在紅高棉掌握柬埔寨政權之後，在紅高棉內部還存有3個宗派：波布、英薩利、宋成、英提麗特等人為代表的“留法幫”加上投靠的農謝；原“柬共”老班底的克多恩、索平、三巴特、農蘇恩、高米斯、尼沙蘭等人為代表的“親越幫”；原“柬-中友誼協會”班底的侯榮、胡寧、包查為代表的“親中幫”。而溫威、塔莫、柯袍等人算是“本土原生”，投靠了勢力茁壯的“留法幫”。世界上的研究者們都基本同意這樣分類。

“留法幫”占據紅高棉“政府”的全部重要位置，掌控着軍隊、外交、內政和宣傳。喬森潘因為具有“鬼話人說”的才幹，又與喬氏姐妹有某種遠親關係，得以繼續留任“紅高棉話筒”角色。溫威作為波布的親信，掌管工商農業等6個部委和金邊特區的政務。溫威自己也有一個親信小團體，主要有程安、梅鵬、克優。

在“親越幫”之中，索平、三巴特是沒有實際權力的國家副主席，而克多恩和農蘇恩的職權受溫威的管轄。在“親中幫”之中，侯榮已被“黨中央”處死，胡寧、包查成為主要人物。

現在，“親越幫”和“親中幫”在權力分配和人事安排上受到了排擠，唯“留法幫”是紅高棉政權的核心團伙。西哈努克也斷定“柬埔寨只是波布和英薩利兩個連襟家庭的國度。” 因為喬彭娜莉精神失常，於是英提麗特便成為柬埔寨最有權勢的女人。波布和英薩利兩家成員的真實身份和一切活動都被當作國家機密。在共產主義運動史上，所有類型的“革命”運動都包含有秘密的主題，但是未見有類似紅高棉那樣的神秘偏執狂。

1976年3月30日，紅高棉“黨中央”決定立即開展一個重大行動，即清洗內部以“消滅內敵”。 清洗將由一個秘密機構來完整地執行，這機構就是杜赫主管的S-21，它直接對“黨中央”負責。這個強烈訊息的不可思議之處是：在內部並沒有反對勢力形成、也沒有任何陰謀跡象出現的情況下，“黨中央”急於部署內部清洗，並非源於事實的威脅，只能是源於假設。問題是，大清洗為什麼會源於假設？

因為同時，“黨中央”決定重新編篡柬共“黨史”，最重要之處是改動黨的創立年份:“把黨的創立年份定在1960年；不要再用1951年……這樣一了百了。” 這個看似小事的提出，實質上包含著“柬共”歷史不再被認可的重大含義，而且任何在1960年以前加入黨的人都不再被認為是黨員而必須重新登記。因此它引起了黨內的深層衝突。克多恩、索平、三巴特、農蘇恩、高米斯、尼沙蘭、周杰特等人都不同意這樣改動。表面上這似乎是語義上的爭執，其實背後的問題是：現在統治柬埔寨的這個“黨”到底是波布的紅高棉團伙還是正統的柬埔寨共產黨，以及這個“黨”與越南共產黨的關係。

從1960-1975年，柬共的創立一直都被認定是在1951年，亦即：在越南共產黨的指示和扶植下組建的柬埔寨人民革命黨（Khmer People’s Revolutionary Party, KPRP）的創建年份。而1960年9月30日則是波布、英薩利兩人進入柬共中樞的日子。

一個後來逃亡到越南的柬共幹部作證：1976年9月中旬，他們正在為黨25周年紀念慶典作準備時，“我們接到黨中央的緊急通知，讓我們暫停所有的慶典準備工作。通知告訴黨的創立日改為1960年9月30日，在這日期之前加入黨的任何人都不應將自己再視為黨員，而1960年9月30日之前任何黨員在黨內的這段日子將作廢。如果他同意的話，黨中央將保留他的黨員資格。不然，他將被送去再教育。”

