产党那里收到任何东西。尽管有这些困难，我们党尽最大努力在1975年4月17日解放了金边，这是在西贡解放之前的两个星期！我告诉你们这些是为了指出越共从来没有帮助过我们！在整个柬埔寨革命时期，我们与苏联和越共之间有复杂的斗争，但是我们克服了困难并赢得胜利。”

1975年5月20日，红高棉在空荡荡的金边召开红高棉各区域和各部队的主要干部大会。这是红高棉干部与“高级兄弟”们的第一次见面，让他们终于目睹了神秘的“1号兄弟”波布。当时拍摄的胶片，纪录了波布等人入场的情景。这胶片可能是由中共摄影员为红高棉拍摄的，因为红高棉当时没有自己的摄影员，红高棉的首席摄影师尼恩（Nhem En）才15岁，他在这次大会几个月后被送往中国北京学习摄影技术，而红高棉绝不会允许旧政体的摄影员拍摄。

“干部大会”在一处有大玻璃窗的会堂里举行，上千人在街上排成单行鱼贯进入会堂。这些人的装束一律是“毛式绿帽”，黑衣衫，“人造革”腰带，轮胎底的中国胶鞋。波布、农谢、宋成、克多恩、温威、索平、三巴特、塔莫等十几人，颈搭方格围巾，手放在胸前鼓掌，走进会堂。全场干部起立，长时间热烈鼓掌，喧哗，很多人好奇地踮脚伸脖见识他们的领导人。波布等人依次走上主席台，戴黑框眼镜的宋成高出众人一头，他原本走在第三位置，因不停地回身向干部们挥手致意而落在后面，以第五位置走上主席台。这些领导人排列在主席台上，波布在中间，依旧咀巴半张。温威站在农谢旁边兴奋鼓掌，笑容灿烂，风头十足。农谢则面目冷峻，还两次侧脸斜视温威。这些“高级兄弟”因为吸引了台下众多的目光和掌声而十分风光。主席台上自然是没有乔森潘。但英萨利也未出现在主席台上，现在已知：此刻他正在北京商议关于迫使西哈努克回国的阴谋。

这次大会首次向红高棉干部公布了“党中央”关于重构社会的各种政策。会议没有留下任何文件（注：迄今尚未发现），现在了解的内容主要是依靠出席者的回忆所拼凑，诸如韩桑林（此时是东部大区的团级指挥员）等人。政策的要点是：撤空城市，废除货币，禁止商品，废除文化教育，废除医疗系统，禁止交通和邮电，关闭寺院，把僧侣赶到农村劳动，处决所有的前政府人员，在全国建立农耕合作社，实行集体食堂，把越侨赶出柬埔寨，派军队去越柬边界准备作战等等。韩桑林的回忆部分和这些内容相合，并且补充了废除货币是与消灭市场和剥夺私人财产同时进行的。把人民划分为不同阶级等级也是在这次会上宣布的。农谢在讲话中还强调了“严密甄别”的原则，根据与会者的解释，就是说在实行这些政策的过程中要随时清除（杀掉）反对者和不满者，不要把他们留在新社会。