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基因、语法、和思维 2015-02-23 10:22:08

[按]这是我以前写的一篇文章,其中有一点关于思维本质的思考,今天贴到万维。请不必介意文中的生物学词汇,其中的道理其实非常简单,那就是生物分子实质上是和语言一样的,从而思维则有可能和生物分子的处理一样,具有固有的生物学法则。二十世纪的后半页直到现在,发展最快的两门学科是分子生物学和计算机,这两门学科实质上是相通的,都是关于信息处理的。而自然界长期进化而成的基因库,为我们研究信息处理提供了一个丰富且易读的范本。

基因是大家都知道,但未必都完全知道的一个词。首先,基因是指控制一个生物性状的遗传单位,这个性状是由蛋白质或功能RNA来体现的,所以早期有“一个基因一个蛋白质”的说法,尽管现在对这个说法有些修正,但对非专业人士来说它就足够了,我们仍然可以说,一个基因是控制一个蛋白质(或功能RNA)的遗传(DNA单位。通过对基因组的序列测定,我们甚至准确地知道最简单的自主生活的生物(一种细菌)只有482个基因,等等。

但当我们问一个人到底有多少基因的时候,科学家只能给一个估计值(大约三四万),尽管人的基因组测序工作早就完成了。造成基因数不确定的一个原因是人的基因组结构比细菌的复杂得多,另一个原因是一个真核生物基因的DNA单元并不简单地对应一个蛋白质(或功能RNA)。三十年前科学家在包括人在内的真核生物中发现了内含子,一个内含子是指在基因DNA单元中一段无意义的DNA片段,也就是说一个基因被内含子分割成了几个片段,一个基因需要剪切掉其中的内含子才能成为一个成熟的基因。这是非常有意义的发现,当时我读到这个发现时兴奋得无法入睡,因为我立即意识到内含子意味着基因有语法(Syntax)。

从信息的角度讲,一个蛋白质就象是一个句子,它表达了一个完整的意思(一个功能)。内含子的存在说明遗传基因这个句子是由更基本的单元(词)所组成的,生物学上把这个更小的单元叫外显子,一个外显子对应一个词或词组,一个成熟的基因句子就是有若干个外显子这样的词组成的,把这些外显子拼接成一个基因的过程(也就是剪切掉内含子的过程)就是造句的过程,它所遵从的法则就是语法。

先按下基因的语法不表,一个基因由数个外显子拼接而成意味着一段DNA可以编码多个不同的蛋白质,就像一组词可以生成不同的句子一样。这就极大地丰富了一个生物体内的蛋白质(功能)数量,这也就是为什么真核生物能比细菌复杂丰富得多的根本原因。

由基因拼接而形成的蛋白质多样性在人的免疫系统中得到了完美的体现。人的免疫球蛋白的功能是识别入侵的病菌,一个免疫球蛋白链包括恒定区(C),变化区(V),多样区(D),和连接区(J),每一个区域由一个外显子编码,其中每一种外显子的数量从从一个(恒定区C)到上千个(变化区V)不等。这些外显子就象语言中的词一样,同一类型的外显子相当于同类的词,如名词,动词,形容词等。这些词连在一起就生成了一个句子(免疫球蛋白链)。同类词的替换,即不同V(D)JC)的组合可产生了高达3 x 1011种不同的免疫球蛋白质,这为人体抵抗各种不同的病菌侵扰提供了基础。

在这3 x 1011组合中,同一类词,如VD, 或J,可以替换,但VDJ间不能互换,并且,V(D)J(C)的次序也不能调换。 显然在这个免疫球蛋白的句子里,词序是严格的。但这里有些词有时可以被略,如多样区D和衡定区C可以在轻链中被省略,只留VJ两个区域,象是一个词组或短语。

面对这样精美的语法结构只能感叹造物主的神奇,对于人类的自然语言,现在基本上一致认为其语法是人脑思维的产物和功能,那么基因的语法又是谁的产物和功能?哪个产生基因语法的“谁”是否也具有思维?