波布為什麼要廢除原先的柬共創立日期，而一定要改為他進入柬共中樞的1960年9月30日那一天？

波布的奇怪舉動，表面上反映了柬共內部的派系爭論，而實際上展示了紅高棉究竟是個什麼組織。回顧“紅高棉”的歷史，在26年間它由一個在巴黎組成的“馬克思主義小組”， 回國鑽入柬共內部，長期寄生，逐步得勢變成了柬埔寨的掌權者，現在它不再承認它的宿主柬共。改變柬共創立日的實際目的是要埋葬柬共，以紅高棉“黨史”取代柬共“黨史”。以前，沒有人注意到，這個“紅高棉”從來避免自稱“柬埔寨共產黨”， 而總是自稱“革命組織”（安卡），現在看來，那並非僅僅為了隱藏自己的共產黨面目，從而提示了它乃是共產主義運動中的一個異形的政治組織。

準確地說，以1960年9月30日為創立日的“紅高棉”， 只是波布和英薩利的團伙“黨”。這個黨，沒有明確的政治綱領和政治路線，也沒有“馬克思主義”的特徵，只是個“紅色烏托邦”實驗的操作員。

1976年4月2日深夜，在金邊發生了一個手榴彈爆炸事件和零星槍擊。那地方是位於“高級兄弟”的守衛森嚴的住處附近。事後並未有任何人死傷，建築物也沒有受到損毀。這個爆炸事件的目的並不明確，後來的調查表明是一些駐金邊郊區的紅高棉第170師士兵們的私自泄憤行為。因為整編國防軍，這些士兵們被分派到農村去種田，讓他們覺得貶低了自己的“革命”身份。手榴彈爆炸事件並不含有進一步的陰謀，但“黨中央”卻看得非常嚴重。

170師的前身是東區的主力部隊，查克雷（Chan Chakrei，化名Mean）是師長，萊本（Ly Phen）是師政委。查克雷現年33歲，佛教和尚出身，為人能幹自信。但不知何故，波布不喜歡查克雷。1976年3月波布把查克雷調離170師，讓他到總參謀部擔任副總參謀長，把他置於宋成的監視之下。金邊手榴彈爆炸事件發生時，170師已被派駐金邊郊區。引爆手榴彈的士兵們在一個星期內紛紛被捕，他們在酷刑折磨下被逼牽涉到上級。然後抓捕一再逐級擴大，刑訊得到的招供與杜赫的報告，一起迅速送達“黨中央”。 結果是1976年5月19日查克雷被捕。在S-21里，查克雷遭受了酷刑，他被指控為一個“叛徒集團”的領導者，到了1976年底，那份“叛徒集團”名單已集有20個高級軍人和一大串同謀者。查克雷被捕後，謝杰頂替了查克雷的副總參謀長職位。謝杰春風得意，他開始出現在黨中央會議名單裡。

“S-21的使命是一個清洗黨內敵人的專門工具。它並不需要澄清真相。按照囚犯入獄人數和被處決的囚犯人數來看，S-21可說得上是這個國家最有效率的機構。” S-21的審案方式一成不變：預設假定罪名，靠反覆毒打來得到罪名的供認，再迫使囚犯牽連別人，編織出虛構的“內敵網絡”，取得“黨中央”的指示，然後處決囚犯。在拷問審訊期間，查克雷被逼承認自己和朗諾政體有聯繫，他甚至被迫編造曾謀劃逮捕黨中央的“高級兄弟”。 不久，170師的副師長萊維（Ly Vay）也被捕，他被迫模糊地招供“想擾亂金邊的防衛”。查克雷也被迫招供170師的政委萊本（Ly Phen）和副師長羅斯蒲宏（Ros Phuong）、東部24號分區（柴楨省）的柬共首領卓烏克，都與金邊手榴彈引爆事件有關。1976年6月萊本被捕，7月羅斯蒲宏被捕。

