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基因、語法、和思維 2015-02-23 10:22:08

[按]這是我以前寫的一篇文章,其中有一點關於思維本質的思考,今天貼到萬維。請不必介意文中的生物學詞彙,其中的道理其實非常簡單,那就是生物分子實質上是和語言一樣的,從而思維則有可能和生物分子的處理一樣,具有固有的生物學法則。二十世紀的後半頁直到現在,發展最快的兩門學科是分子生物學和計算機,這兩門學科實質上是相通的,都是關於信息處理的。而自然界長期進化而成的基因庫,為我們研究信息處理提供了一個豐富且易讀的範本。

基因是大家都知道,但未必都完全知道的一個詞。首先,基因是指控制一個生物性狀的遺傳單位,這個性狀是由蛋白質或功能RNA來體現的,所以早期有“一個基因一個蛋白質”的說法,儘管現在對這個說法有些修正,但對非專業人士來說它就足夠了,我們仍然可以說,一個基因是控制一個蛋白質(或功能RNA)的遺傳(DNA)單位。通過對基因組的序列測定,我們甚至準確地知道最簡單的自主生活的生物(一種細菌)只有482個基因,等等。

但當我們問一個人到底有多少基因的時候,科學家只能給一個估計值(大約三四萬),儘管人的基因組測序工作早就完成了。造成基因數不確定的一個原因是人的基因組結構比細菌的複雜得多,另一個原因是一個真核生物基因的DNA單元並不簡單地對應一個蛋白質(或功能RNA)。三十年前科學家在包括人在內的真核生物中發現了內含子,一個內含子是指在基因DNA單元中一段無意義的DNA片段,也就是說一個基因被內含子分割成了幾個片段,一個基因需要剪切掉其中的內含子才能成為一個成熟的基因。這是非常有意義的發現,當時我讀到這個發現時興奮得無法入睡,因為我立即意識到內含子意味着基因有語法(Syntax)。

從信息的角度講,一個蛋白質就象是一個句子,它表達了一個完整的意思(一個功能)。內含子的存在說明遺傳基因這個句子是由更基本的單元(詞)所組成的,生物學上把這個更小的單元叫外顯子,一個外顯子對應一個詞或詞組,一個成熟的基因句子就是有若幹個外顯子這樣的詞組成的,把這些外顯子拼接成一個基因的過程(也就是剪切掉內含子的過程)就是造句的過程,它所遵從的法則就是語法。

先按下基因的語法不表,一個基因由數個外顯子拼接而成意味着一段DNA可以編碼多個不同的蛋白質,就像一組詞可以生成不同的句子一樣。這就極大地豐富了一個生物體內的蛋白質(功能)數量,這也就是為什麼真核生物能比細菌複雜豐富得多的根本原因。

由基因拼接而形成的蛋白質多樣性在人的免疫系統中得到了完美的體現。人的免疫球蛋白的功能是識別入侵的病菌,一個免疫球蛋白鏈包括恆定區(C),變化區(V),多樣區(D),和連接區(J),每一個區域由一個外顯子編碼,其中每一種外顯子的數量從從一個(恆定區C)到上千個(變化區V)不等。這些外顯子就象語言中的詞一樣,同一類型的外顯子相當於同類的詞,如名詞,動詞,形容詞等。這些詞連在一起就生成了一個句子(免疫球蛋白鏈)。同類詞的替換,即不同V(D)J(C)的組合可產生了高達3 x 1011種不同的免疫球蛋白質,這為人體抵抗各種不同的病菌侵擾提供了基礎。

在這3 x 1011種組合中,同一類詞,如V,D, 或J,可以替換,但V,D,J之間不能互換,並且,V(D)J(C)的次序也不能調換。 顯然在這個免疫球蛋白的句子裡,詞序是嚴格的。但這裡有些詞有時可以被略,如多樣區D和衡定區C可以在輕鏈中被省略,只留VJ兩個區域,象是一個詞組或短語。

面對這樣精美的語法結構只能感嘆造物主的神奇,對於人類的自然語言,現在基本上一致認為其語法是人腦思維的產物和功能,那麼基因的語法又是誰的產物和功能?哪個產生基因語法的“誰”是否也具有思維?

