对于吴哥王朝的崩溃，公知的史实是泰国人侵略了暹粒，然而，研究吴哥历史的学者们提出其他可能的原因。除了贪婪的泰国侵略者外，柬埔寨宗教的改变，逐渐兴起的海上贸易等等都是可能的因素。但这大都只是猜测，没有证据。吴哥的建筑上有大约 1300 个刻下的碑文，没有一个字解释吴哥王国的崩溃。

     宗教的改变指的是从印度教到佛教的转变。吴哥早期奉行印度教，印度教等级观念很强，吴哥的国王一直认为他们是印度教人的世界皇帝，为自己修建庙宇。在13世纪到14世纪之间，随着大乘佛教的慢慢侵入，佛教的众生平等的观念严重地威胁了皇家贵族的特权，这是非常颠覆性的，就像基督教在罗马帝国也是颠覆性的。

     同时，随着东南亚地区与中国的贸易的发展，海上贸易逐渐增加，这一变化消弱了内陆城市吴哥。到16世纪的时候，高棉的权力中心渐渐移近湄公河，靠近金边，这样离中国南海更近。

     除了上述的宗教和经济的原因，最近的考古发掘，不是对于寺庙本身的考证，而是对于吴哥这个巨大的城市的基础设施的考察，产生了一个新的答案，吴哥消失的一个更重要的原因是对水的管理失控。柬埔寨一年只有两季，雨季和旱季。吴哥之所以能成为权力中心，得益于它的复杂的灌溉系统，包括运河和水库，以保证旱季有水，雨季过量的水能疏通排出，才能让稻谷丰收。从吴哥王朝的奠基人阇二世（Jayavarman II）开始 (公元800年的早期)，高棉王国的蓬勃发展就取决于稻谷的丰收。整个南亚，或许只有斯里兰卡的古城阿努拉德普勒和波隆纳鲁沃（Anuradhapura and Polonnaruwa）及其著名的水库能与吴哥的供水能力相比。这里起很大作用的是吴哥的一个叫做西池 (West Baray)的水库，长5英里，宽1.5英里。西池的水是从暹粒河（Siem Reap River）分流而来的。在1000年前，要修这样的水库需要20万高棉劳动力。

     2000年，考古学者们研究了美国航天局（NASA）所测的吴哥雷达图像，吃惊地发现整个吴哥都是人工修建的。高棉人在几百年间修建了成百上千英里的运河沟渠将河水汇集到几个水库里，再合理调配。夏天雨季里靠沟渠排水，到了10月11月的旱季，储存的水从沟渠里放出供灌溉与使用。这是一个非常聪明的水利系统，可惜却被他们自己的工程师给破坏了。学者们在吴哥实地考察后发现在九世纪末时吴哥工程师们挖掘了一条很长的运河，改变了暹粒河的路线，把水引到另一个水库：东池(East Baray)。这个水库和后来修建的西池的大小相近似，但现在已经干枯了。实地考察后最合符逻辑的解释是东池是个失败之作，一直处于修补状态，最后被暹粒河慢慢削弱毁坏了，或者是被特大的洪水冲垮了。

     水利系统的问题让吴哥对于自然灾害的抵御能力变弱。1300年开始，欧洲经历了恶劣的冬天和很冷的夏天，成为小冰河时代（Little Ice Age），东南亚那时也经历了气候的变迁。从长寿树木柚树和柏树的年轮看来，在1362年到1392年，以及1415年到1440年之间，东南亚经历了巨大的干旱，吴哥面临历史上最大的干旱的威胁，时间长，旱情重。在那之前吴哥的水利系统本身已出现了问题，之后接踵而至的滂沱大雨更是毁坏了水利系统。泰国人的入侵的时间靠近第二次干旱的末尾，再加上政治和宗教的原因，吴哥的命运当然就可想而知了。

     根据学者们的分析，高棉帝国所遭受的并不是人类文明的第一次遭受的气候灾难。在吴哥正不断上升的几百年前，在地球的另一侧，墨西哥和中美洲的玛雅城邦受到了类似的环境灾难。现在许多学者认为玛雅人毁灭于人口过剩和九世纪连续三个惩罚性的旱灾。有学者比较了高棉和玛雅文明之间的相似之处说："从根本上说，吴哥发生了与玛雅相同的事情"。

     吴哥的结束是人类智慧的极限的令人警醒的教训。吴哥的水利系统是神奇的机器，吴哥的工程师们设法让文明的信号运行了六个世纪，直到最后，更大的力量压倒了他们。

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