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苦难与荣耀的思想之旅  
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“新冠起源重大突破”新闻中的重大错误 2021-06-25 21:15:57

刚刚看到万维网首页置顶的一条新闻:“病毒起源研究重大突破 中共瞒不住了”。
(https://video.creaders.net/2021/06/25/2368852.html)

关注新闻中的如下两段:
另外,据路透社报道,美国西雅图的贺勤森癌症研究中心(Fred Hutchinson Cancer Research Center)的病毒学家布伦(Jesse Bloom),在本周发表的一篇论文中提到,中国大陆研究员要求删除部分早期病例中病毒的DNA定序数据。

恢复的数据显示,从华南海鲜市场采集的病毒样本不完全代表新型冠状病,是较早传播的亲本序列的变体,而且这一变体已扩散至中国其它地区。《华盛顿邮报》指出,布伦强调称,这是病毒可能早在2019年12月以前就已在武汉传播的证据。


我要指出以下六点:
第一、相关病毒基因序列数据删除、恢复的描述非常可疑;

第二、相关研究根本无法得出“华南海鲜市场采集的病毒样本,是较早传播的亲本序列的变体”这一结论;

第三、最早上传的6个序列是最早的新冠病毒全基因组序列,其中至少5个与华南海鲜市场有关。这6个序列来自疫情中最早采集的一批新冠病毒样本,没有比这些样本更早的,在疫情中采集的新冠病毒样本;

第四、华南海鲜市场采集的病毒样本,根本不是什么较早传播的亲本序列的变体,因为根本不存在所谓的更早的序列!

第五、华南海鲜市场采集的多个病毒样本,以及同期采集的其它新冠病毒样本,几乎完全相同,根本没有发生显著变异,它们全都直接来自同一病毒源头,指向同一病毒源头;

第六、华南海鲜市场采集的多个病毒样本,以及同期采集的其它新冠病毒样本,是最直接、最重要的新冠起源证据,不存在比它们更早、更直接、更重要的新冠病毒基因组证据。

先说数据删除、恢复问题。

新闻中“中国大陆研究员要求删除部分早期病例中病毒的DNA定序数据”这一描述是否真实无误,我不能确定(DNA是RNA的笔误吗?)。

我查阅了另一相关新闻“一个相关北京白忙活?部分遭删除病毒序列成功恢复”,
https://video.creaders.net/2021/06/24/2368560.html

这一新闻中有更具体的描述:

《华尔街日报》24日报道,中共研究人员曾要求美国国立卫生研究院(简称NIH)从一个关键科学数据库中删除早期新冠病例的病毒基因序列,此举这引发外界对病毒溯源调查或缺少关键数据的担忧。不过,美国西雅图的计算生物学家杰西·布鲁姆博士近日发布重磅消息指,他已经部分恢复了被删除的基因序列。

如果确有其事,为什么不公布最直接的证据?包括:中共研究人员要求删除基因序列的申请记录原文,提交申请者的ID、姓名、工作单位;同时,为什么不明确指出,数据删除到底发生在哪一个国际基因数据库(是NCBI GenBank吗?)?提供数据库的具体名称是举手之劳,没有任何不便,为什么要用泛泛不明的“一个关键科学数据库”代替具体数据库名称?这是要让他人无法核实、验证事件的真伪吗?

众所周知,事件完整性、真实性的四大要素是:时间、地点、人物、情节。在上述两个新闻的描述中,地点、人物二大要素全都含糊其辞,不清不楚,真实性非常可疑。

还有,作为影响如此巨大的新闻,理应附上相关论文的名称、发表地址,以便读者查阅原文;然而,相关新闻也未提供两项信息中的任何一项,读者根本无从知道新闻内容是忠实于某个实际来源的,还是另行编造,或改造处理过的。

关于销毁数据的成效。可以明确的是,中共如果要删除早期基因数据,必须全部删光才有效,只删除一部分数据,对中共没有任何用处、好处。只要有一条早期数据没有删除,那么删除其它数据就是白删,毫无意义,因为新冠病毒的早期序列几乎完全相同的(参见文末论文3),任何一条都可以用来研究、指示新冠病毒的起源。

此外,新冠病毒基因组的早期数据已被提交到多个国际病毒库,Virological、GISAID、NCBI-GenBank这些数据库上都有早期新冠数据,只从某一个数据库删除数据根本没有用,即使把某一数据中的数据全删光,也抹不掉其它数据库中的证据,而且,被删除的数据可以从其它数据库导入、恢复。如果传闻是真的,那么,中国科学家就是在做徒劳无益的无用功,就是在做费力不讨好,还惹一身骚的事,他们这么做,到底图什么?

