谁也说不清普罗科匹厄斯的记录到底有多少可信的成分，但是再征服失利的真正解释似乎在于：在六世纪，尽管东西方核心拥有许多共同点，但是两者之间的区别更为重要。就战略上讲，查士丁尼的形势与隋文帝统一中国时是完全相反的。在中国，所有的北方“野蛮”国家在577年形成了一个单一的国家，隋文帝利用它征服了富裕但薄弱的南方。与此相反，查士丁尼试图从富有的拜占庭帝国征服众多通常贫困却强大的“野蛮”国家。像589年隋文帝那样通过一场战役就一举统一核心地区是不可能的。
查士丁尼还要应付波斯人。一个世纪以来，波斯帝国与匈奴进行的一系列战争、税收的争端以及宗教动乱使得该帝国在军事方面很温和，但是罗马帝国起死回生的前景迫使波斯人采取行动。540年，一支波斯军队突破了拜占庭帝国薄弱的防御，劫掠了叙利亚，迫使查士丁尼两线同时作战（这也许是贝利萨留被从意大利召回的真正原因，而非安东尼娜的奸情）。
雪上加霜的是，541年在埃及记录了一种可怕的新型疾病。病人有发烧症状，其腹股沟和腋窝部位肿胀。大约一天之内，这些肿胀部位会发黑，病人昏迷或者精神错乱。在之后的一两天，大多数患者会在痛苦中精神错乱地死去。
这就是腺鼠疫(bubonic plague)。一年之后该病传播到了君士坦丁堡，很可能大约一百万人致死。由于腺鼠疫的死亡率很高，因此（以弗所的）主教约翰（Bishop John of Ephesus）宣布：所有人在出门时都必须在脖子上挂一个标了姓名的标牌。
君士坦丁堡人认定鼠疫来自埃塞俄比亚，大多数史学家也同意此说。腺鼠疫的病菌可能远在541年很久之前就在非洲的大湖地区演化，并在埃塞俄比亚高原上黑鼠身上的跳蚤里成了地方流行病。多年以来，红海的商人们一定将许多埃塞俄比亚老鼠带到了埃及，但是由于携带鼠疫病菌的跳蚤只有在59到68℉（15到20℃）之间才会变得活跃，埃及的炎热为这种传染病的传播制造了流行病学障碍——显然，直到630年代末期都是如此。
之后发生的事情则存在争议。树木年轮显示出现了好几年不同寻常的严寒天气，拜占庭帝国和盎格鲁－撒克逊的天象观测者记录了一颗巨大彗星。有些史学家认为彗星的尾巴制造出了一个尘幔，从而降低了气温，使得鼠疫爆发。其他一些史学家认为火山灰是造成气温降低的原因，而另一些人则认为鼠疫爆发与尘幔和火山都无关。
然而，说到底，导致六世纪西方社会发展下滑的原因既不是彗星，也不是战略，甚至不是放荡的道德规范自身。东西方之间的根本差别在于地理因素，而非人为因素，而这种差别决定了战争和疾病的冲击如何影响了社会发展。查士丁尼统治下的帝国经济状况良好——埃及和叙利亚的农民比之前任何时候都要高产，商人们仍然将谷物和橄榄油运送到君士坦丁堡——但是西方绝无东方急速发展的稻田新边疆。当隋文帝征服中国南方地区时，他派遣了至少二十万军队；而即使在551年意大利战争的鼎盛时期，查士丁尼也只招募到两万军队。隋文帝的胜利夺得了中国南方巨大的财富，而查士丁尼仅仅赢得了更贫穷、饱受战争摧残的土地。如果再过几代时间，一个重新一统的罗马帝国有可能令人信服地再次把地中海打造成贸易的大通道，开拓一个新的经济边疆，并且扭转社会发展，然而查士丁尼享受不到这种奢侈。