現在知道,在生物體內形成和維持基因語法的是一類RNA剪切酶(酶是生物催化劑),這種酶的核心是小段RNA(snRNA),用於識別剪切的準確位點。在簡單的生物體中,RNA剪切酶就是一個RNA分子,比如前文中提到內含子自我剪切時,內含子本身就是一個RNA 剪切酶,由此,我們可以說基因語法是RNA的產物和功能。

那麼接下來的問題是:RNA有思維嗎?

讓我們再回到免疫系統,如果我們把這3 x 1011種免疫球蛋白質看作一個整體,就會發現它們構成了一副外面世界的“底片”或“像“, 外界的一種病菌能夠被某一種或幾種免疫球蛋白質所識別,從而在免疫系統生成一個“像點”,免疫系統通過這種方法“認識“外部世界。實際上免疫系統也能“認識”自己,通過發育過程中的滅活機制,這個系統不對自身發生反應,這就使得免疫系統能區別內外。所以,免疫系統不僅對能“認識”外部世界,也能“認識”內部世界。

免疫系統的這個性質和人對世界的認知過程何其類似,在這裡先驗論和實踐論哲學流派都可以找到各自的影子。當人類思想的大哲們知道了這些哲學思想的背後其實是簡單的基因語法,是不是應該把產生基因語法的RNA當神一樣膜拜?如果RNA至少在功能上是最早的生物分子,那它有這樣的“神“性就是理所應當的,也是必須的,因為沒有這樣的”神“性就不能算是真正的生命。從這個意義上說,生命從誕生的那一天起就會”思維“了。

思維的本質是信息處理,人會,RNA也會,沒啥神的。


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文章評論
作者:安博 留言時間:2015-02-27 03:58:12
哈哈,冬兒好,很高興你來。這是一篇舊文了,因和這裡近來的討論有點關係,就又在貼一份在萬維。

很理解你說“不完全同意最後的結論”,看來我還需要努力給你提供更多的證明哈。

祝好!
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作者:老冬兒 留言時間:2015-02-26 20:47:38
怎麼漏掉了這篇好文?不容易啊,這麼小的篇幅介紹這麼多的概念,豎兩個大拇指。不過涅,還是不能完全同意你最後的結論。:))
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作者:安博 留言時間:2015-02-26 17:52:57
馬甲兄好!

謝謝鏈接,很好玩的語法語義例子。
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作者:安博 留言時間:2015-02-26 17:41:22
寡人兄好!

很好的思考,2x10(10)種免疫球蛋白不需要同時表達,但它們是有在一個人身上表達的潛能,具體表達的種類和多少與人受感染程度有關。這也是為什麼孩子生病的時候,成長(如長個)比較慢的原因,因為身體內的大量蛋白質資源被用於免疫反應了。

謝謝你指出,是“滅活機制”,我受教改過來了。
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作者:馬甲 留言時間:2015-02-26 09:26:16
這裡有一個能夠說明語法語意語言的文化環境的內在關係的重要性的很好的鏈接:

http://bbs.creaders.net/joke/bbsviewer.php?trd_id=1031096&blog_id=207068

請注意看其中的沒有進入到語言的文化環境的翻譯,儘管沒有語法問題可能鬧出的問題。比如那個big meters,我相信不論是從語音來說,還是文字來說,那個寫字的人都能signify成他以為的內容。:)
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作者:寡人 留言時間:2015-02-25 12:56:40
安博,你文中說“這些詞連在一起就生成了一個句子(免疫球蛋白鏈)。同類詞的替換,即不同V(D)J(C)的組合可產生了高達3 x 1011種不同的免疫球蛋白質”,我想這麼多的不同蛋白質大概不會都在同一個人身上出現吧?一個人一生所能掌握的文字信息總量肯定不會達到這個量級(我們大致可以以一句話平均六個詞,一本書平均10萬詞來估算需要讀多少本書:6X3 x 1011/105),但人類迄今為止所積累的文獻肯定大大超過這個量級。另外,人類語言具有高度的抽象概括能力,對3 x 1011種不同的免疫球蛋白質,並不需要給它們都冠以不同的名稱,只需分成幾類即可。

另:你文中的“滅話機制”,我猜應該是“滅活機制”吧?
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作者:安博 留言時間:2015-02-24 14:50:29
寡人好!