现在知道,在生物体内形成和维持基因语法的是一类RNA剪切酶(酶是生物催化剂),这种酶的核心是小段RNAsnRNA),用于识别剪切的准确位点。在简单的生物体中,RNA剪切酶就是一个RNA分子,比如前文中提到内含子自我剪切时,内含子本身就是一个RNA 剪切酶,由此,我们可以说基因语法是RNA产物和功能。

那么接下来的问题是:RNA有思维吗?

让我们再回到免疫系统,如果我们把这3 x 1011种免疫球蛋白质看作一个整体,就会发现它们构成了一副外面世界的“底片”或“像“, 外界的一种病菌能够被某一种或几种免疫球蛋白质所识别,从而在免疫系统生成一个“像点”,免疫系统通过这种方法“认识“外部世界。实际上免疫系统也能“认识”自己,通过发育过程中的灭活机制,这个系统不对自身发生反应,这就使得免疫系统能区别内外。所以,免疫系统不仅对能“认识”外部世界,也能“认识”内部世界。

免疫系统的这个性质和人对世界的认知过程何其类似,在这里先验论和实践论哲学流派都可以找到各自的影子。当人类思想的大哲们知道了这些哲学思想的背后其实是简单的基因语法,是不是应该把产生基因语法的RNA当神一样膜拜?如果RNA至少在功能上是最早的生物分子,那它有这样的“神“性就是理所应当的,也是必须的,因为没有这样的”神“性就不能算是真正的生命。从这个意义上说,生命从诞生的那一天起就会”思维“了。

思维的本质是信息处理,人会,RNA也会,没啥神的。


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文章评论
作者:安博 留言时间:2015-02-27 03:58:12
哈哈,冬儿好,很高兴你来。这是一篇旧文了,因和这里近来的讨论有点关系,就又在贴一份在万维。

很理解你说“不完全同意最后的结论”,看来我还需要努力给你提供更多的证明哈。

祝好!
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作者:老冬儿 留言时间:2015-02-26 20:47:38
怎么漏掉了这篇好文?不容易啊,这么小的篇幅介绍这么多的概念,竖两个大拇指。不过涅,还是不能完全同意你最后的结论。:))
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作者:安博 留言时间:2015-02-26 17:52:57
马甲兄好!

谢谢链接,很好玩的语法语义例子。
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作者:安博 留言时间:2015-02-26 17:41:22
寡人兄好!

很好的思考,2x10(10)种免疫球蛋白不需要同时表达,但它们是有在一个人身上表达的潜能,具体表达的种类和多少与人受感染程度有关。这也是为什么孩子生病的时候,成长(如长个)比较慢的原因,因为身体内的大量蛋白质资源被用于免疫反应了。

谢谢你指出,是“灭活机制”,我受教改过来了。
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作者:马甲 留言时间:2015-02-26 09:26:16
这里有一个能够说明语法语意语言的文化环境的内在关系的重要性的很好的链接:

http://bbs.creaders.net/joke/bbsviewer.php?trd_id=1031096&blog_id=207068

请注意看其中的没有进入到语言的文化环境的翻译,尽管没有语法问题可能闹出的问题。比如那个big meters,我相信不论是从语音来说,还是文字来说,那个写字的人都能signify成他以为的内容。:)
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作者:寡人 留言时间:2015-02-25 12:56:40
安博,你文中说“这些词连在一起就生成了一个句子(免疫球蛋白链)。同类词的替换,即不同V(D)J(C)的组合可产生了高达3 x 1011种不同的免疫球蛋白质”,我想这么多的不同蛋白质大概不会都在同一个人身上出现吧?一个人一生所能掌握的文字信息总量肯定不会达到这个量级(我们大致可以以一句话平均六个词,一本书平均10万词来估算需要读多少本书:6X3 x 1011/105),但人类迄今为止所积累的文献肯定大大超过这个量级。另外,人类语言具有高度的抽象概括能力,对3 x 1011种不同的免疫球蛋白质,并不需要给它们都冠以不同的名称,只需分成几类即可。

另:你文中的“灭话机制”,我猜应该是“灭活机制”吧?
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作者:安博 留言时间:2015-02-24 14:50:29
寡人好!

