从1949年开始，台湾与中国大陆的政权处于敌对隔绝状态。1987年解除戒严后，当时中华民国总统蒋经国因人道考虑，开放台湾民众赴中国大陆探亲，两岸重开接触。
1990年，李登辉当选中华民国总统后，连续成立国家统一委员会（国统会）、行政院大陆委员会（陆委会）与海峡交流基金会（海基会），两岸互动益形密切，但关系的定位一直未有明确定位。1993年4月，海基会与海峡两岸关系协会（海协会）举行第一次辜汪会谈。但1995年李登辉访问美国后，中国大陆方面对“一个中国”的定义不断紧缩，两岸关系陷入低潮，且引发台湾海峡飞弹危机。
1997年7月1日，中国收回香港，一国两制对台湾的压力益增，美国又不断有人主张两岸应签订中程协议，故李登辉指示成立“强化中华民国主权国家地位专案小组”研究对策。1999年5月，该小组研议以“特殊的国与国关系”为两岸关系定位。
台湾时间1999年7月9日下午，德国之声总裁Dieter Weirich、德国之声亚洲部主任Gunter Knabe与德国之声记者Simone de Manso由行政院新闻局局长程建人陪同，到总统府录影专访李登辉。
他们问到在并非实际可行的“宣布台湾独立”与不被大多数台湾人民接受的“一国两制”之间，是否有折衷的方案？李登辉答：“中华民国从1912年建立以来，一直都是主权独立的国家，又在1991年的修宪后，两岸关系定位在特殊的国与国关系，所以并没有再宣布台湾独立的必要。”
德国时间1999年7月25日21时整，德国之声的英语卫星频道向全世界播放专访内容，而文字内容则刊登在德国的《周日世界报》。
2011年9月，已卸任多年的前总统李登辉，在回忆两国论产生背景时，明确指出是为了阻止当时的中共中央总书记江泽民想要片面对国际宣告两岸将展开政治谈判的企图。由于时值辜振甫访陆，后续并安排汪道涵访台的两岸交流热络阶段，期间李登辉发现江泽民打算在十月一日中华人民共和国建国五十周年国庆当日，当着多位外国领袖的面宣布汪道涵访台时，两岸将展开政治谈判。李登辉为阻止江泽民的计划，因而于当年七月在接受德国电视台访问时，提出“两国论”中止两岸谈判。
两国论起草人包含了各界学者名家，包括后来出任行政院大陆委员会主任委员、行政院副院长、民进党主席的蔡英文。
上面的三段黑体字，说明“两国论”完全正确。“两国论”并不是“台独”。大陆和台湾，必须在对等的、“两个国家”的政治基础上，通过磋商，达到政治上的和解，两岸才能进一步谈统一。否则，只能“维持现状”！
英文是“两国论”的起草人，了不起。
另外，支持蔡英文，还有一个原因，“国民党”和马英九搞得太过分、太不像话！完全投靠了中共嘛！完全成了中共“统战政策”的代言人。中共的“统战政策”连三岁小孩子都知道，是鬼话加放屁！