高興你參加我們的討論,這類文章是小眾,我也喜歡安靜地坐下來和朋友神聊。

在你所列的例子裡,語言和數學集有點象,但和化學方程式我覺得沒有相似性。基因和語言的信息處理部分(語法)應該是相通的,也和計算機的信息處理一樣,但不同的地方是它們所在的系統。基因和語言都是可以進化的,它們的語意決定着物種的適應性或生存能力,是生命的核心。

語言和基因兩者的區別也正如你所說,很顯然。一個有意思的議題是,比較一個人基因的信息總量和人類語言文明(一個人一生所能掌握的文字信息總量),看看語言信息的總量是否大於基因信息量,如果大於,這些信息是怎樣產生的?
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作者:寡人 留言時間:2015-02-24 13:15:40
非常有趣的想法,文後的討論也引人入勝,可惜未入編輯法眼。安博用的是遺傳學方面的類比。如果我們將一個化學反應方程式看作一個句子,那其中的每個分子式就是組成這個句子的詞。對應的語法就是方程式必須平衡:原子個數平衡,且電子得失平衡。這些類比本質上是同構的。如同數學中的一個集合,集合中的元素就是語言中的詞,集合的運算法則就是語法,其中的任何一個運算則是一個“句子”。

最後一段“思維的本質是信息處理,人會,RNA也會,沒啥神的”我不太同意。看來安博是認為動植物,電腦以及由電腦衍生出來的機器人都是有思維的了?因為它們都有信息處理能力。我比較傾向於認為思維是人類特有的一種能力。
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作者:安博 留言時間:2015-02-24 12:17:25
好紳士,握手!
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作者:馬甲 留言時間:2015-02-24 11:32:13
握手。
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作者:安博 留言時間:2015-02-24 11:22:07
明白了。的確,語法(特別是詞序)的重要性在東方語言裡沒有西方語言裡那麼大,表意文字讓詞序更為靈活。

另一方面,我讀到過人類各種文明里確實有三十個左右的詞是共通的,這些都是表示作物或食物的詞,如mil (米)等,不知道這些詞是相互借用還是有共同起源。
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作者:馬甲 留言時間:2015-02-24 10:36:19
這與語音還是文字的關係不大。我們並非完全按照語音思考,也並非完全按照文字思考,甚至不是完全按照語音加文字思考。任何思考都無法擺脫所處的文化環境,以安博為例,以用英文思考時會進入英語的文化環境,否則就是Chinglish,你用中文思考的時候自然就進入了中文的文化環境。

不過這些都不是我上面那個跟貼的意思。我不是說西方人在使用語法方面與東方人有什麼本質的區別,而是由於語法對於他們的文化中所運用的語言形式的重要性不易象東方人處於他們所特有的文化環境中那樣看到UG的先天的漏洞。
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作者:安博 留言時間:2015-02-24 10:22:06
馬甲博的這個說法我倒不同意,不管東西方語言,語法並沒有特別大的偏差。語言學研究的更多是語音,而不是文字。我們也是用語音,而不是文字思考。所以東方語言(包括中文)應該沒有特殊性。
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作者:馬甲 留言時間:2015-02-24 10:09:43
我前面跟貼中的“中文”二字應該改為東方文化:)。如果喬姆斯基了解東方文化的話,恐怕一開始就不會去尋找這個在西方語言文化背景下才顯得重要的UG。
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作者:安博 留言時間:2015-02-24 10:04:06
老度好,

