中山舰事件之后，苏俄与中共的退让，一是出于不得已 —— 因为蒋有军权和实力；二是准备伺机反击 —— 为了牵制和阻止蒋北伐。蒋介石因既知分裂国民党、篡夺国民党党权和诱变中国国民革命，乃是苏俄与中共的一心所想，所以，为了保护中国国民党和中国国民革命，并为了顾全国民革命的大局，乃提议召开国民党二届二中全会，从“改善中国国民党和共产党间关系，纠正两党党员妨碍两党合作之行动及言论，保障中国国民党党纲党章的统一权威，确立共产党员加入国民党的地位及其意义出发”，提出了“整理党务案”：³⁶
　　一、凡他党党员加入本党者，各该党应训令其党员，明了国民党之基础为总理之三民主义。对于总理及三民主义，不得加以批评和怀疑。二、凡他党党员加入本党者，各该党应将其加入本党党员之名单，交本党中央执行委员会主席保存。三、凡他党党员加入本党者，在高级党部（中央党部、省党部、特别市党部）任执行委员时，其数额不得超过各该党部执行委员总额之三分之一。四、凡他党党员之加入本党者，不得充任本党中央机关之部长。五、凡属于国民党党籍者，不得在党部许可以外，有任何以国民党名义召集之会议。六、凡属于国民党党籍者，非得有最高党部之许可，不得另有政治关系之组织及行动。七、对于加入本党之他党党员，各该党所发之一切训令，应该先交联席会议通过，如有特别紧急事故，不及提交通过时，应该将此项训令，请求联席会议通过。八、本党党员未受准予脱离党籍以前不得加入其他党籍。如既脱离本党党籍而加入他党者，不得再加入本党。九、党员违反以上各项时，应即取消其党籍，或以所犯之程度，加以惩处。³⁷
　　同时，为解决两党与两党党员纠纷，国民党又于五月十七日提出并通过了“联席会议组织大纲案”八条。³⁸
　　苏俄顾问鲍罗廷鉴于中山舰事件之后的国共两党态势，对国民党二中全会通过的“整理党务案”，事前事后均未表示反对态度。陈独秀则以中共中央名义写信给国民党中央，表示“整理党务案是贵党内部问题，无论如何决定，他党都无权赞否”。³⁹ 并于“告全党（共产党）同志书”中，称“国民党中央决议共产党分子退出国民党最高党部，禁止共产党员（指加入了国民党的共产党员）批评孙中山的三民主义，共产党及青年团须将参加国民党的党员、团员名单缴存国民党，我们都接受了”。实际上“加入国民党之共产党员和青年团员的名单，中共始终拒绝交出”。⁴⁰
　　中共党员毛泽东、林祖涵、谭平山，根据国民党“整理党务案”，被迫于一九二六年五月二十五日辞去所任各部部长职务。
　　国民党于会后新设立了中央执行委员会和军人部。蒋介石推荐张人杰（静江）代自己为中执委主席，推荐陈果夫代他任组织部长，改邵元冲为青年部长，蒋自任军人部长。中执委下设党务会议和政治会议，由张人杰和谭延闿分任主席。国民政府主席一职由谭代理（原由汪精卫担任）。七月六日，蒋被推选为国民党中常委主席。
　　“整理党务案”提出后，据一九八九年前中国大陆史家称：“原来，在国民党中央党部和各级地方党部之中，共产党员占很大比重，如中央组织部，最多时，在二十九名部员中，就有二十六名共产党员。在二届二中全会以后，对各级党部进行了新的整理与改组，到一九二七年一月，共产党员在各级党部中，最多不过占三分之一。”⁴¹
　　蒋介石提出并获通过的“整理党务案”，其巨大意义在于：首先是夺回了国民党自身的最高权力，和“一大 ”以来为共产党所迅速窃夺的组织部权力，以及部分地方党部的权力，使国民党重新获得了自己的大部分党权，从而保证了领导国民革命的决策权，特别是决定北伐的权力。虽然苏俄与中共为逞其私欲，仍然坚持反对北伐，却已不再能改变国民党志在领导与推进中国国民革命、特别是发动和领导北伐的决心。
　　六月四日，中国国民党在苏俄与中共的一片反对声中，召开中央临时全体会议，通过了“刻期北伐案”。七月一日，蒋以国民政府军事委员会主席名义，颁发“北伐部队动员令”，宣布战斗序列和集中湖南计划。七月四日，国民党中央执行委员会通过“中国国民党为国民革命军出师北伐宣言”，庄严宣告：“中国人民一切困苦之总根源，在帝国主义之侵略，及其工具军阀之暴虐……本党为实现中国人民之唯一需要，统一政府之建设，为巩固国民革命之根据地，不能不出师以剿除卖国军阀之势力……”
　　七月九日，北伐军正式出师。
　　应该说，自一九一三年二次革命以来，孙中山先生志在北伐的历史愿望，终于在蒋介石和中国国民党人的推动和决策下，以自己训练出来的革命军队作主干，开始付诸实行了。历史的事实是，自中山舰事件至七·九北伐出师，短短的三个余月间，如果没有蒋介石和一批真正的国民党人，为保护国民党的党权，为坚持国民革命方向，为决心发动北伐，而反击了苏俄和中共的僭权和篡权，则孙中山先生的历史遗愿和全国民众所一心向往的北伐，非但不可能于短短的十个月之间，就能够解放南半个中国，而且不知要拖到何年何月，更不知会改变成什么样的性质。这无疑是蒋介石保卫、领导和推进中国国民革命的又一巨大历史功绩。