卓烏克是東部著名的革命者之一。他是索平的親密助手。索平，圓臉矮胖，膚色較暗，他長期以來是柬共中央的高級人士，也是紅高棉的軍委成員和“國家副主席”。 1976年5月至8月索平到中國療養。8月份卓烏克被捕。從現存的卓烏克的招供文里得知，由於卓烏克和索平之間的密切關係，“黨中央”對卓烏克的招供文特別感興趣。可憐的卓烏克寫道:“到了第2階段，當用酷刑拷問我時，我只好同意說出高米斯也牽涉其中。組織還是不相信我，因為我無法提供有關我們叛國活動的詳細資料，而我也不懂其他人誰是叛徒。我不知道（叛徒）他們有多少人，也不懂他們怎樣行事。然而組織有着先入為主的判定，不接受我的訴說，說這是黨的最後決定。”

索平從中國返回柬埔寨之後，1976年8月21日索平被召到金邊。根據“黨中央”傳達的信息，在查克雷和卓烏克的招供文的壓力下，儘管索平並不相信那些信息，但他還是表態譴責了卓烏克是“叛徒”。

一連串被迫編造的招供狀，深化了波布的懷疑和假設。1976年10月9日在中央會議上，波布指出：查克雷是越南人部署在我們內部的密探，“我們必須注意他說的東西，看他自己暴露是一個叛徒”，“我們必須完全沉默……我們必須監視他們的活動”。 宋成也指出:“查克雷是美國帝國主義和修正主義滲入我們內部的敵人。 蘇聯和越南都與查克雷有聯繫，以便在內部策動軍隊，使我們的革命者在地位和等級的不滿足上產生矛盾，來打敗我們的政權”。 宋成還要求各部隊立刻開展清洗運動，於是紅高棉的各師都開始了清洗，其中170師長科山、164師長密穆特（Meah Mut）、502師長蘇麥特（Sou Met）、290師長密塔爾（Meah Tal，又名Sam Huoy）、801師長羅恩（Roeun）、450師長蘇昂（Suong）、703師長薩姆平（Sam Pin），310師長歐恩（Oeun）都很積極，他們在軍隊中清洗和處決了數千人，其中大部分是普通士兵，少部分是軍官。可是到了1978年，除了塔莫的兩個女婿密穆特和蘇麥特，上述那些積極清洗自己部隊的各位師長也全部遭到清洗，被“黨中央”下令處死了。

1976年7月底，波布在波瑞高（Preah Keo）召開了“4年計劃”會議。計劃有兩個：加強對越南的武裝攻擊，以“大躍進”的速度開發國家。會後，大量的軍事力量被調動到柬埔寨東部的柬越邊界。

1976年8月21-23日，大批紅高棉幹部來到金邊，聽取波布的“建立全方位社會主義的四年計劃”。那是一份110頁的冗長文件。波布要求每公頃田地生產3噸大米，還要在15-20年內同時完成柬埔寨的工業現代化和農業現代化。但是，這個目標是不可能完成的任務，因為柬埔寨一直是每公頃出產1噸大米，柬埔寨從來沒有生產出那麼多的大米。而且，紅高棉正在把大米出口給中國以交換武器。波布似乎要建立一個以大米為全部基礎的自給自足的經濟，並且靠大米出口來支撐國家。他的“四年計劃”是一個不切實際的“大躍進”，沒有考慮到國際市場的變遷、柬埔寨地質與水源的限度，而且也沒有考慮到這個國家已經百孔千瘡，嚴重短缺工具、牲畜和健康的勞動力，更不用說農業機械了。最重要的是，經過了5年的內戰和1年多的統治折磨，所有還活着的柬埔寨人民都已極度衰竭了。

“黨中央”對西北大區寄予厚望，指望那裡每年生產出全國大米總產量的30％。這項生產很大程度上要由約100萬被驅趕到西北部的“新人”來承擔，而那些“新人”正在西北地區被殘忍地虐待着。據胡寧的引述說，西北大區領導人三巴特批評了“四年計劃”的政策:“1976年黨下達指示，要全國達到每公頃3噸大米的指標。而對於西北部，黨下達了每公頃4噸的指標，要我們去完成。如果不解決農業機械的問題，我們怎樣去完成指標？我們不能。這不是我的錯，這是黨中央的錯。” 胡寧還說索平也認同這個論點。