很高興你來,跟你討論是一種享受。

這裡我只是指出基因的信息處理和語言信息的處理一樣,都符合一定的法則(語法)。但顯然基因的法則和語言的法則並不相同,因為處理它們各自的系統是不同的。

那麼,基因是否能構成人產生語言的基礎?我想不全是。絕大多數生物都沒有發展出語言,語言是人體內的第二套信息系統。其他的物種或者完全沒有,或者只有不完全的第二信息系統。人體內的語言系統完全到可以生成所有外界的“像”(就象人的免疫系統一樣),這是我們認識自然的基礎。
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作者:安博 留言時間:2015-02-24 09:44:23
馬甲博這個漏洞逮得好,我是犯了前後矛盾的毛病,原因在於思維慣性。說那話的時候我還在反駁兔子,而不是仔細想你的問題。另一方面,我列出找不出的原因也可能是後覺的,開始人們(包括喬姆斯基)對此並不清楚。

我受喬姆斯基學說的影響比較大,認同語法是人腦功能的論斷,我也是近來才知道他在尋求UG過程中遭遇的挫折。這才促使我想可能的原因。以前我猜想語言和人腦可能是同步進化的(co-evolution),也就是說語言促進了人腦的進化,現在看來這個猜測不成立。如果同步進化的話,就應該發現UG。
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作者:老度 留言時間:2015-02-24 09:28:32
按我的理解,安博在這篇文章里要表達的意思是:基因本身的邏輯關係是語言邏輯思考的生物學基礎,這對於所有的生物都能適用,植物是這樣,動物是這樣,人也是這樣。
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作者:安博 留言時間:2015-02-24 09:25:21
幾兄的提議好,以前寫這文章時是想把基因和語言做類比,但做過了容易引起誤會,以後可以用不同的詞語加以區別,避免混淆。
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作者:老度 留言時間:2015-02-24 09:19:07
安博這篇很有意思,我可以同意。
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作者:馬甲 留言時間:2015-02-24 08:53:49
1)我想說的是尋找UG本身的邏輯是沒錯的,找不到有找不到的原因。。。。。而語言信號則未必,因為語言是在聲音上的二次編碼,它和神經結構的聯繫是間接的,研究神經結構就導不出直接的法則。

-----

如果如安博主所說有着導不出直接法則的原因,那麼再繼續尋找UG的邏輯的就出了錯,也就是說你上面那句話的結尾否了開頭。


2)找不到UG的原因還不在於安博主上面給出的原因。華人因語言特徵對此應該比字母語言的西方人更清楚。
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作者:老幾 留言時間:2015-02-24 03:02:17
重讀安兄這篇頗有感慨,這大概是我花時間最多而且當時沒讀懂的一篇博文。後來想寫一篇回應,被一些無聊之事叉過就再沒機會。
馬甲兔子嘎子的問題都提的很好,尤其是嘎子,在這類問題上是很敏銳的,說的都在點上。

我想如果把這句話“內含子意味着基因有語法(Syntax)”改成“內含子意味着基因有法則(rule)”, 或許就沒有這麼多疑惑了。

因為把基因的這個自然法則定義為語法,所以就牽強地得出語言等於思維這類謬誤。

如果恢復到“基因的這個自然法則”,那麼這篇的內容不僅可以解釋安博所說的“語法”(我更願意稱之為自然邏輯),更可以與道德經易經分形等等都能夠自然鍥合。限於時間,暫時就說到這裡。
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作者:安博 留言時間:2015-02-23 16:51:15
馬甲博好,

對不起,當你當成了兔子,因為以前看到兔子關於UG的討論和你的觀點相似,就以為是同一人,這裡給你道歉。

我想說的是尋找UG本身的邏輯是沒錯的,找不到有找不到的原因。語言信號處理和視覺信號處理不同的是,視覺信號是初級信號,從神經解剖上真可以導出視覺信息處理的法則;而語言信號則未必,因為語言是在聲音上的二次編碼,它和神經結構的聯繫是間接的,研究神經結構就導不出直接的法則。這個從現在的人工智能就可以看出,現在Google發展成功的自動駕駛汽車,可以看作是人工視覺系統的例子;另一方面,人工秘書(主要是語言能力)可能需要更長的時間才能實現。

