上文略略谈到了宗教对科学发展的促进作用。我们可以看到，如果没有人们的宗教热情，科学的产生近乎不可能。即使是现代科学的产生也是如此。可以说，宗教实际上是孕育科学的“母体”，也是现代科学的助产士。

科学和宗教的作用不同，分工有别，科学关心的是对自然界的理解，而宗教关心的是人性道德、伦理和精神需要。因此，二者不是对立的，而是互补的。它们之间的对立是人为造成的，或者说，是由于人的无知和有限而造成的。

科学晚于宗教，这是不争的事实。在古代，人们对自然的认识能力低下，独立的科学不可能产生。那时的科学胚胎实际上还孕育在宗教和哲学体系之内。比如，炼丹术就是化学的原始形态，占星术则是原始天文学的一种形式，养生修炼之法是医学的萌芽。这个事实起码说明了一点，宗教热情和冲动曾经是人类探索自然奥秘的动力。埃及–巴比伦的神庙，具有神秘宗教性质的毕达哥拉斯学派，伊斯兰教宗在巴格达所建立名为“ 智慧之家”的科学研究所，以及中古时期从教会学校演变而来的大学，等等，无一不和宗教有关。

宗教对现代科学的产生也起到了很重要的促进作用。至少在16世纪之前，有系统的科学还没有产生，而宗教则一直在人们的生活中占据着重要地位。到了17世纪，出现了真正的具有现代意义上的科学。

现代科学的产生也得益于宗教改革浪潮，它产生于16和17世纪文艺复兴和宗教改革后的欧洲。正是文艺复兴和宗教改革解放了人们的思想，使得科学研究可以放开手脚。宗教为科学研究确立了价值和目标，而宗教热情促使一大批著名科学家从事自己的科学研究。 近现代许多著名科学家，如科卜勒、牛顿、莱布尼茨、普朗克、海森堡、爱因斯坦等都是怀着巨大的宗教热情从事科学研究的。德国著名科学家、量子力学的奠基人普朗克在谈到宗教对科学的作用时这样说，“宗教和自然科学是珠联璧合、相得益彰的。”“宗教给生气勃勃的信徒灌输一种纯真朴实、专一坚毅的信仰，从中迸发出一种无比强大的力量，冲击他们去取得辉煌的创造性成就。”爱因斯坦则认为，“宇宙宗教情感是科学研究最强有力、最高尚的动机。”“很难在造诣较深的科学家中间找到一个没有自己宗教情感的人。”

人们常常提到的科学与宗教冲突的两大典型案例，一是伽利略受审案，另一个是上帝创造说与达尔文进化论的论战。

罗马教廷对伽利略的审讯，目的是为了维护传统的托勒密宇宙模型。这种宇宙模型认为，地球是宇宙的中心，所有的天体都围绕着宇宙旋转；而伽利略公然支持哥白尼学说，因而受到了罗马教廷审判。哥白尼学说认为，太阳才是宇宙的中心，所有天体都在围绕太阳旋转。 达尔文进化论则认为，所有物种，包括人类在内，都是原始生物经过漫长而复杂的进化过程达到的。达尔文进化论强调物种的“自然选择”，与基督教思想中的神创论相矛盾 。

曾任美国卡尔顿大学教授和宗教学教授的伊安-巴伯在其《当科学遇到宗教》中认为，上述两个案例反映的并不是科学与宗教的冲突，而是科学唯物主义与圣经直解论的冲突。科学唯物主义认为，组成世界的只有物质实在，不存在心灵实在和精神实在，科学方法是探究物质实在的唯一方法。圣经直解论者则坚持按照字面意义理解《圣经》，往往把科学的新发现、新理论，尤其与《圣经》不符合的科学发现、科学理论视为对上帝信仰的挑战。巴伯认为，只要把圣经直解论排除在基督教之外，许多原本所谓的科学与宗教的冲突就不再是真正意义上的科学与宗教的冲突了。

《圣经》是关于神的启示和人类对上帝信仰的一部书。但是《圣经》只是对“启示”的见证，而神在《圣经》中的启示是渐进的，一步一步的启示。约翰-加尔文就认为，《圣经》的语言“迁就”读者的有限知识，以确保读者能够正确理解其道德要求。耶稣就曾多次说：“有耳可听的，就应当听！”他所讲的，除了比喻以外，都是浅显易懂的道理。需要指出的是，圣经不是一部科学著作，但是却隐含了许多科学的启示。