波布分派了不可能達到的產糧指標，他假設每個人民都有巨大的“革命熱情”而能夠種出大量的稻米，據說這些“熱情”來自1975年4月紅高棉奪取金邊的勝利及其後進行“社會革命”所產生的動力。波布宣布:“我們抓住和轉動了歷史的輪軸”， “我們和其他共產黨國家不同，我們比他們更快速。” 喬森潘跟風道:“當一個民族被政治覺悟喚醒時，就能做到一切。我們的工程師辦不到的，可是人民能辦到。” 但這些假設都是未經證實的空話。波布的“大躍進”不久就收穫了災難：又有幾萬柬埔寨人被餓死，十幾萬人因為過度勞累、病倒和缺乏醫藥而死亡，整個國家的經濟幾乎崩潰。波布拒絕為這些災難負責，相反他把“大躍進”的失敗歸結於“隱藏的敵人在內部破壞”。 於是“黨中央”命令各地清洗幹部，並大批處決被懷疑故意偷懶和搞破壞的民眾。同時“黨中央”把大米指標的完成與否當做向地方幹部問罪的根據，迫使各地紅高棉把衰竭的人民再逼迫驅使到極限。

1976年，柬埔寨“最有權勢的女人”英提麗特來到西北部視察，她說為她所看到的情景感到悲傷，後來她對美國記者伊麗莎白•貝克爾（Elizabeth Becker）表示:“那裡的狀況真的難以解釋，在馬德望省我看見幹部讓所有的人民都去種稻米。那裡的人民都沒有家，他們全都病得很重……許多人患有腹瀉（diarrhoea）和瘧疾病。” 她理應把這些慘況歸結於“黨中央”的政策，然而她卻斷言：這說明“敵人的代理人已來到我們中間。”

1976年9月20日東北大區領導人尼沙蘭突然被捕。尼沙蘭，溫和寡言，自有主見，他是1945年的反法老戰士和資深的柬共中央委員，1956年他曾幫助波布在他任教的中學裡安身。到了9月25日，高米斯也被逮捕。高米斯是以性格堅韌頑強而著稱的柬共中央重要人物，他是1946年的反法戰士，也是西哈努克時代的“人民黨”的創建者。尼沙蘭、高米斯在柬共中央委員會裡享有廣泛的人脈和尊敬，因此他們的被捕和波布的絕情，震驚了整個幹部層。10月15日，留在金邊的高莫尼也被捕了。高莫尼曾是柬埔寨東部最著名的共產黨人物，當時他的反法游擊隊在實力和聲望上超過了任何一支游擊隊。尼沙蘭、高米斯、高莫尼都與索平有着多年的工作關係和誠摯友情。在他們被捕之後，他們的家屬、朋友和有工作關係的幹部也紛紛被捕。

一位涉及柬埔寨事務的中共外交官員證實，1975年中國的康生死於癌症，波布親自到中國駐金邊的領事館哀悼。但是，1976年1月周恩來去世，波布沒有去中國領事館哀悼。1976年9月9日毛澤東去世，中國報刊都刊登了一條消息：柬埔寨舉行全國哀悼，波布斥責了“鄧小平的反革命司令部”並讚揚中國的“文化大革命”。 9月18日波布首次承認柬埔寨是由一個馬克思列寧主義的政黨所統治，該黨與中國共產黨有着“兄弟關係”。 毛澤東突如其來的死訊在紅高棉之中引發了某些迷茫。一位紅高棉幹部說:“毛澤東去世後，紅高棉陷入一片擔憂……我們擔心發生在中國的混亂和困惑，會影響我們和中國的團結。” 迄今沒有資料表明柬埔寨華人對毛澤東去世的反應，事實上他們對世界對生命對感情，全都失去了知覺和反應。