高兴你参加我们的讨论,这类文章是小众,我也喜欢安静地坐下来和朋友神聊。

在你所列的例子里,语言和数学集有点象,但和化学方程式我觉得没有相似性。基因和语言的信息处理部分(语法)应该是相通的,也和计算机的信息处理一样,但不同的地方是它们所在的系统。基因和语言都是可以进化的,它们的语意决定着物种的适应性或生存能力,是生命的核心。

语言和基因两者的区别也正如你所说,很显然。一个有意思的议题是,比较一个人基因的信息总量和人类语言文明(一个人一生所能掌握的文字信息总量),看看语言信息的总量是否大于基因信息量,如果大于,这些信息是怎样产生的?
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作者:寡人 留言时间:2015-02-24 13:15:40
非常有趣的想法,文后的讨论也引人入胜,可惜未入编辑法眼。安博用的是遗传学方面的类比。如果我们将一个化学反应方程式看作一个句子,那其中的每个分子式就是组成这个句子的词。对应的语法就是方程式必须平衡:原子个数平衡,且电子得失平衡。这些类比本质上是同构的。如同数学中的一个集合,集合中的元素就是语言中的词,集合的运算法则就是语法,其中的任何一个运算则是一个“句子”。

最后一段“思维的本质是信息处理,人会,RNA也会,没啥神的”我不太同意。看来安博是认为动植物,电脑以及由电脑衍生出来的机器人都是有思维的了?因为它们都有信息处理能力。我比较倾向于认为思维是人类特有的一种能力。
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作者:安博 留言时间:2015-02-24 12:17:25
好绅士,握手!
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作者:马甲 留言时间:2015-02-24 11:32:13
握手。
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作者:安博 留言时间:2015-02-24 11:22:07
明白了。的确,语法(特别是词序)的重要性在东方语言里没有西方语言里那么大,表意文字让词序更为灵活。

另一方面,我读到过人类各种文明里确实有三十个左右的词是共通的,这些都是表示作物或食物的词,如mil (米)等,不知道这些词是相互借用还是有共同起源。
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作者:马甲 留言时间:2015-02-24 10:36:19
这与语音还是文字的关系不大。我们并非完全按照语音思考,也并非完全按照文字思考,甚至不是完全按照语音加文字思考。任何思考都无法摆脱所处的文化环境,以安博为例,以用英文思考时会进入英语的文化环境,否则就是Chinglish,你用中文思考的时候自然就进入了中文的文化环境。

不过这些都不是我上面那个跟贴的意思。我不是说西方人在使用语法方面与东方人有什么本质的区别,而是由于语法对于他们的文化中所运用的语言形式的重要性不易象东方人处于他们所特有的文化环境中那样看到UG的先天的漏洞。
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作者:安博 留言时间:2015-02-24 10:22:06
马甲博的这个说法我倒不同意,不管东西方语言,语法并没有特别大的偏差。语言学研究的更多是语音,而不是文字。我们也是用语音,而不是文字思考。所以东方语言(包括中文)应该没有特殊性。
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作者:马甲 留言时间:2015-02-24 10:09:43
我前面跟贴中的“中文”二字应该改为东方文化:)。如果乔姆斯基了解东方文化的话,恐怕一开始就不会去寻找这个在西方语言文化背景下才显得重要的UG。
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作者:安博 留言时间:2015-02-24 10:04:06
老度好,