相关新闻称,数据删除发生在在2020年6月。那么早期新冠基因组数据被删光了吗?当然没有,如果去年6月相关数据就被删光了,怎么可能一年后才有人发现、披露?全世界研究新冠病毒早期基因特征的科学家一直以来研究的是什么?诸多新冠起源的研究成果、论文又是基于什么做出来的?不谦虚地说,包括本人的成果。

去年和最近,我都在接触国际数据库中新冠病毒的早期基因组数据,如果它们被删光了,我查阅、使用的序列数据是从哪来的,我那些关于新冠实验室特征的文章是怎么写出来的?

数据删除、恢复问题就说到这里。后五个问题的展开要基于最早一批新冠病毒基因组序列的上传情况。作个简要回顾。

2020年1月5日至11日间,上海张永振团队上传了第一条新冠病毒全基因组序列。1月11日上午,复旦大学附属上海市公共卫生临床中心张永振团队成员,悉尼大学爱德华·霍姆斯(Edward Holmes)教授代表课题组在美国国家生物技术信息中心(NCBI)正式对外公布了该团队测得的新型冠状病毒全基因组序列。不晚于11日,张永振团队测得的新冠全基因组序列已至少上传至Virological、GISAID这两个国际基因库。

11日当晚,中国国家卫健委宣布,中国将与世界分享新冠病毒基因序列信息。受国家卫健委指派,中科院武汉病毒研究所、中国医学科学院病原所(广州微远基因合作方)、中国疾控中心(病毒病所)三家单位于当日和次日将各自已经测得(1月3日前测得)的新冠病毒全基因组序列上传至GISAID等国际基因库。两日内,这三个单位共上传了5条新冠全基因组序列,中国疾控中心上传了其中的3条。

加上张永振团队的序列,2020年1月12日前上传至国际基因库的6条全基因组序列是最早的新冠病毒基因序列。这6个序列中,至少5个序列的病毒样本与华南海鲜市场有关,它们要么采集自华南海鲜市场的从业者,要么采集自该市场的接触、暴露者。

美国西雅图贺勤森癌症研究中心恢复的基因组序列数据和上述6条序列可能是什么关系呢?

首先,他们恢复的数据肯定与上述6条数据不同,否则,他们怎么比对出“恢复的数据显示,从华南海鲜市场采集的病毒样本不完全代表新型冠状病,是较早传播的亲本序列的变体”这一结论?

其次,他们恢复的数据不应该比6条数据晚,用更晚的数据怎么知道“较早传播的亲本序列”是什么样子?用更晚的数据怎么可能得出“从华南海鲜市场采集的病毒样本,是较早传播的亲本序列的变体”这一结论?

那么,他们恢复的数据只能比6条数据更早了。问题是,国际基因库中有过这样的数据吗?谁提交过这样的数据?有人在张永振团队、中科院武汉病毒研究所、中国医学科学院病原所(广州微远基因合作方)、中国疾控中心(病毒病所)这四家单位之前提交过新冠基因组序列吗?有任何人提交过比上述6条数据病毒采集、测序更早的新冠病毒的基因组序列吗?

再次阅读第二条新闻,发现其中有如下信息:“这些数据包括2020年1月和2月在中国武汉市收集的病毒样本序列”。虽然不知道这些“恢复”的新冠病毒基因组序列的具体采集日期,但是可以确定,所“恢复”的基因序列都不早于前述提交的6条序列。

最早的新冠病毒样本采集发生在2019年12月22日~24日,采集单位是武汉市中心医院,患者是华南海鲜市场的一名张姓送货员;最早的基因测序时间是2019年12月24日~27日,测序单位是广州微远基因科技有限公司,所测序的病毒样本就是武汉市中心医院送交的,采集自张姓送货员的病毒样本;广州微远基因测得的新冠基因组序列就是2020年1月11日或12日由其合作单位中国医学科学院病原所上传至国际基因库的基因序列。

张永振团队的病毒样本也是武汉市中心医院提供的,采集自一名41岁的陈姓华南海鲜市场个体经营者,采集时间是2019年12月30日或26日。

张永振团队的序列是最早上传的,但广州微远基因和中国医学科学院病原所的病毒样本是最早采样,最早测序的。

疫情期间。没有任何一个新冠基因组序列的上传早于张永振团队;没有任何一个新冠病毒样本的采集早于武汉市中心医院;没有任何一个新冠病毒的测序早于广州微远基因和中国医学科学院病原所。

因此,即使美国西雅图贺勤森癌症研究中心确实恢复了某些基因序列,他们恢复的也绝不是最早采样或最早测序的新冠病毒基因组序列,他们所恢复序列的病毒样本一定比华南海鲜市场的病毒样本晚,用这样的新冠基因序列根本无法得出“从华南海鲜市场采集的病毒样本。。。是较早传播的亲本序列的变体”这一结论。

你根本就没有什么更早的亲本序列!

