1918年，晋北爆发严重肺鼠疫。此次疫情源自内蒙古，后波及山西北、中部二十多县。1月1日，北京通告山西省府，内蒙绥远、五原、萨拉齐及包头镇等地发生肺疫。1月5号，山西督军兼省长阎锡山接到山西省内疫情报告。1月7日，时任总统段祺瑞作出批复，任命伍连德、陈祀邦、何守仁三人为检疫委员，负责防疫事务，调查处理山西大同一带疫情。

　　1月5号，阎锡山接获疫情报告后，遂即公开讯息，着令山西各县迅速阻断交通，设立检疫站，严格检查疫症，要求各地官民加强消毒与隔离，掩埋疫毙者尸体。他借鉴1910年东北鼠疫经验，当机立断做出主要防治决定。阎锡山调用手下官员、军警，联合绅商协助警队消毒等事宜。同时授予医官权力，聘请数十位中外医师协助治疗和防疫。

　　由北京派来的三位专业防疫委员商议后，设置了三道防御线：绥远为第一区，由伍连德负责;丰镇为第二区，由何守仁处理;大同为第三区，由陈祀邦担任。交通部命令京绥铁路管理局全力配合防疫，暂停相关铁路交通。

　　阎锡山坐镇山西，治理晋地，其政经政策自成一体。他致力于经济建设，对外保境安民，对内自存自固。因瘟疫人命关天，他全力运作防疫系统，力主保全更多百姓的命。由中央分发文告，普及疫病流行及预防之知识。阎锡山以电报要求防疫最前线的县知事、县佐和警佐将疫病资讯各印二十多万张，务使传单送达每个村庄，并责成省、县、村级行政官员切实将疫情对各村落民众宣讲明白，让人民知道如何自我防范，避免染疫。这些政策，用今天的话讲，是由专业公共卫生官员负责区域防疫统筹，中央和地方配合，对民众完全公开疫情事实，尽量做到资讯透明。

　　中央政府内务部派了一位美国医学博士杨怀德(Dr. W.Yeung)赶赴山西。阎锡山在这非常时刻，授以杨博士医务全权，并动员一切社会力量，一切人力资源，请在山西的各国医生和宗教界人士参与防疫和救治。他做出了许多决策，调动人力物资，施行有效的政令，迅速控制了疫情的蔓延。

　　据《山西省疫事报告书》记载，阎锡山下令遮断疫区内外交通，展开整段铁、公路线的检疫工作，不仅停开前往疫区的火车，而且乘车前往非疫区的乘客也都要接受检查，认真防检客流与物流。对来自疫区的百姓，必须截留七日察看，先以石炭酸水对其消毒，为其更换新衣后，送入隔离所，每天由医士进行诊视。若无疫症则给证明放行，若出现疫症，则立即送入医院，并将病患所住的房屋重新消毒。

　　当时阻断交通后，官方也同时施展救济。因山西疫情发生在寒冬，一旦阻断交通，官兵、商贾与百姓的生活供给就成了巨大难题，但不能因此导致无数工商百姓冻死和饿死，所以虽阻断交通，但仍行变通，“日常需求当然由公家接济”，并对外来商旅和工人提供食物(分付费和免费二种)。

　　凡是流徙的贫民、老弱及乞丐，被检疫员截停后，暂居官府指定的收容所，免费由官方给付棉衣裤，以及早晚二餐饮食。如果一家连毙数口人，余者不能自谋生活，必须由地方官实施救济，则拨付公款作为补助，或发放粮米救济。负责运粮的马车和车夫都需要经过消毒，到指定地点发放粮米。

　　对防疫人员、官员、各国派驻的医师、输送医疗物资的官兵、邮政信差等人，由总局发给通行证或临时放行证。即便持有通行证的人，也必须在消毒后进入防疫区。

　　阎锡山作为山西督军兼省长，所率领的地方政府工作得力有效，措施采取得当。疫情从1月5日开始，蔓延70多天后，至3月19日全部肃清。

　　此前，阎锡山曾于3月3日电呈内务部，请求北京政府抚恤因公病故的山西官立医院院长石亮熙。由于“防疫人员奖惩及恤金条例”尚未出台，暂时参照《警察和官吏恤金给与条例》，“给予一次恤金二百元，遗族恤金四年，年给一百元以资抚恤”。几天之后，内务部于3月8日颁布《防疫人员奖惩及恤金条例》，对防疫有功的相关人员颁发勋章、奖章，或特保实职、升阶。对现任职防疫人员和非现任职防疫人员，发放不同等额的抚恤金。

　　肺疫平息后，阎锡山派人总结防疫工作，纂修了《山西省疫事报告书》，对消毒法、防疫措施、诊断标准、死亡情况、市场递接规则、防疫期间的电文法令等等都作了详细记载，甚至还制作尸检表统计疫毙者情况，也对各地人事安排绘制了详细的图表。报告书体例完备，内容详实，书中使用了大量真实照片、专业的疫情图片以及统计表，为后世防疫提供了极高的学术研究价值和防疫经验。

　　在一百多年前的中国，尽管还没有现代化的通讯工具、检疫、医疗设备，但阎锡山率领的山西地方政府对防堵大规模疫情、解决疫灾的种种举措，均能有条不紊地进行。表现出的行政效率，堪为典范。