很高兴你来,跟你讨论是一种享受。

这里我只是指出基因的信息处理和语言信息的处理一样,都符合一定的法则(语法)。但显然基因的法则和语言的法则并不相同,因为处理它们各自的系统是不同的。

那么,基因是否能构成人产生语言的基础?我想不全是。绝大多数生物都没有发展出语言,语言是人体内的第二套信息系统。其他的物种或者完全没有,或者只有不完全的第二信息系统。人体内的语言系统完全到可以生成所有外界的“像”(就象人的免疫系统一样),这是我们认识自然的基础。
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作者:安博 留言时间:2015-02-24 09:44:23
马甲博这个漏洞逮得好,我是犯了前后矛盾的毛病,原因在于思维惯性。说那话的时候我还在反驳兔子,而不是仔细想你的问题。另一方面,我列出找不出的原因也可能是后觉的,开始人们(包括乔姆斯基)对此并不清楚。

我受乔姆斯基学说的影响比较大,认同语法是人脑功能的论断,我也是近来才知道他在寻求UG过程中遭遇的挫折。这才促使我想可能的原因。以前我猜想语言和人脑可能是同步进化的(co-evolution),也就是说语言促进了人脑的进化,现在看来这个猜测不成立。如果同步进化的话,就应该发现UG。
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作者:老度 留言时间:2015-02-24 09:28:32
按我的理解,安博在这篇文章里要表达的意思是:基因本身的逻辑关系是语言逻辑思考的生物学基础,这对于所有的生物都能适用,植物是这样,动物是这样,人也是这样。
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作者:安博 留言时间:2015-02-24 09:25:21
几兄的提议好,以前写这文章时是想把基因和语言做类比,但做过了容易引起误会,以后可以用不同的词语加以区别,避免混淆。
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作者:老度 留言时间:2015-02-24 09:19:07
安博这篇很有意思,我可以同意。
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作者:马甲 留言时间:2015-02-24 08:53:49
1)我想说的是寻找UG本身的逻辑是没错的,找不到有找不到的原因。。。。。而语言信号则未必,因为语言是在声音上的二次编码,它和神经结构的联系是间接的,研究神经结构就导不出直接的法则。

-----

如果如安博主所说有着导不出直接法则的原因,那么再继续寻找UG的逻辑的就出了错,也就是说你上面那句话的结尾否了开头。


2)找不到UG的原因还不在于安博主上面给出的原因。华人因语言特征对此应该比字母语言的西方人更清楚。
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作者:老几 留言时间:2015-02-24 03:02:17
重读安兄这篇颇有感慨,这大概是我花时间最多而且当时没读懂的一篇博文。后来想写一篇回应,被一些无聊之事叉过就再没机会。
马甲兔子嘎子的问题都提的很好,尤其是嘎子,在这类问题上是很敏锐的,说的都在点上。

我想如果把这句话“内含子意味着基因有语法(Syntax)”改成“内含子意味着基因有法则(rule)”, 或许就没有这么多疑惑了。

因为把基因的这个自然法则定义为语法,所以就牵强地得出语言等于思维这类谬误。

如果恢复到“基因的这个自然法则”,那么这篇的内容不仅可以解释安博所说的“语法”(我更愿意称之为自然逻辑),更可以与道德经易经分形等等都能够自然锲合。限于时间,暂时就说到这里。
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作者:安博 留言时间:2015-02-23 16:51:15
马甲博好,

对不起,当你当成了兔子,因为以前看到兔子关于UG的讨论和你的观点相似,就以为是同一人,这里给你道歉。

我想说的是寻找UG本身的逻辑是没错的,找不到有找不到的原因。语言信号处理和视觉信号处理不同的是,视觉信号是初级信号,从神经解剖上真可以导出视觉信息处理的法则;而语言信号则未必,因为语言是在声音上的二次编码,它和神经结构的联系是间接的,研究神经结构就导不出直接的法则。这个从现在的人工智能就可以看出,现在Google发展成功的自动驾驶汽车,可以看作是人工视觉系统的例子;另一方面,人工秘书(主要是语言能力)可能需要更长的时间才能实现。