华南海鲜市场的新冠病毒样本是新冠疫情期间最早采集的新冠病毒样本,没有比它们更早的,在疫情期间采集的新冠病毒样本;华南海鲜市场新冠病毒样本的基因组序列,是疫情中最早的新冠基因组序列,基因数据库中根本不存在比它们更早的新冠组基因序列,说它们是“较早传播的亲本序列的变体”,这根本就是无稽之谈!

事实上,早期采集的多个新冠病毒样本,包括来自华南海鲜市场的多个病毒样本,它们的基因组几乎完全相同,它们几乎没有发生过任何变异,它们直接来自同一病毒源头,并指示着新冠病毒的来源。

这些病毒样本是人类(零代病人或零代感染者)被新冠病毒直接感染后产生的最早人体内复制病毒,也是最早造成人际传播的病毒。它们根本不是什么更早传播的新冠病毒的变体,根本就没有比它们更早的人际传播新冠病毒。

这些病毒样本的基因组是新冠病毒起源的关键证据,没有比它们更早、更直接、更重要的基因证据。

以上三段论述可以由以下三个论文来证明或推出。

论文一。2020年1月30日,中国疾控中心、山东第一医科大学的陆柔剑等研究人员在柳叶刀(The Lancet)上联合发表了一篇题为“Genomic characterization and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding”(2019年新型冠状病毒的基因组表征和流行病学:对病毒起源和受体结合的启示)的论文。
https://www.thelancet.com/article/S0140-6736(20)30251-8/fulltext

论文指出:
从9例新冠患者肺泡灌洗液中获得的2019-nCoV基因组序列极其相似,序列同源性达99.98%,表明2019-nCoV在很短的时间内起源于同一个来源,且最近才出现在人群中。

注:0.02%的同源性差异可能源自早期的测序错误,参见论文3。

论文二。2020年2月7日,来自中国医学科学院北京协和医学院、中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所、中南大学、苏州大学和湖南大学的研究人员在Cell Host & Microbe期刊上发表了一篇题为“Genome Composition and Divergence of the Novel Coronavirus (2019-nCoV) Originating in China”(源自中国的新型冠状病毒(2019-nCoV)的基因组组成和差异)的论文。
https://www.cell.com/cell-host-microbe/pdf/S1931-3128(20)30072-X.pdf

论文研究了1月12日前提交到国际共享基因数据库的三个新型冠状病毒样本基因组:Wuhan/IVDC-HB-01/2019(GISAID登录号:EPI_ISL_402119)(HB01),Wuhan/IVDC-HB-04/2019( EPI_ISL_402120)(HB04)和Wuhan/IVDC-HB-05/2019(EPI_ISL_402121)(HB05),在对这三个基因组进行了深入的分析、注释、比较之后,他们指出:
这三种2019-nCoV毒株的基因组序列几乎是一样的,在大约29.8 kb的基因组中仅有5个核苷酸不同。

注:近3万个核苷酸中的5个不同有可能来自IVDC-HB-04(HB04)的测序错误,参见论文3。

论文三。2020年2月14日,山东大学齐鲁儿童医院的张乐海等三位学者在国际流行病学传染病学杂志(中华医学会创办)上发表了一篇题为“ 2019新型冠状病毒的基因组学初探”的论文。
http://rs.yiigle.com/yufabiao/1181141.htm

三位学者用相关工具分析了2020年1月22日前提交到两个国际基因数据库GISAID和NCBI-GenBank上的23个2019-nCoV全基因组序列,发现:
除Wuhan/IVDC-HB-04(HB04)这一个基因组序列外,其它22个基因组序列相似度为100%!

也就是说,22个采集自不同早期患者的新冠病毒是一样的,他们有可能直接来自同一个病毒来源。

23个早期新冠病毒基因组核苷酸序列同源性(一致性)比对结果



声誉是媒体的第一生命。我个人认为,万维网在转载新闻时应倍加慎重。


浏览(2469) (4) 评论(2)
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文章评论
作者:gmuoruo 留言时间:2021-06-26 11:11:59

博主不仅有思维严重缺陷的问题,更有学术道德不诚实的问题了。

自然被土共白草视为同志。

回复 | 0
作者:白草 留言时间:2021-06-26 00:05:30

把所谓要求删除的基因换个角度说是要求撤回有缺陷的论文,就明白了。已经发表的怎么可能删除?无非就是补漏而已。一直骂中国撒谎,删除旧的基因序列是撒谎企图掩盖真相,何以见得旧的基因序列本身不是旧的撒谎呢?还是认定最早发布的是真相帮助了世界开发疫苗?

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