单单就罗马教廷对伽利略的审讯这件事来说，也不能完全理解为科学和宗教冲突的结果，或者宗教迫害科学的例证。事情其实并不那么简单。事实上，伽利略自己就是一个虔诚的天主教徒，他一直和教宗乌尔班八世（Pope Urban VIII）保持着相当密切的关系，而这位教宗也一向以支持艺术和科学为荣。他们之间的友好关系一直持续到17世纪30年代初期。一开始，伽利略的研究获得了教宗的默许，只要他不偏不倚地对待哥白尼的宇宙体系并将之视为假设，他就可以继续从事他的研究、探索和著述。但是，伽利略1632年出版了《两大宇宙体系的对话》（Dialogo sopra i due massimi sistemi del mondo），违反了这一限制。教宗因此怀疑伽利略悖逆，并出卖了他们之间的友谊。乌尔班受到了来自西班牙的压力，要求他对持有异端邪说嫌疑的人不要宽容，因此，同年10月，伽利略接到命令，到罗马接受教皇审讯。伽利略的学说被定为异端，他本人遭到软禁。但是这种软禁有限度的，伽利略仍然享有一定的人身自由，可以出外旅行，并接见来访者，直到1642年因病去世。

至于达尔文的进化论，直到现在还只能算是一种假说。进化论认为，一切生命都是由单细胞生物演变成为多细胞生物，并经过进化而来的。但是目前比较解剖学、胚胎学以及生物地理学都发现了很多反证，证明进化论难以成立。

进化论认为，地球上的所有生物都是受基因的突变影响而不断演变的，并在自然环境的选择下经过自然淘汰，使适合生存的生物存活下来，劣质的被淘汰。研究证明，这些理论是错误的，因为百分之九十以上的基因突变都是有害或致死的，不可能造成生命的演变与存在。同时，根据热力学第二定律，一种物种可能横向发展，例如鸡种可以分为各种品种的鸡，毛色各有不同，但它们基本上都是鸡，不可能由鸡转向另一种生物。更不可能出现纵向转变，比如由低等动物变成高等动物。此外，达尔文自己也承认，有些器官，比如眼睛，其结构如此精密，是无法由进化产生的。还有，直到目前为止，还没有发现任何化石可以解释达尔文进化序列的中间环节。比如，迄今为止，还没有发现一具完整的人猿化石，而围绕这种中间环节却出现象“皮尔当人”这样的臭名昭著的骗局。

1912年，一位名叫查尔斯-道森的职业律师宣布了一项惊人的“发现”，他“发现”了一种皮尔当人的头骨化石――头盖骨像人，下颌骨像猿，由此填补由猿到人进化的中间环节。他也因此一度成了英国人心目中的民族英雄。达尔文进化论风靡全球以后，一些科学家们急于发现从猿到人进化的过渡形态，但却迟迟未能如愿。而道森的“发现”正好填补了这“缺失的一环”。不过，在它被“发现”45年之后，皮尔当人化石被宣布为人工伪造的化石，成了当年最轰动的“英国丑闻 ”。

从科学的发展史来看，一种崭新理论提出以后，往往要经过很长一段时间，才能令人信服，被人接受。 用事后诸葛亮的方式谴责宗教学家的抗拒当然很容易，但是人们应该认识到，宗教学家是人，而不是神。他们在接受一种新学说时表现出小心翼翼的谨慎态度是可以理解的。因此，如果说二者存在对立，这种对立也只能说是由于人的无知和有限而造成的。科学家从事科学研究需要信仰的引导和支持，否则就可能出现“皮尔当人 ”一类的学术造假。或者为了某种利益就任意夸大某些发现的科学价值，或者缩小甚至隐瞒某些发明的副作用。最近刚刚看到一则报道，美国制药巨头辉瑞公司因为故意夸大药品作用、邀请医生打高尔夫、按摩、度假等不当手段推销了13种药物，因此被罚款23亿美元巨款，以换取司法部撤销对它的指控，就很能说明一些问题。