甚至在再征服开始之前，地理即已注定查士丁尼英勇而又过于自负的再征服会以失败告终，而他的努力很可能只是让注定的失败更加糟糕。查士丁尼的军队将意大利变成一片废墟，而供养这些军队的商人又将老鼠、跳蚤和死亡传遍了地中海。这场鼠疫在546年之后逐渐减弱，但是病菌已经扎下了根，因此直到750年，鼠疫每年都会在某个地方爆发。人口下降，可能降低了三分之一。就象四百年前旧世界交换释放的传染病一样，大规模的死亡最初使得一些人受益；劳动力减少了，因此幸存者的工资得以增长。当然，这却使得富人们的日子更难过（在不合基督教教义的题外话里，（以弗所的）主教约翰在544年抱怨说，这些死亡把洗衣服务的成本抬高到了离谱的地步），而查士丁尼的应对方式是将工资固定在鼠疫爆发之前的水平。很明显这一做法无济于事。土地荒芜，城市缩小，税收减少，机构失败。很快，每个人都陷入了困境。
在之后的两代，拜占庭帝国瓦解了。五世纪时，英国和高卢的大部分地区已经退出了西方核心地区；六世纪时，受到战争破坏的意大利和西班牙部分地区亦步其后尘；随后从西北到东南，分崩离析的浪潮最终同样吞噬了拜占庭帝国的腹地。君士坦丁堡的人口下降了四分之三，农业、贸易和国家收入衰落，帝国的末日近在咫尺。到了公元600年，只有一个人仍然幻想着重建西方核心：波斯国王库斯鲁二世（Khusrau）。
毕竟，罗马不是唯一可以被重建的西方帝国。早在公元前500年，当罗马仍闭塞落后时，波斯已经统一了西方核心的大部分地区。现在，拜占庭帝国遭到严重打击，似乎波斯帝国的时机再次来临。609年，库斯鲁二世突破了拜占庭帝国衰败的边境防御工事，拜占庭的军队瓦解。614年，库斯鲁占领了耶路撒冷，并夺取了基督教最为神圣的遗迹：耶稣死于其上的真十字架碎片、戳穿耶稣侧身的圣矛以及使耶稣苏醒的圣海绵。五年之后，库斯鲁夺取了埃及。626年，也就是查士丁尼开始掌权九十九年之后，库斯鲁的军队隔着博斯普鲁斯海峡眺望着君士坦丁堡。而他招募的来自西部草原的游牧民同盟——阿瓦尔人（Avar）横扫巴尔干半岛，且蓄势待发，摆出了从海岸另一边发动攻击的势态。
但是库斯鲁梦想的破灭甚至比查士丁尼还要快。库斯鲁在628年去世之后，他的帝国也随之四分五裂。拜占庭帝国的国王赫拉克利乌斯对驻扎在君士坦丁堡城墙外的（波斯）军队不予理会，而是从教会那里“借”来了金银财宝，航行到了高加索地区。在那里，他用那些掠夺物从突厥部落中雇佣了游牧骑兵。他推断，骑兵是关键；既然拜占庭帝国的骑兵所剩无几，他就租借一些。他雇佣的这些突厥骑兵将阻击他们的波斯人打得溃不成军，并且彻底破坏了美索不达米亚。
就这样，分崩离析的浪潮也吞噬了波斯帝国。统治阶级崩溃了。库斯鲁的亲生儿子将库斯鲁锁起来并且饿死了他，之后放弃了库斯鲁征服的土地，送还了他夺取的遗物，甚至接受了基督教信仰。波斯帝国陷入了内战的泥淖，五年之内更换了八个君主，而赫拉克利乌斯则被称为至伟之人。当时有人赞叹说：“浩瀚的欢乐及难以形容的幸福感充斥于整个宇宙。”另一个人写道：“让我们齐声高唱天使的赞歌吧，无上的荣耀归于神，让和平降至人间，爱心赐予人类。”
公元533年之后的一个世纪里，命运的巨变是西方各古帝国的垂死挣扎。由于缺少像中国那样的新经济边疆，库斯鲁在扭转西方社会发展方面和查士丁尼一样无能为力。他们越是努力尝试，就把事情搞得越发糟糕。随着长达一个世纪的暴力、鼠疫和经济衰退，最后的罗马人和最后的波斯人掏空了西方核心。赫拉克利乌斯于630年骑马进入耶路撒冷并在恰当的地点修复真十字架的十年之后，他们所有的荣耀与悲剧都变得无关紧要了。
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