一点初步想法,欢迎探讨。
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作者:安博 留言时间:2015-02-23 16:21:15
Pia兄好,

那天有空我写一篇与癌细胞有关的,生命这个系统可以让我们学到许多东西。
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作者:安博 留言时间:2015-02-23 16:18:26
嘎子好,

你对基因信息处理和思维的区别完全正确,它们两者在信息处理上有一些相似的规律,但本质上属完全不同的两种系统。
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作者:马甲 留言时间:2015-02-23 15:45:39
如果UG的意义在于人脑有主管语法的部分,就好比有主管视觉的部分一样,那是没问题的。如果UG的目的是想通过对人脑的研究来决定什么是通用语法的话,那就错了。
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作者:马甲 留言时间:2015-02-23 15:42:18
博主误会了。马甲和这里的那个兔子没有任何关系。你可以去向网管确认。谢谢
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作者:pia 留言时间:2015-02-23 15:36:52
嘎子没有又弄张大字报骂街,值得表扬。

前些时候与学生物的朋友小聚,听他讲癌细胞是怎么"骗"免疫系统的,觉得癌细胞真是聪明。听安兄讲过免疫系统,也是非常精美智慧。也许人觉得自己的思维才是最智慧,类似地球中心说的盲目自大。就是大兔子生个小兔子,走进细节的话,也会看到精美智慧。安兄有雅性的时候,也与我们分享一下语法里的大智慧。
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作者:嘎拉哈 留言时间:2015-02-23 15:04:57
安博这分明是在诱导兔子。没准明天就会有一个《基因范例》出笼。

把基因组合的有序性比作语法没问题。把基因和思维一同看作是信息处理也没问题。但是基因同思维之间,除了复杂性之外,好像没有太多其他的可比性了。否则就会陷入一系列矛盾中。假如基因也真的具有思维那样的思考功能,那么所有哺乳如动物的思维能力应当差不多才对。为什么树木的基因跟人类几乎一样发达,而思维却远不如人类?这说明,基因的‘思考’,跟思维的‘思考’完全不是一个东西。

按照科学唯物主义思想,生命现象是复杂的,但却不应当是神秘的。同理,无论思维现象多么复杂,也都不应当将其神秘化。随着科学的进展,生命的秘密被揭开,应当只是一个时间问题。
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作者:安博 留言时间:2015-02-23 14:43:09
谢谢紫鸟来访和鼓励。
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作者:安博 留言时间:2015-02-23 14:41:20
兔子,你好!

从口气看“马甲”也是兔子的马甲,这里就两个问题一并回复。

语法和语意是在不同的层次起作用的,语法是用简单的法则创造出各种可能的组合(句子),而语意则是从各种可能组合中选取一种正确的表达。所以语法是内在的,而语意是与环境有关的。这种关系实际在本文描述的免疫系统分子里已经充分体现了。

我看过你对于普遍语法(UG)的评论,在你的评论里认为语言是客观世界的一次抽象,并以此为依据认为UG不存在,说明你对语法的属性没有搞明白。就上面所说:语法是人脑内在的属性,乔姆斯基寻找普遍语法(UG)的努力方向并没有错,因为不管说何种语言的人脑都是相同的。至今寻找UG的失败说明了两点,一)人类的语言诞生于人群分开迁移之后,也就是说人类从来没有象圣经上说的巴别塔之前的统一语言;二)语言并不是人脑编码的初级代码,这样语言和人脑的联系方式就不是唯一的。我认为第二点比第一点更为根本。这说明人脑的进化和语言的发展并不同步,先有人脑,后有语言。

你后面一个功能问题是语意学问题,决定一个句子是否正确是语境。就象免疫分子识别外界病菌一样。离开了环境,任何一句话都是没有对错的。
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