一點初步想法,歡迎探討。
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作者:安博 留言時間:2015-02-23 16:21:15
Pia兄好,

那天有空我寫一篇與癌細胞有關的,生命這個系統可以讓我們學到許多東西。
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作者:安博 留言時間:2015-02-23 16:18:26
嘎子好,

你對基因信息處理和思維的區別完全正確,它們兩者在信息處理上有一些相似的規律,但本質上屬完全不同的兩種系統。
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作者:馬甲 留言時間:2015-02-23 15:45:39
如果UG的意義在於人腦有主管語法的部分,就好比有主管視覺的部分一樣,那是沒問題的。如果UG的目的是想通過對人腦的研究來決定什麼是通用語法的話,那就錯了。
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作者:馬甲 留言時間:2015-02-23 15:42:18
博主誤會了。馬甲和這裡的那個兔子沒有任何關係。你可以去向網管確認。謝謝
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作者:pia 留言時間:2015-02-23 15:36:52
嘎子沒有又弄張大字報罵街,值得表揚。

前些時候與學生物的朋友小聚,聽他講癌細胞是怎麼"騙"免疫系統的,覺得癌細胞真是聰明。聽安兄講過免疫系統,也是非常精美智慧。也許人覺得自己的思維才是最智慧,類似地球中心說的盲目自大。就是大兔子生個小兔子,走進細節的話,也會看到精美智慧。安兄有雅性的時候,也與我們分享一下語法裡的大智慧。
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作者:嘎拉哈 留言時間:2015-02-23 15:04:57
安博這分明是在誘導兔子。沒準明天就會有一個《基因範例》出籠。

把基因組合的有序性比作語法沒問題。把基因和思維一同看作是信息處理也沒問題。但是基因同思維之間,除了複雜性之外,好像沒有太多其他的可比性了。否則就會陷入一系列矛盾中。假如基因也真的具有思維那樣的思考功能,那麼所有哺乳如動物的思維能力應當差不多才對。為什麼樹木的基因跟人類幾乎一樣發達,而思維卻遠不如人類?這說明,基因的‘思考’,跟思維的‘思考’完全不是一個東西。

按照科學唯物主義思想,生命現象是複雜的,但卻不應當是神秘的。同理,無論思維現象多麼複雜,也都不應當將其神秘化。隨着科學的進展,生命的秘密被揭開,應當只是一個時間問題。
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作者:安博 留言時間:2015-02-23 14:43:09
謝謝紫鳥來訪和鼓勵。
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作者:安博 留言時間:2015-02-23 14:41:20
兔子,你好!

從口氣看“馬甲”也是兔子的馬甲,這裡就兩個問題一併回復。

語法和語意是在不同的層次起作用的,語法是用簡單的法則創造出各種可能的組合(句子),而語意則是從各種可能組合中選取一種正確的表達。所以語法是內在的,而語意是與環境有關的。這種關係實際在本文描述的免疫系統分子裡已經充分體現了。

我看過你對於普遍語法(UG)的評論,在你的評論里認為語言是客觀世界的一次抽象,並以此為依據認為UG不存在,說明你對語法的屬性沒有搞明白。就上面所說:語法是人腦內在的屬性,喬姆斯基尋找普遍語法(UG)的努力方向並沒有錯,因為不管說何種語言的人腦都是相同的。至今尋找UG的失敗說明了兩點,一)人類的語言誕生於人群分開遷移之後,也就是說人類從來沒有象聖經上說的巴別塔之前的統一語言;二)語言並不是人腦編碼的初級代碼,這樣語言和人腦的聯繫方式就不是唯一的。我認為第二點比第一點更為根本。這說明人腦的進化和語言的發展並不同步,先有人腦,後有語言。

你後面一個功能問題是語意學問題,決定一個句子是否正確是語境。就象免疫分子識別外界病菌一樣。離開了環境,任何一句話都是沒有對錯的。
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